Geri Dön

Exploring distinct conformers of B2-adrenergic receptor via coarse-grained molecular dynamics simulations

B2-adrenerjik reseptörün kaba taneli moleküler dinamik simülasyonu ile farklı konformasyonlarının araştırılması

PDF İndir

  1. Tez No: 318411
  2. Yazar: SİBEL ÇAKAN
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. DEMET AKTEN AKDOĞAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2012
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

ß2AR, G protein bağlantılı reseptör ve birçok ilaç için hedef moleküldür. Reseptörünson derece esnek olan yapısı bir çok ligant molekülünü tanıma özelliği sağlar. Sonyıllarda yapılan kristalografik çalışmalar reseptörün aktif ve inaktif yapısını ortayaçıkarmasına rağmen bu çalışmalar reseptörün tüm dinamiğini çözmek için yeterlideğildir. Moleküler dinamik (MD) metodu reseptörün tüm dinamiğini anlamak içinalternatif ve verimli bir yöntemdir. Ancak geleneksel atomistik simülasyonlar birçokbiyolojik olayın gerçekleştiği zaman aralığı olan milisaniye seviyelerine ulaşamaz.Bu nedenle, bu calışmada serbestlik derecesini azaltan kaba taneli modellemekullanıldı. Sistem POPC membran tabakası içine gömülü ß2AR ve sulardanoluşturuldu. CG model kullanılmasının asıl amacı atomistik modellerde mümkünolmayan daha geniş yapısal alanı ortaya çıkarmaktır. Reseptörün bölgesel hareketleriatomistik simülasyonlarla uyum içindedir. CG simülasyondan dört görüntü seçilmişve geri eşleme yöntemi ile atomistik modele çevrilmiştir. Daha sonra herbiri 100 nsuzunluğunda bir MD simülasyonuna tabi tutulmuştur. Enerjik ve yapısal olarak farklıreseptör yapıları ortaya çıkmıştır. CG MD simülasyonunun PCA analizi, ilk beşbirincil bileşenin tüm dinamiğin %50 sini açıklarken, atomistik simülasyonların %85ini açıkladığını göstermiştir. CG ve atomistik öz-vektörlerin maksimum örtüşmedeğeri 0.46 dır. CG modelde atomistik modele göre korelasyonlar daha zayıftır.

Özet (Çeviri)

ß2 adrenergic receptor (ß2AR) is a G protein-coupled receptor, which belongs to thelargest family of membrane proteins and is the target of many drugs. ß2AR is highlyflexible and, able to recognize a wide range of ligands through its conformationalvariations. Although recent crystallographic experiments have revealed active andinactive conformations, they are not sufficient for deciphering the whole receptor?sdynamics. Molecular dynamics (MD) simulation is an alternative and efficientmethod to understand the protein dynamics. However, traditional all-atomsimulations do not reach the millisecond time scales at which many biologicalprocesses occur. Thus, coarse-grained (CG) modeling is used to reduce the numberof degrees of freedom. The system was composed of ß2AR embedded into apalmitoyl-oleoyl-phosphatidylcholine (POPC) membrane bilayer with surroundingwater. Main purpose of using a CG model is to explore a wider conformational spacethat would not be reachable via all-atom models. The local fluctuations were in goodagreement with all-atom simulations. Four snapshots were selected and reversemappedto all-atom representations. Each was later subjected to 100 ns MDsimulation for equilibration. RMSD clustering yielded distinct receptor conformersthat are both energetically and structurally acceptable. PCA analysis of CG-MDsimulations showed that the first five principle modes explained only 50% of theoverall dynamics compared to 85% in all-atom simulations. Maximum overlap valuebetween eigenvectors of CG and all-atom was determined as 0.46. Normalizedorientational cross-correlations between residue fluctuations revealed weakercorrelations in CG simulations compared to all-atomAPPEND

Benzer Tezler

  1. Tez No

    826873

    Exploring the role of game mechanics in generating spatial compositions: Snaris case

    Oyun mekaniklerinin mekansal kompozisyonların oluşturulmasındaki rolünün değerlendirilmesi: Snarıs örneği

    OZAN CAN ÖZVATAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Oyun ve Etkileşim Teknolojileri Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    DOÇ. DR. SEMA ALAÇAM

  2. Tez No

    959804

    Exploring science teacher identity: A case study

    Fen öğretmeni kimliğinin incelenmesi: Bir vaka çalışması

    ŞÜKRÜYE NAZLI CAN YASİN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2025

    Eğitim ve ÖğretimBoğaziçi Üniversitesi

    Öğrenme Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EBRU ZEYNEP MUĞALOĞLU

  3. Tez No

    1001966

    Exploring member experiences in choral communities to design a digital platform: A study with research through design approach

    Koro topluluklarına yönelik dijital bir platform tasarlamak amacıyla üye deneyimlerinin incelenmesi: Tasarım yoluyla araştırma yaklaşımıyla bir çalışma

    GÜRKAY AYDOĞMUŞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2026

    Endüstri Ürünleri Tasarımıİstanbul Teknik Üniversitesi

    Endüstriyel Tasarım Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. KORAY GELMEZ

  4. Tez No

    712712

    An investigation into architecture students' creative performance while using associative and rule-based reasoning strategies: exploring a dual process approach in design education

    Mimarlık öğrencilerinin kural tabanlı ve çağrışımsal akıl yürütme süreçlerindeki yaratıcılık performansları üzerine bir inceleme: tasarım eğitiminin ikili süreç yaklaşımı ile araştırılması

    BATUHAN TANERİ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Mimarlıkİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FEHMİ DOĞAN

  5. Tez No

    854590

    Zeccâc'ın Me'ânî'l-Kur'ân'ında dilbilimsel eleştiri

    Exploring linguistic criticism in al-Zajjāj's al-Ma'ānī al-Qur'ān

    MAHMUT ÇAY

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Dilbilimİnönü Üniversitesi

    Temel İslam Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SABRİ TÜRKMEN

Geri Dön