Desglisin-fitoşelatin peptidinin ağır metallerle etkileşiminin incelenmesi
Investigation of the interactions between desglycine-phytochelatin and heavy metals
- Tez No: 332176
- Danışmanlar: PROF. DR. FİGEN ZİHNİOĞLU, DOÇ. DR. CENK SELÇUKİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 55
Özet
Biyoremediasyonda kullanılan ve seçici olarak metal iyonlarına bağlanabilen fitoşelatin ailesinden desglisin-fitoşelatinin, (gama-glutamil-sistein)n n=1, yapısı ve Cu+ ve Cu2+ iyonları ile oluşturduğu etkileşimlerin yapı ve enerjileri kuantum kimyasal, yoğunluk fonksiyoneli teorisi (density functional theory, DFT) kullanılarak gaz ve su ortamında hesaplandı. Su ortamının etkisi Polarizable Continuum Model (PCM) ile incelendi. En kararlı nötral desglisin-fitoşelatin konformerini belirlemek için konformasyonel analizi moleküler mekanik ile yapıldı. Elde edilen her bir konformer B3LYP/cc-pVTZ seviyesinde gaz ve su ortamında optimize edildi. Optimizasyon sonrasında gaz ve su ortamında elde edilen en kararlı konformerler seçilerek bağlanma olasılığı yüksek 13 farklı bölgeye bakır iyonu yerleştirildi. Bakır içeren sistemlerin optimizasyon ve frekans analizi GEN baz seti (C, H, O, N, S için cc-pVTZ; Cu için LANL2DZ) ile yapıldı. Gaz ve su ortamında yapılan Cu+ etkileşimlerinde ve gaz ortamında yapılan Cu2+ etkileşimlerinde en kararlı bakır kompleksi, bakırın 12. bölgeye bağlanması sonucunda oluşurken, su ortamında Cu2+ ile en kararlı kompleks Cu2+?ın 8. bölgeye bağlanması sonucu oluştuğu gözlendi. Cu2+ desglisin fitoşelatin yapısının parçalanmasına yol açarken Cu+ böyle bir etki göstermediği belirlendi. Yapılan hesaplamalar gaz ve su ortamında Cu iyonlarının peptid üzerindeki belirli bölgelere seçici olarak bağlandığını gösterdi. Ayrıca Cu+ ortamdan fazla etkilenmezken Cu2+?nin su ortamında özelliklerinin önemli ölçüde değiştiği belirlendi.
Özet (Çeviri)
Phytochelatins are a group of peptides used in bioremediation because of their selective binding to metal ions. Structure of desglycine-phytochelatin, one of the smallest members of this family, and its complex with Cu+ ve Cu2+ ions were determined. Energies of these structures were calculated with DFT (density functional theory) quantum chemical method in vacuum and water. Effects of water environment have been investigated with Polarizable Continuum Model (PCM). To determine the most stable conformer of neutral desglycine-phytochelatin, conformational analysis was performed with molecular mechanics. Each conformer obtained from conformational search has been optimized at B3LYP/cc-pVTZ level in vacuum and water. Copper ions were added to 13 different binding sites on each conformer in vacuum and water. Optimization and frequency analysis of copper complexes were done with GEN (cc-pVTZ for C, H, O, N, S; LANL2DZ for Cu) basis set. 12th binding site was most stable in all interactions with Cu2+ in vacuum and all interactions with Cu+ in vacuum and water. The most stable complex with Cu2+ in water was formed with 8th binding site. While Cu2+ led to cleavage of desglycine-phytochelatin, Cu+ did not cause such an effect. The computed results indicate that Cu ions prefer specific sites in both media, selectively. The environment does not have a major effect on Cu+ complexes; however, Cu2+ complexes are significantly affected from the medium.
Benzer Tezler
- Aziz Nesin'in Sen Gara Değilsin oyununun anlatı olarak sahnelenmesi
The staging of Aziz Nesin's play Sen Gara Değilsin as the narrative
ONUR KESKİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Sahne ve Görüntü SanatlarıBahçeşehir Üniversitesiİleri Oyunculuk Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SENEM CEVHER
- Communicatıng difficult pasts in performing arts: Disko 5 No'lu and Sen Balık Değilsin ki
Zor geçmişleri performans sanatlarında aktarmak: Disko 5 No'lu ve Sen Balık Değilsin ki
GAMZE TOSUN
- YÖN Dergisi ve eğitime bakış açısı (köy enstitüleri)
Yön Magazine and its perspective on education (village institutes)
ERGÜL CEYHAN
- Derbent baraj gölü (Bafra, Samsun-Türkiye) fitoplanktonu ve mevsimsel değişimi üzerine bir araştırma
An Investigation on the phytoplankton and its seasonal variation of Derbent reservoir (Bafra, Samsun-Türkiye)
BEYHAN TAŞ
- Lilium hibritlerinde farklı fotoperiyotların gelişme süresi ve kalite faktörleri üzerine etkileri
The lilium hollandicum of defferent photoperiots are growth periods and quality factories
BİRSEL BİRLİK
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Peyzaj MimarlığıEge ÜniversitesiPeyzaj Mimarlığı Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ADNAN HATİPOĞLU
