Geri Dön

Dispeptik yakınmalı hastalarda helicobacter pylori varlığı, direnç ve virulans faktörlerinin moleküler yöntemler ile değerlendirilmesi

Evaluation of the helicobacter pylori, resistance and virulance factors by molecular methods in patients with dyspepsia

PDF İndir

  1. Tez No: 331306
  2. Yazar: EBRU DEMİRAY GÜRBÜZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ÖZLEM YILMAZ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 242

Özet

H. pylori'de klaritromisin direncinin tedavi başarısızlığının en önemli nedeni olduğu düşünülmektedir. Çalışmamızda H. pylori'yi saptamak ve 23S rRNA geninin A2142G (A2146G), A2142C (A2146C), A2143G (A2147G), A2143C ve A2144G pozisyonlarındaki nokta mutasyonlarına bağlı oluşan klaritromisin direncinin floresan in situ hibridizasyon (FISH) yöntemi, real-time PCR yöntemi, geleneksel kültür ve antimikrobiyal duyarlılık testleri ile belirlenmesi, cagA gen varlığının ve vacA genotiplerinin araştırılması amaçlanmıştır. Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Gastroenteroloji Polikliniği'ne dispeptik yakınmaları ile başvuran endoskopi endikasyonu konulan 234 (65 E, 169 K; yaş ortalaması 43.8±14.0) hasta çalışmaya alındı. Antrum ve korpus biyopsi örneklerine uygulanan hızlı üreaz testi, histopatoloji ve kültürün en az ikisinin pozitif olduğu olgular H. pylori enfeksiyonu olumlu olarak değerlendirildi. H. pylori suşlarının cagA pozitifliği PCR ile ürün uzunluğu 370-570 bp olarak saptandı. H. pylori suşlarının vacA genotipleri PCR ile ürün uzunlukları m1 bölgesi için 290 bp, m2 bölgesi için 350 bp, s1 bölgesi için 176 bp, s2 bölgesi için 200 bp olarak saptandı. Dört yüz altmış sekiz antrum ve korpus formalin-fikse-parafine-gömülü biyopsi kesitlerine FISH (BACTfish, Hungary) (23SrRNA gen bölgesinde 2143 ve 2144 pozisyonunda) yöntemi uygulandı. Dört yüz altmış sekiz antrum ve korpus biyopsi örneğinin DNA'ları QIAamp DNA mini kit ile ekstrakte edildi ve Real-time PCR (23SrRNA gen bölgesinde A2142G,A2142C,A2143G üç nokta mutasyonu) yöntemi uygulandı. İzole edilen H. pylori suşlarında klaritromisin duyarlılığı E-test ile değerlendirildi. En az iki test pozitifliğinde, 164 (%70.1) hasta H. pylori enfeksiyonu olumlu saptandı. Yüz altmış dört hastanın 114 (%69.5)'ü kültür olumlu, 137 (%83.5)'si FISH olumlu, 157 (%95.7)'si real-time PCR olumlu saptandı. Kültür duyarlılığı (%69.5) ve özgüllüğü (%100) ile karşılaştırıldığında, H. pylori'nin saptanmasında FISH yönteminin duyarlılığı (%83.5) daha iyi, özgüllüğü ise (%91.4) daha düşük saptandı. Real-time PCR yönteminin ise duyarlılığı %95.7, özgüllüğü %70 saptandı. H. pylori olumlu hastalarda antrum ve korpus birlikte değerlendirildiğinde; FISH ile klaritromisin direnci %20.2, E-test ile %28.0, real-time PCR ile %34.4 olarak saptandı. E-test ile, FISH arasındaki uyum %89.5, real-time PCR arasındaki uyum ise %75.4 saptandı. H. pylori kültür olumlu 114 hastadan 53 (%46.5)'ü cagA olumlu saptandı. Klaritromisin direnci ile cagA pozitifliği arasında ilişki saptanmadı. Yirmi-dokuz (%25.4) hastada vacA m1s1 genotipi (21 CagA+); bir (%0.9) hastada m1s2 genotipi; 40 (%35.1) hastada m2s2 genotipi (4 CagA+), 35 (%30.7) hastada m2s1 genotipi (25 CagA+), 9 hastada ise miks suş saptandı ve vacA genotipleri ile klaritromisin duyarlılığı arasında bir ilişki saptanmadı. vacA m1s1 ve m2s1 genotipi CagA pozitifliği ile, vacA m2s2 genotipi ise CagA negatifliği ile ilişkili saptandı. Sonuç olarak, FISH yöntemi geleneksel kültür yöntemi ile karşılaştırıldığında H. pylori'nin saptanmasında duyarlılığı belirgin şekilde arttırmaktadır. FISH dispeptik yakınmalı hastaların tanı ve tedavisinin belirlenmesinde hızlı karar verilmesi gerekliliği açısından kullanışlı, güvenilir ve yüksek duyarlılığa sahip bir tekniktir.

