Tuz Gölü viral çeşitliliğinin araştırılması
Investigation of viral diversity in Tuz Lake
- Tez No: 334839
- Danışmanlar: DOÇ. DR. M. BURÇİN MUTLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Tuz Gölü, Halovirüs, Kültür-bağımsız yaklaşımlar, Tuz Lake, Haloviruses, Culture-independent approaches, Salt Lake
- Yıl: 2013
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Anadolu Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Virüslerin sucul ortamlarda yüksek oranda bulunduğu ve bu ortamlardaki mikrobiyal biyokütle, populasyon ve genetik çeşitliliği ve dolayısıyla uzun dönemli evrimi etkileyen ana faktörlerden biri olduğu düşünülmektedir. Bu rollerinden dolayı viral çeşitliliğin belirlenmesi günümüzde birçok araştırmanın ana basamakları arasında yer almaya başlamaktadır.Bu çalışmada mikroskopi ve moleküler genetik temelli yöntemler ile Tuz Gölü'ndeki viral çeşitlilik belirlenmiş ve kültür-bağımsız yaklaşımlar ile incelenmiştir. Su örneğindeki viral yoğunluk, SYBR Gold boyama sonucu epifluoresan mikroskobi (EFM) kullanımıyla mililitrede yaklaşık 109 VLP (virüs benzeri partikül) olarak belirlenmiştir. Su örneğinin filtrasyonu ve konsantrasyonunun ardından gerçekleştirilen atımlı-alan jel elektroforezi (PFGE) ile viral topluluğun genom büyüklüğünün 30-40 kb arasında dominant olduğu görülmüştür. Geçirimli elektron mikroskobi (TEM) ile virüs partiküllerinin oldukça çeşitli morfolojilere sahip olduğu saptanmıştır. Küresel halovirüsler ve iğ şekilli virüsler çeşitliliğin büyük bir kısmını oluştururken, baş ve kuyruk yapıdaki virüslerin çeşitliliğin yaklaşık %4'ünü oluşturduğu belirlenmiştir. Belirlenen filament şekilli ve kın şekilli virüslere günümüze kadar hipersalin ortamlardan yalnızca Büyük Tuz Gölü (Utah) ve İspanya'da solar tuzlada rastlanmıştır. Günümüze kadar hipersalin ortamlarda görülmememiş kurşun-benzeri morfolojiye sahip virüslere ilk defa bu çalışma ile Tuz Gölü'nde rastlanmış ve çeşitliliğin yaklaşık %12'sini oluşturduğu belirlenmiştir. Ayrıca total viral DNA ekstrakte edilmiş ve fosmid vektörler kullanımı ile metagenomik kütüphane oluşturulmuştur. Bu tez çalışması ile Tuz Gölü viral çeşitliliği ilk kez ortaya konmuş ve karakterize edilmiştir.Bu çalışmayı desteklemek amacıyla ortamdaki mikrobiyal çeşitlilik denatüre edici gradient jel elektroforezi (DGGE) ile belirlenmiş ve Haloquadratum ve Salinibacter strainlerinin sırasıyla Archaea ve Bacteria domainlerinde baskın olduğu görülmüştür. Fluoresan In-situ hibridizasyon (FISH) ile Archaea domaini üyelerinin daha baskın olduğu görülmüştür.
Özet (Çeviri)
Viruses exist high levels in the aquatic environments and it is believed that they are the main factors that affect the microbial biomass, population and genetic diversity and also long term evolution. Because of these roles, to determine the viral abundance becomes the main step of many studies.With this study the viral diversity in Tuz Lake was determined by using microscopy and molecular genetic based methods and examined with culture-independent approaches. Viral abundance was determined as 109 VLP/ml with using Epifluorescence Microscopy (EFM) after SYBR Gold staining of water sample. Pulsed-field Gel Electrophoresis (PFGE) was performed after filtration and concentration of water sample, and dominant bands were found nearly 30-40 kb in viral assemblage. By Transmission Electron Microscopy (TEM) virus particles were detected with different morphologies. Icosahedral viruses and spindle-shaped viruses were constitute high range of viral diversity whereas head and tail viruses were formed nearly 4% of viral diversity. The filamentous and rod-shaped viruses were seen in Tuz Lake, and also until today they only seen in Great Salt Lake (Utah) and solar saltern in Spain. Also, the bullet-shaped virus morphology determined the first time in Tuz Lake with this study and consists nearly 12% of viral diversity. Viral DNA was extracted and cloned in fosmid vectors to generate metagenomic library. This was the first time that viral diversity of Tuz Lake was propounded and characterized.Microbial diversity was also investigated, by Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) Haloquadratum and Salinibacter were found dominant in Archaea and Bacteria domains, in respectively. Fluorescence In-situ Hybridization (FISH) the community was detected dominant in Archaea domain.
Benzer Tezler
- Orta Anadolu'daki sulak alanların zamansal-mekansal değişim analizi ve gelecek projeksiyonları
Spatotemporal change analysis and future projections of wetlands in Central Anatolia, Türkiye
HİLAL DAŞDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
Jeodezi ve Fotogrametriİstanbul Teknik ÜniversitesiBilişim Uygulamaları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ADALET DERVİŞOĞLU
- Yeraltında doğal gaz depolama: Tuz Gölü örneği
Underground natural gas storage: The example of Tuz Golu
MEHMET MELENDİZLİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Makine MühendisliğiAksaray ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÜNAL AKDAĞ
- Prediction of production and injection performance of gas storage caverns in salt formations
Tuz formasyonlarında gaz depolama mağaralarının üretim ve enjeksiyon performanslarının belirlenmesi
ERTUĞ ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2001
Petrol ve Doğal Gaz MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiPetrol ve Doğal Gaz Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SUAT BAĞCI
- Late quaternary paleoclimate and paleoenvironment changes in urmia lake, nw Iran
Urmiye gölü, kb iran geç kuvaterner paleoiklim ve paleoortam değişimleri
GÜLGÜN ERTUNÇ
Doktora
İngilizce
2025
Jeoloji Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKatı Yer Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAHSİN ATTİLA ÇİNER
- Nevşehir Müzesi'nden bir grup mezar örneği; Lahit, ostotek ve pişmiş toprak lahitler
A group of grave samples from Nevşehir Museum; Sarcophagi, ostotecs and terracotta sarcophagi
YASİN YILDIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
ArkeolojiNevşehir Hacı Bektaş Veli ÜniversitesiArkeoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BİLSEN ŞERİFE ÖZDEMİR