Zeytin (Olea europaea L.) yaprağından ß-glukozidaz enzimini kodlayan genin klonlanması
Cloning of gene encoding ß-glucosidase enzyme from olive (Olea europaea) leaves
- Tez No: 329646
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ŞENAY VURAL KORKUT, DOÇ. DR. NEHİR ÖZDEMİR ÖZGENTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 104
Özet
Aile 1 enzim sınıfına ait olan ß-glukozidazlar, ß glikozidik bağların hidrolizini kataliz ederler. Bitkilerde hücre duvarı lignifikasyonu, fitohormonların aktivasyonu ve kimyasal savunma bileşiklerinin aktivasyonu gibi pek çok önemli görevde rol alırlar.Daha önceki bir çalışmada, zeytin (Olea europaea L.) bitkisinden yaprak örnekleri kullanılarak 2.4X106 bağımsız klon içeren bir cDNA kütüphanesi kurulmuştur. Bu çalışma sonucunda elde edilen gen dizileri Phrap ve CAP3 programları kullanılarak kontig ve singletler oluşturulmuştur. Biyoteknolojik uygulamalara uygun olan genlerin araştırılması sonucunda bitkilerde ß-glukozidaz enzimini kodlayan genle homoloji gösteren bir kontig dizisi tanımlanmıştır. Bu çalışmada, daha önce elde edilen contig dizi bilgisinden yola çıkarak zeytin yapraklarından tam uzunlukta ß-glukozidaz cDNAsı izole etmek ve klonlamak amaçlanmıştır.ß-glukozidaz homologlarını kodlayan genlerin soğuğa bağlı olarak fazla ekspresyon gösterdikleri bilinmektedir, bu nedenle soğuk stresine maruz kalmış zeytin yapraklarından total RNA izole edildi. Elimizdeki kontig dizin bilgisinden yararlanılarak ileri ve geri primerler tasarlandı. Tam uzunlukta cDNA elde etmek için bu primerler kullanılarak RT-PCR uygulandı ve 1700 bp uzunluğunda bir fragment elde edildi. Fragment klonlandı ve dizin analizine gönderildi. Dizinimizin BLASTN ve BLASTP analizleri sonucunda, zeytin ß-glukozidaz dizinine %98 benzerlik gösterdiği sonucuna varıldı.Tam uzunlukta cDNA elde edildiğinde, devam etmekte olan bir projenin sonraki aşamalarında cDNA'lar Pichia ekspresyon vektörüne klonlanacak ve Pichia pastoriste eksprese edilecektir.
Özet (Çeviri)
ß-glucosidases that belong to the family 1 glycoside hydrolyses catalyze the hydrolysis of the ß-glucosidic bond. In plants ß-glucosidases play important roles in diverse aspects of plant physiology including formation of intermediates in cell wall lignification, activation of phytohormones and activation of metabolites related to chemical defense.In a previous study in our laboratory, a cDNA library was constructed which containing 2.4X106 independent clones from leaves of olive (Olea europaea L.) and contigs and singlets were generated using both Phrap and CAP3 bioinformatic programmes. The candidate genes were searched which can be amenable for biotechnological applications and was identified a contig sequence that shows homology to genes encoding ß-glucosidases in plants. The aim of this study is to isolate and clone full length ß-glucosidase cDNA from leaves of olive.Expression of genes encoding ß-glucosidase homologs are differentially upregulated in response to cold therefore total RNA isolated from olive leaves of exposed to cold stress. Forward and reverse primers were designed using sequence information of the contig. RT-PCR reactions were performed to clone full lenght cDNA and a fragment about 1700 bp was obtained. The fragment was cloned and sequenced. The sequence showed more than 98% similarity to olive beta glucosidase in BLASTN and BLASTP analysis.In later stages of an ongoing research project, full length cDNA was obtained coding region will be inserted into Pichia expression vector and the protein will be expressed in Pichia pastoris.
Benzer Tezler
- Zeytin (Olea europaea L.) beta-glukozidaz geninin pichia pastoris'te hücre dışı ifadesi
Extracellular expression of Olive (Olea europaea) beta-glucosidase gene in pichia pastoris
SERPİL DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
BiyoteknolojiYıldız Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ŞENAY VURAL KORKUT
- Zeytin (Olea europaea L. cv Gemlik) bitkisinde korunmuş miRNA'ların analizi
Analyze of some conserved miRNA in olive (Olea europaea L. cv Gemlik)
SULTAN CANSU GÖNENÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
GenetikYıldız Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEHİR ÖZDEMİR ÖZGENTÜRK
- Farklı yöntemlerle kurutulan zeytin yaprağından üretilen bitki çayının biyoaktif bileşenleri, antioksidan kapasitesi ve duyusal beğenisi
Dried with different methods produced from olive leaf plant tea bioactive components, antioxidant capacity and sensory appreciate
ERCAN IŞIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Gıda MühendisliğiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. ÇİĞDEM PALA
- Olea europaea l. bitki yapraklarından sekoiridoid yapıdaki polifenollerin ekstraksiyonu ve analizi için yeni bir yöntem geliştirilmesi
Development of a new methodology for the extraction and analysis of secoiridoid structured polyphenols from olea europaea l. leaves
NİLÜFER VURAL
- Titanyum dioksit nanopartiküllerin sentezi ve karakterizasyonu
Synthesis and characterization of titanium dioxide nanoparticles
UMUT ŞAFAK ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Kimya MühendisliğiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİME ÇITAK