Kefir florasındaki mikrobiyal çeşitliliğin yeni nesil dizileme yöntemi ile metagenomik olarak incelenmesi
Metagenomic analysis of microbial variety in kefir flora using next generation sequencing technology
- Tez No: 336794
- Danışmanlar: DOÇ. DR. DURAN ÜSTEK, YRD. DOÇ. DR. HANDAN CAN OTU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Genetik, Biology, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 72
Özet
Amaç: Bakteri ve mayaların komünitesi ile ortaya çıkmış, yoğun bir polisakkarit matrikse sahip olan kefir tanelerinin sütü fermente etme özelliği, sahip olduğu besin değerleri, prebiyotik ve probiyotik içeriği, kefirin fonksiyonel bir gıda olarak kullanılmasını sağlamıştır. Bu kullanımın sınırlarını genişletmek için mikrobiyal içeriğinin; yeni, hızlı ve doğruluğu yüksek bir biçimde metagenomik olarak belirlenmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Farklı kaynaklardan elde edilen 2 farklı kefir örneğinin önce total metagenomik DNA'ları izole edildi. İlgili protokole uygun olarak GS FLX sistemi kullanılarak pirodizileme yöntemi ile dizilendi. Sonuçlar iki farklı biyoinformatik programda incelendi.Bulgular: Farklı kaynaklı kefirlerde farklı genuslara rastlanmakla birlikte her iki örnekte de baskın olan genusun Lactobacillus olduğu görüldü.Tartışma: Farklı menşeli kefirlerin içeriğinin farklı olduğu görüldü. Kullanılan metagenomik programların tür/alttür seviyesine kadar inemeyip genuslarda kaldığı görüldü. Metagenomik örneklerin içeriğinin tam anlamıyla belirlenmesi için öncelikle elde edilen datayı daha derinlemesine analiz edebilecek algoritmaya sahip bir biyoinformatik programla çalışılması gerekmektedir. Bu sayede, bu çalışmada elde edilen verilerde doğruluğundan şüphe edilen genusların gerçekten kefir içeriğinde var olup olmadığı belirlenebilecektir.
Özet (Çeviri)
Aim: Fermentation property, nutritive values, probiotic and prebiotic content make kefir used as a functional food which was occured by the community of yeasts and bacterias. Aim of this study is to sequence metagenomic kefir sample with high accuracy, high speed and low cost. Thus its utilization can be generalize as a functional food.Method: DNAs of the two kefir sample, which obtained from different sources, were isolated according to protocol. DNAs were sequenced by using GS FLX system. The results were analysed by different bioinformatic softwares.Result: Different genuses were occured in different sourced kefirs. On the other hand, in both two samples, Lactobacillus genus was observed as the most dominant genus.Discussion: It was observed, different originated kefirs? contents are different. Softwares couldn?t analysed species or subspecies levels and stayed in genus level. For the determination of metagenomic sample content completely, a bioinformatic software which is going to be able to analyse the data elaborately by its spesific algorithm, has to be used. Thus, uncertain existance of some genuses can be expose if they really exist or not.
Benzer Tezler
- Bazı içilebilir fermente süt ürünlerinden identifiye edilen bakterilerin probiyotik özelliklerinin yakult üretiminde kullanılan lactobacillus casei shirota suşu ile karşılaştırılması
Comparison of probiotic properties of bacterias identified from fermented milk beverages and yakult microorganism lactobacillus casei shirota
YUSUF BİÇER
Doktora
Türkçe
2019
Besin Hijyeni ve TeknolojisiSelçuk ÜniversitesiVeteriner Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim dalı
PROF. GÜRKAN UÇAR
- Kontrollü atmosfer uygulamasının kefir danesi ve kefir üzerine etkilerinin belirlenmesi
Effects of controlled atmosphere application on kefir grains and kefir
TUĞBA KÖK TAŞ
Doktora
Türkçe
2010
Gıda MühendisliğiSüleyman Demirel ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZEYNEP B. SEYDİM
- Farklı kefir danelerinin mikrobiyal dinamiğinin açığa çıkarılması
Assessment of the microbial dynamics of different kefir grains
HÜLYA KOCA
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Gıda MühendisliğiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. YEKTA GEZGİNÇ
- Geleneksel yoğurtlarda mikrobiyel floranın belirlenmesi ve başlatıcı kültür kombinasyonlarının oluşturulması
Determination of microbial flora of traditional yoghurts and formation of starter culture combinations
ZAHİDE ÇETİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Gıda MühendisliğiSüleyman Demirel ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYNUR GÜL KARAHAN
- Kefirin bazı probiyotik özelliklerinin belirlenmesi ve inflamatuar bağırsak hastalarının semptomlarına, hasta dışkılarındaki lactobacillus florasına etkilerinin incelenmesi
Determination of some probiotic properties of kefir and investigation its effects on inflammatory bowel disease symptoms, patient's lactobacillus flora of feces
İLKAY YILMAZ
Doktora
Türkçe
2018
Gıda Mühendisliğiİstanbul Aydın ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAYDAR ÖZPINAR