Analysis of CHRNA5 expression in breast cancer cell lines in response to serum starvation and estrogen treatment
CHRNA5 ifadesinin meme kanseri hücre hatlarında analizi ve serum açlığı ile östrojene cevabı
- Tez No: 336858
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ÖZLEN KONU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Moleküler Tıp, Tıbbi Biyoloji, Biology, Molecular Medicine, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: meme kanseri, CHRNA5, alternatif kırpılma, östrojen, serum açlığı, moleküler tip, Breast cancer, CHRNA5, estrogen, serum starvation, molecular subtype
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 162
Özet
Meme kanseri karmaşık bir hastalık olup, moleküler olarak bazal, luminal A, luminal B, HER2+ ve normal tipler olarak sınıflandırılabilir. Bu tipler arasındaki ana fark hormon reseprörlerinin ifadeleri açısındandır. Farklı tip- lerin tedaviye cevapları da farklıdır. Bu nedenle, meme kanserini daha iyi sınıflandırabılmek için yeni moleküler markörler bulmanın önemi artmak- tadır. Kolinerjik nikotinik asetilkolin reseptörleri , sigara içme alışkanlığında, nörodejeneretiv hastalıklarda ve kanserde rolü olduğu düşülünen iyon kanal- larıdır. Kolinerjik reseptör nikotinik alfa 5 (CHRNA5) nikotin bağımlılığı ve akciğer kanseri ile ilişkilendirilmiştir ancak meme kanserindeki önemi henüz bilinmemektedir. Bu çalışmada, 10 adet meme kanseri hücre hat- tından oluşan bir panel kullanılarak, CHRNA5 varyantlarının ifadesi qPCR ile ölçülmüştür. CHRNA5 ifasesinin serum açlığı ve östrojen tedavisine bağlı değişimi incelenmiştir. qPCR sonuçları CHRNA5in meme kanseri hücre hat- larında alternatif kırpıldığını ve en az beş izoforma sahip olduğunu göster- miştir. Serum varlığında ve serum açlığında CHRNA5 ifadesini ölçen qPCR verilerinin analizleri aykırı verilerin bulunup çıkartılmasından sonra, TPT1 ve SDHA referans genlerinin geometrik ortalaması alınarak ANCOVA istatistik- sel analizi ile yapılmıştır. Sonuçlarımız gösteriyor ki, CHRNA5 ifadesi farklı tip meme kanseri hücre hatları arasında farklılık göstermektedir. Serum yokluğunda ZR-75-1 ve MDA MB 157 hücre hatlarında CHRNA5 ifadesi izoformlara özgü olarak anlamli bir değişime uğramıştır. Östrojen tedavisi sonucunda, CHRNA5 izoformlarının ifadeleri doz ve zamana bağlı olarak değişmektedir. Toplam CHRNA5 ifadesi ve izoform 2 CHRNA5 ifadesi 24 saatte, 12 saate göre artış göstermiştir. Bulgularımız CHRNA5in meme kanserinde birden fazla izoformu olduğunu ve bu izoformların serum açlığı ve östrojen tedavisi sonucunda, hücre hattına bağlı olarak değişme potan- siyelinin olduğunu göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Breast cancer is a complex disease that can be classified into distinct molec- ular subtypes including Basal, Luminal A, Luminal B and HER2 positive. These molecular subtypes mainly differ in their hormone receptor expression and response to treatment. This makes the discovery of new molecular markers for further classification important. Cholinergic nicotinic acetylcholine receptors are ion channels involved in smoking behavior, neurodegenerative diseases and cancer. Cholinergic nicotinic receptor alpha 5 (CHRNA5) has been associated with nicotine addiction and recently with lung cancer yet its importance in breast cancer remains relatively unexplored. In the present study, a panel of 10 breast cancer cell lines were used for quantification of isoform-specific CHRNA5 expression using qPCR. Changes in CHRNA5 expression in response to serum starvation and estrogen treatment were assessed. qPCR showed that CHRNA5 was alternatively spliced, with at least five different isoforms in breast cancer cell lines. qPCR analysis for CHRNA5 expression in serum treated and serum starved cells were analyzed after outlier detection and exclusion; and statistical tests included ANCOVA using geometric mean of TPT1 and SDHA, as reference genes. Our results demonstrated that, CHRNA5 expression differed between different subtypes of breast cancer cell lines. CHRNA5 expression significantly responded to serum starvation in ZR75-1 and MDA-MB-157 cell lines, isoform specifically. Isoform expression of CHRNA5 exhibited significant alterations upon estro- gen treatment in a dose and time-dependent manner. Expression of 1000bp variant, isoform2 and isoform3 of CHRNA5 significantly increased upon E2 treatment and total CHRNA5 and isoform2 CHRNA5 increased in expres- sion at 24 hours when compared with 12 hours of treatment. Our findings show that CHRNA5 has multiple isoforms in breast cancer, with potential to be modulated by serum starvation and estrogen treatment in a cell-specific manner.
Benzer Tezler
- hsa-miR-497 as a modulator of the expression in the presence or absence of CHRNA5 in breast cancer
mir-497 meme kanserinde, CHRNA5 ile alakalı, önemli bir regülatör mü?
BAŞAK ÖZGÜRSOY
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Identification of modulatory functions of TP53, estrogen signaling, and 14q32.31 mirna cluster on chrna5 knock-down expression profile and development of syneRgy APP
Tp53, östrojen sinyal yolaği, ve 14q32.31 miRNA grubu'nun CHRNA5 deplesyon ifade profili üzerine etkilerinin belirlenmesi ve syneRgy uygulamasının geliştirilmesi
AYŞE GÖKÇE KEŞKÜŞ
Doktora
İngilizce
2021
Biyoistatistikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiDisiplinlerarası Sinir Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- TP53 META: A webtool to visualize effects of TP53 modulators and mutations on expression profiles with a focus on breast cancer
TP53 META: TP53 modülatörleri ve mutasyonlarının meme kanseri odağında gen ifade profillerine etkilerini görselleştiren bir web aracı
ABDUL MOIZ AFTAB
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Nicotine-modulated gene expression profiles in MCF7 breast cancer cell line and involvement of estrogen in CHRNA5 expression
MCF7 meme kanser hücre hattında nikotinden etkilenmiş gen ifade profilleri ve CHRNA5 ifadesinde estrojenin rolü
RÜMEYSA BIYIK
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. ÖZLEN KONU
- Development of novel tools for cancer diagnosis, prognosis and treatment using intra- or inter-species transcriptome meta-analysis
Tür içi ve türler arası transkriptom meta-analizi kullanılarak kanser teşhisi, prognozu ve tedavisi için yeni araçların geliştirilmesi
HUMA SHEHWANA
Doktora
İngilizce
2017
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI