Geri Dön

Solunum yolu viral enfeksiyon etkenlerinin saptanmasında in-house PCR optimizasyonu

In-house PCR optimization for detection of respiratory viral pathogens

PDF İndir

  1. Tez No: 336799
  2. Yazar: MELİS KANTURVARDAR TÜTENYURD
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SELİM BADUR
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Moleküler Tıp, Tıbbi Biyoloji, Molecular Medicine, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Temel Tıp Bilimleri Bölümü
  12. Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 110

Özet

Viral solunum yolu enfeksiyonları, görülme sıklığının fazla olması, yayılımlarının kolaylığı, yüksek morbidite ve mortaliteyle sonuçlanmaları nedeniyle tüm dünyada önemli halk sağlığı sorunu oluşturmaktadırlar. Tüm yaş gruplarında sorun yaratan viral solunum yolu enfeksiyonları, komplikasyon sıklığı fazla olan çocuklarda, okul devamsızlığına ve hospitalizasyona; erişkinlerde ise iş gücü kaybına ve dolaylı olarak ekonomik kayba neden olmaktadır.Ülkemizde solunum yoluna yerleşen virüslerin tanısının yaygın biçimde yapılmaması nedeniyle viral kökenli solunum yolu enfeksiyonları, bakteriyel kökenli solunum yolu enfeksiyonlarından ayırt edilememekte ve hastalara kimi zaman gereksiz yere antibiyotik tedavisi uygulanmakta, bu durum ekonomik kayba ve antibiyotiğe dirençli bakterilerin yayılmasına neden olabilmektedir.Bu çalışmada, sıklıkla rastlanan 11 viral etkenin tanısını koymak amacıyla hızlı ve güvenilir sonuç veren Real Time PCR esasına dayanan bir tanı yöntemi geliştirilmiş ve optimizasyonu gerçekleştirilmiştir. Tanıda kullanılan primer ve problar Primer Express (Applied Biosystems, A.B.D.) programı ile seçilmiş; primerlerin özellikleri Power SYBR Green PCR Master Mix Kiti (Applied Biosystems, A.B.D.) ile; primer prob uyumları ise TaqMan Gene Expression Master Mix Kiti (Applied Biosystems, A.B.D.) ile kontrol edilmiştir. Multipleks çalışmalar öncelikle TaqMan Gene Expression Master Mix Kiti (Applied Biosystems, A.B.D.) ile daha sonra tek aşamalı OneStep Superscript qRT-PCR kiti (Applied Biosystems, A.B.D.) ile gerçekleştirilmiştir.Geliştirilen yöntem ile, laboratuarımıza gönderilen ve Real Time RT-PCR ile Influenza virüs negatif bulunan, 200 solunum yolu örneğinde, Adenovirus, Rhinovirus, Respiratory Syncytial Virüs, Parainfluenza virüs 1-2-3, Coronavirus 229E- N63-OC43, Metapneumovirus ve Bocavirus varlığı araştırılmıştır. Onbir örnekte Rhinovirus, 11 örnekte Coronavirus OC43, beş örnekte Parainfluenza virüs 3, dört örnekte Coronavirus NL63, dört örnekte Bocavirus, iki örnekte Parainfluenza virüs 2, iki örnekte Coronavirus 229E, iki örnekte Metapneumovirus pozitifliği saptanmıştır. Ayrıca bir örnekte Rhinovirus ve Parainfluenza virüs 3, bir örnekte Rhinovirus ve Coronavirus 229 E, bir örnekte Rhinovirus ve Coronavirus OC43 çoklu pozitifliği tespit edilmiştir.

Özet (Çeviri)

Respiratory tract infections are among the most common infectious diseases of humans worldwide, causing significant morbidity and mortality. They are consequently responsible for an enormous economic burden on society in terms of visits to doctors, treatments, hospitalisations and absences from work and school.Nucleic acid amplification methodologies have revolutionised the diagnosis of infectious diseases. They provide timely, accurate and dependable diagnosis, enabling the initiation of appropriate interventions without delay, improving patient care and ultimately reducing costs. The great strength of molecular techniques, especially multiplexed tests, is that they increase sensitivity and create a means to test for numerous pathogens using a common system. Many of these pathogens were previously unable to be detected by techniques such as DFA and culture.The test we designed involves Human Adenovirus, Human Rhinovirus, Human Respiratory Syncytial Virus, Human Parainfluenza virüs 1-2-3, Human Coronavirus 229E-NL63-OC43, Human Metapneumovirus, Human Bocavirus. Primers and probes designed with Primer Express (Applied Biosystems, USA) program, primers checked with Power SYBR Green PCR Master Mix (Applied Biosystems, USA), primer prob interraction is controlled with TaqMan Gene Expression Master Mix (Applied Biosystems, USA) and one step multiplex PCR is optimised with One-Step SuperScript qRT-PCR Kit (Applied Biosystems, USA). All real-time RT-PCR assays were developed for use on the ABI 7500 real-time PCR system. Probes are labelled with the dyes FAM, VIC and NED.Influenza virüs negative 200 samples are investigated and 11 Rhinovirus, 11 Coronavirus OC43, 5 Parainfluenza virüs 3, 4 Coronavirus NL63, 4 Bocavirus, 2 Parainfluenza virüs 2, 2 Coronavirus 229E, 2 Metapneumovirus, 1 Rhinovirus and Parainfluenza virüs 3 mix infection, 1 Rhinovirus and Coronavirus 229E mix infection, 1 Rhinovirus and Coronavirus OC43 mix infection is diagnosed.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    386722

    Toplumda gelişen pnömonilerde bakteriyel ve viral etkenlerin dağılımı ve klinik özellikler

    Distribution of bacterial and viral agents at community acquired pneumonia and clinical features of disease

    DENİZ ÖZER TÜRK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıCelal Bayar Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖZLEM TÜNGER

  2. Tez No

    845769

    1 ay - 18 yaş arası çocuklarda multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile saptanan solunum yolu virüslerinin retrospektif olarak değerlendirilmesi

    Retrospective evaluation of respiratory tract viruses detected by multiplex polymerase chain reaction (PCR) in children between 1 month - 18 years of age

    KÜBRA ÖZKAYA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NACİYE GÖNÜL TANIR

  3. Tez No

    310306

    Toplumda gelişen pnömonilerin etiyolojisinde bakteriyel/viral etkenlerin moleküler tanı yöntemleriyle saptanmasının klinik gidiş ve sağaltıma olası etkisi

    The possible impact of rapid diagnosis of bacterial / viral agents in the etiology of community acquired pneumonia to the clinical course and the theraphy

    DERYA ÇAĞLAYAN SERİN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıEge Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HÜSNÜ PULLUKÇU

  4. Tez No

    880710

    Çocuklarda üst solunum yolu enfeksiyon etkenlerinin multipleks pcr yöntemiyle araştırılması

    Investigation of upper respiratory tract infection agents in children by multiplex pcr

    TUĞBA TEKEREK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    MikrobiyolojiGaziantep Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TEKİN KARSLIGİL

  5. Tez No

    770811

    Solunum yolu viral patojenlerinin pediatrik karaciğer naklinde etkileri

    Effects of respiratory viral pathogens on liver transplantation in children

    HİLAL PARILDAR TİRYAKİ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SELDA HANÇERLİ TÖRÜN

Geri Dön