Rıboswıtch-metal iyonu etkileşimlerinin moleküler modelleme yöntemleri ile incelenmesi
Investigation of the interactons between riboswitch and metal ions by molecular modelling
- Tez No: 332175
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CENK SELÇUKİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 59
Özet
Bu çalışmada M-box Riboswitchlerin Mg2+ ile etkileşim mekanizmasını incelemek için nükleik asit yapılarında yer alana tüm nükleobazların olası tautomerlerinin optimizasyonu ve Mg2+ ile etkileşimleri incelenmiştir. Tautomerleşmede çevresel faktörler çok önemli rol oynar: su varlığı, kimyasal modifikasyon, metalik katyon etkileşimi, ışınla uyarma, uyarılma. Bu çalışmada elde edilen tüm yapıların metal iyonlarıyla etkileşiminin incelenmesi sonucu tautomerlerin kararlılıklarının nasıl değiştiği görülmüştür. DNA ve RNA yapısındaki nadir tautomerlerin metal varlığında kararlılıkları ve metalin tautomerleşmeye moleküler modelleme metodları yardımıyla hesapsal olarak incelenmiştir. B3LYP/cc-PVTZ seviyesindeki hesaplamlarda elde edilen sonuçlar tautomerler ile Mg2+ etkileşimlerinin, standart nükleobaz ile Mg2+ etkileşimlerine göre daha kararlı olduğunu göstermiştir.
Özet (Çeviri)
In this study, interactions between possible tautomers of all nucleobases present in nucleic acids and Mg2+ have been investigated to gain insight on the structural and functional properties of M-box riboswitch. Enviromental factors including water, chemical modification, metalic cation interaction, irradition, and excitation play an important role in tautomerization. In this study, the effect of metal ions on the stability and properties of the nucleobase tautomers have been observed by using molecular modelling tools. It has been shown that rare tautomers of DNA and RNA nucleobases have different stabilities in the presence of metal ions. Our results at B3LYP/cc-PVTZ level indicate that these rare tautomers form more stable complexes with Mg2+ compared to canonical nucleobase Mg2+ complexes.
Benzer Tezler
- Küçük organik moleküllerin biyotransformasyonununu katalizleyen enzimlerin mühendisliği için yeni bir strateji: rıboswıtch-eşlenmiş tarama platformu
A novel strategy for engineering of enzymes for the catalysis of small organic molecule biotransformation: riboswitch-coupled screening platform
BURHAN BORA
- Riboşalterlerin insan genomunda aranması ve bilgisayar ortamında vaka çalışmaları ile potansiyel bir ilaç hedefi olarak tahmin edilmesi
Searching for riboswitches in the human genome and estimation of them as a potential drug target with insilico case studies
NİHAT BURAK ZİHNİ
Doktora
Türkçe
2023
BiyoistatistikKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoistatistik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL TURHAN