Network characterization of packing architecture for condensed matter systems
Yoğun madde sistemlerindeki paketlenme yapılarının ağlar yardımıyla karakterizasyonu
- Tez No: 322873
- Danışmanlar: PROF. DR. ALİ RANA ATILGAN, PROF. DR. CANAN ATILGAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mühendislik Bilimleri, Engineering Sciences
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 119
Özet
Ağlar, son zamanlarda gerçek hayatta karşılaşılan karmaşık sistemleri modellemek için kullanılmaya başladı ve bu ağlar bu karmaşık yapılardaki, yapı-işlev-dinamik ilişkilerinin nitelendirilmesinde önemli katkılar sağladı. Biz burada proteinler, miseller, polimer eriyikler ve Lennard-Jones öbekleri gibi yoğun madde sistemlerinden oluşturulan ağlardaki istatistiksel ve spektral özelliklerle birlikte yerel motifler ve genel davranış arasındaki ilişkileri incelemekteyiz.Proteinler, etkileşen rezidü ağları olarak göz önüne alınırlar. Bilgi iletimi için kullanılan yollar, rezidüler arası etkileşim enerjilerinin bağlantı ağırlığı olarak modellendiği ağ yapılarında ortalama yol uzunluğu ile incelendi. ?Düşük enerjili? etkileşimlerin sistematik olarak koparılması, ağ yapılarında yerel öbeklenmenin yüksek olmasını sağlayan yedek bağlantıların oldukça fazlasayıda olduğunu ortaya çıkardı.Bazı özel durumlar için, tabandan başlayan bir yaklaşım ile ilk komşular ile bir sonraki komşular arasında bir ilişki türetildi ve bu ilişki yoğun madde sistemleri ve mükemmel kafes modellerinden elde edilen ağlarda gözlendi.Yerel düzeni ortaya koymak için, rezidü ağları mükemmel kafes yapılarından Metropolis Monte Carlo metodu kullanılarak elde edilen kendi üzerine dönmeyen zinciler ile kıyaslandı. Sonuçlar proteinlerin kullanılan kafes yapısından bağımsız olarak önemli miktarda boşluk içeren yoğun düzenli yapılara uyduğunu gösterdi.Son olarak tez boyunca kullanılan ağ yapıları spektral özellikler bakımından analiz edildi. Bağlantıların koparılması ve rastgele bağlanması sırasında gözlenen spektral değişimler kısa ve uzun menzilli bağlantıların ağ yapısını belirlemedeki önemlerini ortaya koydu.
Özet (Çeviri)
Networks have currently been used to model real life complex systems and they have provided additional understanding for characterizing structure-function-dynamics relationships of these complex architectures. Here we investigate statistical and spectral properties and the connections between local motifs and global behavior of networks that are formed from condensed matter systems, particularly proteins, as well as micelles, polymeric melts and Lennard-Jones clusters.Proteins are considered as interacting residue networks. Pathways for information transfer manifested in the average path lengths are analyzed, where the energy of residue-residue interactions are imposed as edge weights in networks. Systematic removal of ?low energy? interactions reveals that the network contains significant number of redundancies that provide high local clustering.For certain cases, applying a bottom-up approach, a relation between nearest neighbors and next-to-nearest neighbors is obtained and this relation is observed in different networks formed from condensed matter systems, as well as perfect lattice models.To outline local order, we compared residue networks to perfect lattice systems by creating self-avoiding chains on chains via Metropolis Monte Carlo method that capture three dimensional structure of protein chains as much as possible. Results show that, proteins conform to close packed ordered structures with significant voids irrespective of the underlying lattice bases.Finally, we analyzed the spectral properties of networks used throughout the thesis. Spectral changes while breaking and rewiring the edges revealed the importance and roles of short and long-ranged contacts in determining the network structure.
Benzer Tezler
- Tellürit sistemlerin camlaşma davranışlarının,cam özelliklerinin ve termokromik davranışlarının incelenmesi
Investigation of glass formation behavior, glass properties and thermochromic behavior of tellurite systems
MİRAY ÇELİKBİLEK
Doktora
Türkçe
2013
Metalurji Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMetalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SÜHEYLA AYDIN
- Structural characterization of Ge-As-S chalcogenide glasses and understanding structural relaxation in oxide glasses
Başlık çevirisi yok
SEZEN SOYER
- Miseller polimerizasyonu tekniği ile şekil hafızalı hidrojellerin sentezi ve karakterizasyonu
Synthesis and characterization of shape memory hydrogels containing crystalline domains via micellar polymerization technique
ÇİĞDEM BİLİCİ
- Synthesis and characterization of porous macromolecular materials, and their applications
Gözenekli makromoleküler malzemelerin sentezi, karakterizasyonu ve uygulamaları
ÖMER SUAT TAŞKIN
- Ferrit tabanlı nanokompozit malzemelerde mikrodalga soğurma özelliklerinin araştırılması
Investigation of microwave absorption properties of ferrite based nanocomposites
MEHMET BURAK KAYNAR
Doktora
Türkçe
2014
Fizik ve Fizik MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiFizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞADAN ÖZCAN
