hsa-miR-497 as a modulator of the expression in the presence or absence of CHRNA5 in breast cancer
mir-497 meme kanserinde, CHRNA5 ile alakalı, önemli bir regülatör mü?
- Tez No: 463680
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 171
Özet
CHRNA5 bağımlılık ve kanserde rol oynayan önemli bir kimyasal kapılı iyon kanalıdır. Akciğer kanserinde bozulmaya uğradığı bilinen CHRNA5, meme kanserlerinde de ifade profile olan bir gendir. mikroRNAlar mRNA ifadesinde düzenleyici görevdedir, değişik mikroRNAlar değişik kanser tiplerinde düzenleyici görev alırlar. mikroRNAlar potansiyel biyo-belirteç görevi görerek kanser gibi hastalıkların teşhisinde kullanılırlar. Fakat meme kanserinde CHRNA5 ve onu hedefleyen mikroRNAlarla ilgili çalışma bulunmamaktadır. Bu çalışmada, mir-497, siRNA CHRNA5 uygulanmış MCF7 hücrelerinde, en çok azalan ve test edilebilir ifade düzeyine sahip bir mikroRNA olarak saptanmıştır. Ters transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu gerçekleştirilmiş ve mir-497 ifadesi görülmüştür. MCF7 meme kanseri hücre hattında CHRNA5 susturulunca azalan ifadesiyle mir-497, meme kanserinde CHRNA5 bağlantılı önemli bir molekül olmaya adaydır. Kanıtlanmış mir-497 hedef genleri incelendiğinde, KEGG yolaklarının bu hedef genlerle belirgin bir seviyede (p < 0.001) ilgili olduğu görülmüştür. P53 and PI3K-Akt sinyal yolağı bunlardan ikisidir. MCF7 hücrelerine mimik-mir-497 (tek başına veya siRNA CHRNA5 ile birlikte) uygulaması sonuçlarına dayanarak meme kanserinde mir-497 ve CHRNA5 arasındaki bağlantı incelenmiştir. Mir-497 hedef genleri deneyleri sonucu en çok belirgin bir değişim gösteren geneler P53 yolağında bulunmaktadır. Sonuçlar mir-497 ve CHRNA5 arasondaki ilişkiyi gösterse de seçilen hedef genler mimik-mir-497'den etkilenmemektedir. GSE41074 ve GSE41079'da mimik-mir-497 HCC hücresine uygulanan mimic-mir-497 ile değişen mikroRNA ve mRNA profilleri bulunmaktadır. Devam eden çalışmalarda kullanılmak üzere mir-497 için daha önce çalışılmayan hedef genler belirlenmiştir. Analizleri sonrası ifadesi artan genler araştırıldığında bağışıklık sistemi REACTOME tarafından öne çıkarılmıştır. Çeşitli mRNA-mikroRNA odaklı harita oluşturma aracı kullanılarak tüm genler için ve sadece bağışıklık sistemi genleri için haritalar çıkartılmıştır. Bu haritalar sayesinde devam deneylerinde test edilebilecek aday moleküller elde edilmiştir.
Özet (Çeviri)
CHRNA5 is an important ligand-gated receptor with roles in addiction and in cancer. In lung cancer, CHRNA5 dysregulation is well known. There is also expression of CHRNA5 in breast cancer cell lines. microRNAs regulate mRNA expression; and different regulatory microRNAs are involved in different cancer types. microRNAs are thus potential biomarkers to diagnose the diseases (e.g. cancer). However, there is no study testing interactions between microRNAs and CHRNA5 in breast cancer. In the present study, mir-497 was found to be one of the most downregulated microRNAs with testable expression levels upon analysis of expression in the breast cancer cell line MCF7 when exposed to CHRNA5 siRNA. RT-qPCR was performed to test the expression level of mir-497. Validated target genes of mir-497 were found to be significantly related to a list of different KEGG pathways significantly (p value < 0.001) among which there were P53 and PI3K-Akt signalling pathways. Mimic-mir-497 treatment, alone or together with CHRNA5 siRNA, was applied on MCF7 cells to understand the interaction between the miRNA and siRNA under investigation. Selected target genes of mir-497 were tested; the most significantly modulated genes were involved in P53 pathway. The results indicated interactions between mir-497 and CHRNA5 however selected targets were not affected by mimicmir- 497. GSE41079 and GSE41074 public datasets containing mRNA and microRNA expression profiles of liver cancer cells treated with mimic-mir-497. Treatment were used to identify novel targets of mir-497 for future use. Immune system was detected in the second place upon REACTOME analysis of GSE41079 and GSE41074. Using multiple online microRNA-mRNA network tools mir-497 mRNA-miRNA networks were extracted for all or only immune genes. The results from network based analyses helped identify additional targets for later use in our mimic-siRNA system.
Benzer Tezler
- Osteosarkomda HSA-MİR-664A-5P ile lncrna MEP3 arasındaki ilişkinin araştırılması
Investigation of the interaction between HSA-MİR-664A-5P and lncrna MEP3 in osteosarcoma
YUNUS ŞAHİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Tıbbi BiyolojiGaziantep ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. YUSUF ZİYA İĞCİ
- Mesane kanserinde HSA-MİR-203A-3P ile lncrna tug1 arasındaki ilişkinin araştırılması
Investigaiton of the interaction between HSA-MİR-203A-3P and lncrna tug1 in bladder cancer
ZEKİYE ALTAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Tıbbi BiyolojiGaziantep ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. YUSUF ZİYA İĞCİ
- Miyeloid malignitelerde, TET2 ve DNMT3A genleri ile hsa-miR-29 ifade düzeylerinin araştırılması
Investigation of TET2 and DNMT3a genes and hsa-miR-29 expression levels in myeloid malignancies
BESİME DENİZ BABACAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
GenetikMersin ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZLEM İZCİ AY
- Expression profiling of microRNAs and Hsa-miR-145 targets in human prostate cancer
İnsan prostat kanserinde mikroRNA?ların ve Hsa-miR-145 hedeflerinin ifade seviyesi profillemesi
SERHAT SEVLİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
BiyomühendislikYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Bölümü
DOÇ. DR. MUSTAFA ÖZEN
- Yaşa bağlı makula dejenerasyonunda sirküle mikroRNA'larınpotansiyel biyobelirteç olarak tanımlanması ve adaybiyobelirteç olarak Hsa-mir-626'nın yolak araştırması
Identification of circulating microRNAs as biomarkers in amdand investigation pathway analysis of Hsa-mir-626 as a potentialbiomarker
ÇİLEM UZUNBACAK
Doktora
Türkçe
2024
BiyolojiYıldız Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEHİR ÖZDEMİR ÖZGENTÜRK