Geri Dön

Değişken alan jel elektroforezi yöntemi ile salmonella serotiplerinin tanısı

Identification of salmonella serotypes by pulsed field gel electrophoresis

PDF İndir

  1. Tez No: 338088
  2. Yazar: AHMET CANER SÖNMEZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MUSTAFA AKÇELİK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Mikrobiyoloji, Biology, Genetics, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Salmonella, Değişken Alan Jel Elektroforezi, Tanı, Salmonella, Pulsed-Field Gel Electrophoresis, Identification
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 88

Özet

Bu çalışmada Türkiye?den izole edilen ve tanımlanan Salmonella serotiplerinde, genetik farklılığın analizinde değişken alan jel elektroforezi (PFGE) yönteminin ülkemiz şartlarındaki kullanım olanakları araştırılmıştır. DNA?ları XbaI Fastdigest restriksiyon endonükleazı ile kesilerek PFGE analizi gerçekleştirilen 98 adet DMC kodlu Salmonella serotipi, evrensel standart suş S. Braenderup H9812 baz alınarak 36 farklı PFGE profil grubuna ayrılmıştır. Her profil grubu kendi içerisinde ve diğer profillerle karşılaştırılarak benzerlik (similarity) matrisleri oluşturulmuştur. Buna göre tüm suşların PFGE profillerinin birbirleriyle en az % 12,6 en fazla % 96,5 oranında benzerlik taşıdıkları tespit edildi. Profillerin filogenetik ilişkilerinin belirlenmesi için NTSYS pc. ver. 2.2 paket programı ile kümelenme (Cluster) analizi yapılmış ve UPGMA (Unweighted pair group with mathematical averaging) dendogramı çizilmiştir. Elde edilen dendogram ile 98 adet suşun % 75,5?lik kısmı A kolunda; % 24,5?lik kısmı ise B kolunda olmak üzere 2 ana kolda gruplandılrmıştır. S. Bispebjerg suşunun A kolunda diğer suşlardan ayrı olarak tek dalda yer aldığı görülmüş ve çalışmamızda genotipik açıdan en az benzerliğe sahip suş olarak değerlendirilmiştir. En yüksek profil çeşitliliği S. Montevideo serotipinde (% 100) belirlenmiş; S. subsp. I Roughform serotipi S. Enteritidis ile; S. Group C1 serotipi S.Thompson ile yüksek oranda benzerlikler göstermiştir. Bu çalışma ile laboratuvarımızdaki DMC kodlu Salmonella suşları koleksiyonumuzda serotipi belirlenmemiş bulunan DMC 21 kodlu suş S. Infantis profiline (INF 2) sahip bulunmuştur. Ayrıca tiplendirme metotlarının ayrım gücünün tespitinde kullanılan Simpson nümerik ayrımlandırma indeksi, çalışmamız için % 95,6 olarak hesaplanmıştır. S. Corvallis, S. Enteritidis, S. Infantis, S. Group C1, S. Thompson ve S. Virchow suşlarının oluşturdukları PFGE profil gruplarının kendi içlerinde birbirlerine çok yakın oldukları (sırasıyla; % 93,3; % 89,6; % 97,4; % 96,1; % 96,1 ve % 94,1) tespit edilmiştir. Haziran 2013, 78 sayfa

Özet (Çeviri)

In this study, the capabilities of analyzing genetic differences of isolated and identified Salmonella serotypes originated from Türkiye by using pulsed field gel electrophoresis (PFGE) method, was investigated. All 98 Salmonella strains? DNA were digested by XbaI Fastdigest restriction endonuclease and determined as of 36 different PFGE profile groups via using the universal size standard strain Salmonella Braenderup H9812. Similarity matrices were constituted by comparing every profile group within and between all the other groups. Accordingly, a minimum of 12,6 % and a maximum of 96,5 % similarity ratios were found among all the profile groups. In order to determine phylogenetic relationships of the profiles, cluster analysis and UPGMA (Unweighted pair group method with arithmetic mean) dendogram was constructed via using NTYSY pc. ver. 2.2 software. With the constructed dendogram, a two-main branched tree was shown and 75,5 % part of all the 98 strains were collected on A side of the branch, while 24,5 % part of the strains were collected on B side. In our study, S. Bispebjerg was considered as the most different strain of all serotypes and it was constituted on a single branch next to the other strains of A side in the phylogenetic tree. The highest profile variability was shown at S. Montevideo strain with a 100 % score, and the highest similarity showing strains were S. subsp. I Roughform and S. Enteritidis, S. Group C1 and S. Thompson. In this study, DMC 21 coded strain of our laboratory collection, which its serotype name was not known, has been identified as S. Infantis (INF 2) serotype. Simpson?s numerical index of discrimination; a calculation method which is used to determine the power of subtyping methods, was also applied for our study and resulted in 95,6 %. In addition, it was shown that S. Corvallis, S. Enteritidis, S. Infantis, S. Group C1, S. Thompson and S. Virchow strains had the highest similarity ratios within their profile group members; the ratios were found such as; 93,3 %; 89,6 %; 97,4 %; 96,1 %; 96,1 %; and 94,1 %, respectively. June 2013, 78 pages

Benzer Tezler

  1. Tez No

    539989

    Controlling bacterial biofilms by applying extremely low frequency electromagnetic fields (ELF-EMFS)

    Çok düşük frekanslı elektromanyetik alan (CDF-EMA) uygulanarak bakteriyel biyofilmlerin kontrolü

    HASAN KAHRAMAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MELEK TÜTER

    DR. ÖĞR. ÜYESİ TURHAN KARAGÜLER

  2. Tez No

    150702

    Önemli zeytin (Olea europaea L.) çeşitlerinin izoenzim polimorfizmleri ve genetik özellikleri

    Isoenzyme polymorphisms and genetic characteristics of important olive (Olea europaea L.) cultivars and types

    SEVDA DÜLGER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    ZiraatÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. MURAT ŞEKER

  3. Tez No

    453539

    Observable real-time pulsed-field gel electrophoresis

    İzlenebilir değişken alanlı jel elektroforezi

    DENİZ ECE KAYA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyoteknolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CENGİZHAN ÖZTÜRK

    PROF. DR. ZÜHTÜ TANIL KOCAGÖZ

  4. Tez No

    310673

    Multifunctional formate dehydrogenase fusion protein binds to gold surface with improved reaction kinetics

    Altın yüzeye bağlanabilen çok yönlü format dehidrogenaz füzyon proteininin geliştirilmiş kinetik aktivitesi

    DENİZ TANIL YÜCESOY

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    Biyokimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYTEN KARATAŞ

    PROF. DR. CANDAN TAMERLER

  5. Tez No

    334493

    Tekirdağ'da insanlarda Giardia spp. varlığının mikroskobik yöntem ve PCR aracılığıyla takibi

    Investigation of Giardia spp. existence by using microscopic method and PCR in human in Tekirdag

    ŞADİYE KAPLAN KÜÇÜK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyolojiNamık Kemal Üniversitesi

    Biyoloji Bölümü

    DOÇ. DR. SIRRI KAR

Geri Dön