Özet (Çeviri)

Clarithromycin resistance in H.pylori is considered an important cause for treatment failure. We aimed to detect H. pylori and determine clarithromycin resistance which is due to A2142G (A2146G), A2142C (A2146C), A2143G (A2147G), A2143C and A2144G point mutations in 23S rRNA gene by fluorescence in situ hybridization (FISH), real-time PCR, conventional culture and antimicrobial susceptibility testing and also to identify cagA positivity and vacA genotypes. Two-hundred-thirty-four patients with dyspepsia (65M, 169F; mean age 43.8±14.0 years) admitted to Gastroenterology Outpatient Clinic at Dokuz Eylül University Hospital were taken into the study. The diagnosis of H. pylori infection was defined as positive for at least two positive results with rapid urease test, histopathology and culture which were applied to antrum and corpus biopsy specimens. H. pylori cagA positive PCR products ranging 370-570 bp were amplified. H. pylori vacA genotypes PCR products; 290 bp for m1 region, 350 bp for m2 region, 176 bp for s1 region, 200 bp for s2 region were amplified. Formalin fixed paraffin embedded 468 antrum and corpus tissue sections were applied FISH (BACTfish, Hungary) (2143 and 2144 positions in 23SrRNA gene) method. DNA of 468 antrum and corpus biopsy specimens were extracted by QIAamp DNA mini kit and Real-time PCR (A2142G,A2142C,A2143G three point mutations in 23SrRNA gene) methods were applied to them. E-test was used to assess clarithromycin susceptibility in the isolated H. pylori strains. One-hundred-sixty-four (70.1%) patients were H. pylori positive according to at least two positivity. One-hundred-fourteen (69.5%) of 164 patients were culture positive, and 137 (83.5%) were positive by FISH, 157 (95.7%) were positive by real-time PCR. The sensitivity of FISH (83.5%) was significantly better, but not the specificity (91.4%) for detection of H. pylori, when compared with culture sensitivity (69.5%) and specificity (100%). The sensitivity and specificity of real-time PCR was 95.7%, 70%, respectively. Among H. pylori-positive patients, FISH detected clarithromycin resistance in 20.2%, E-test in 28.0%, real-time PCR in 34.4% of samples considering both antrum and corpus. The concordance between E-test and FISH was 89.5%. The concordance between E-test and real-time PCR was 75.4%. Among H. pylori-culture positive patients; 53 (46.5%) were cagA positive and no correlation was found between cagA positivity and clarithromycin resistance. m1s1 genotypes of vacA is in 29 (25.4%) patients (21 cagA+); m1s2 genotypes in 1 (0.9%) patient; m2s2 genotypes in 40 (35.1%) patients (4 cagA+) ; m2s1 genotypes in 35 (30.7%) patients (25 cagA+) were detected. Nine patients have mixed genotype strains. No relationship between vacA genotypes and clarithromycin susceptibility were found. As expected, vacA m1s1 and m2s1 were associated with CagA positivity and vacA m2s2 was associated with CagA negativity. As a conclusion, FISH significantly increases the sensitivity to detect H. pylori in the clinical microbiology laboratory when compare with traditional culture techniques. FISH technique is a reliable and highly sensitive method, especially useful when a quick decision is necessary for the management of diagnosis and treatment for patient with dyspepsia.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    118468

    Helicobacter pylori'de metronidazol direnci ve virülans faktörleri ile ilişkisi

    Başlık çevirisi yok

    EVREN DORUK ENGİN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2002

    MikrobiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLŞEN HASÇELİK

  2. Tez No

    311478

    Endoskopi yapılan hastaların biyopsi örneğinde helicobacter pylori varlığının kültür yöntemiyle araştırılması ve duyarlılığının e-test metoduyla gösterilmesi

    Investigation of the existence of helicobacter pylori in endoscopic biopsy specimens by culture method and demonstration of its susceptibility by e-test method.

    SEMA AYDOĞDU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    MikrobiyolojiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MURAT GÜNAYDIN

  3. Tez No

    667517

    Dispeptik Hastalardan Üretilen Helicobacter pylori Kökenlerinde Klaritromisin Direnç Nedeni Yeni Mutasyonlar ve Bunların Fenotipik Dirence Etkileri

    New Point Mutation Associated with Clarithromycin Resistance in Helicobacter pylori Strains İsolated From Dyspeptic Patients and Their Effects on Phenotypic Clarithromycin Resistance

    MERVE SAKLI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BEKİR SAMİ KOCAZEYBEK

  4. Tez No

    163212

    Helicobacter pylori izolatlarında antimikrobiyal ajanlara karşı direnç

    Resistance to antimicrobial agents in isolates of Helicobacter pylori

    PEREN BAĞLAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    GastroenterolojiAnkara Üniversitesi

    Temel Hepatoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. A. MİTHAT BOZDAYI

  5. Tez No

    86788

    Helicobacter Pylori'ye karşı gelişen antikorlar ile değişik klinik durumlar arasındaki ilişkinin irdelenmesi

    Examination of the association between antibodies against helicobacter pylori and various cliniccal situations

    NEŞE KAKLIKKAYA

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    MikrobiyolojiKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. FARUK AYDIN

Geri Dön