A system based approach to understand human disorders using saccharomyces cerevisiae as a model organism
Hastalıkların mayada sistem bazlı bir yaklaşım ile incelenmesi
- Tez No: 338870
- Danışmanlar: PROF. DR. BETÜL KIRDAR
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Kimya Mühendisliği, Bioengineering, Biotechnology, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 174
Özet
Gen fonksiyolarının anlaşılması Mendeliyen hastalıkların altında yatan moleküler mekanizmaların aydınlatılması açısından büyük önem taşımaktadır. Biyokimyasal ve moleküler işlevlerin organizmalar arasında korunuyor olması, genlerin fonksiyonlarının anlaşılması için model organizmaların kullanılmasına olanak sağlamaktadır. Organizmalar arasında korunmakta olan bir genin mutasyonunu taşıyan bir model organizma ile yapılacak çalışma sadece o genin işlevinin değil ayrıca o genin organizma düzeyindeki işlevinin de ortaya çıkmasını sağlayacaktır. Maya ve insan arasında büyük ölçüde korunan bakır mekanizması, bu mekanizmadaki aksaklıklardan kaynaklanan hastalıkların çalışılması için mayayı ideal bir model organizma haline getirmektedir. Bu tezin amacı, Wilson ve Menkes hastalıklarıyla ilişkilendirilmiş olan genlerin mayada ortoloğunun bulunmasından yararlanılarak, sistem bazlı bir yaklaşımla bakır mekanizmasındaki bozukluklardan kaynaklanan hastalıkların anlaşılmasıdır. Bu amaçla, CCC2 ve ATX1 genlerinin yokluğunun genom düzeyindeki etkileri sistem bazlı bir yaklaşımla incelenmiştir. Bakır homeostazındaki bozuklukların etkilediği diğer yolizlerinin aydınlatılabilmesi için gen anlatım düzeyleri protein-protein ve protein-DNA etkileşim ağ yapıları ile birlikte incelenmiştir. Gen anlatım düzeyinde CCC2 geninin delesyonuna karşı verilen tepkinin bakır derişimine bağlı olarak incelenmesi, bu genin yokluğundan kaynaklanan aksaklıkların, değişik bakır düzeylerinde ortaya çıkartılmasını sağlamıştır. Analizler ayrıca ATX1 ve CCC2 genlerinin yokluğuna karşı verilen gen anlatım düzeyindeki tepkinin farklılıklarını ortaya koymuştur. Kemostat kültüründe gerçekleştirilen deneyler sonucunda elde edilen veriler, hücrelerin uzun ya da kısa süre bakır eksikliğine maruz bırakılmalarının etkileri arasındaki farkın anlaşılmasını sağlamıştır.
Özet (Çeviri)
Understanding the function of the genes is essential to elucidate the molecular mechanisms behind the Mendelian disorders. Conservation of the biochemical and molecular functions between organisms enables using model organisms to understand the molecular functions of disease associated genes. Studies performed with a model organism carrying a mutation in a conserved gene elucidate not only the molecular function of the gene but also the organism-level function of that gene. High degree of conservation of copper homeostasis pathway between yeast and human makes yeast an ideal model organism to study the copper-related disorders. The aim of this thesis was to provide a systems level understanding of the copper related disorders such as Wilson and Menkes diseases by making use of the yeast ortholog of the genes that were associated with these diseases. For this purpose, the genome-wide effects of the deletion of CCC2 and that of ATX1 were investigated using a systems based approach. The transcript levels were investigated in conjunction with interactome and regulome in order to further elucidate the pathways that were affected from the disturbance of copper homeostasis. The analysis of the transcriptional response to the deletion of CCC2 gene in a copper level dependent manner revealed the disturbed mechanisms due to the absence of this gene under changing copper levels. The analysis also revealed that absence of ATX1 gene and CCC2 gene resulted in different transcriptional responses. Further analyses of the reference and CCC2 deleted cells growing in copper deficient chemostat cultures engendered the differences between the effects of the short and long term exposure to high copper levels in both strains.
Benzer Tezler
- MRS verileri kullanılarak makine öğrenmesi yöntemleri ile MS hastalığının teşhis ve sınıflandırılması
Diagnosis and classification of MS disease with machine learning methods using MRS data
ZİYA EKŞİ
Doktora
Türkçe
2023
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSakarya ÜniversitesiBilgisayar ve Bilişim Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CEMİL ÖZ
- İnşaat sektöründe personel seçimi
Personnel selection in construction sector
ÖZGÜN ŞENOL
Yüksek Lisans
Türkçe
2003
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA HEYECAN GİRİTLİ
- İş hukukunda ofis işçilerinin psikososyal riskler bağlamında iş sağlığı ve güvenliği
Office workers' occupational safety and health in the context of psychosocial risks in labour law
SERDE ATALAY
- Urban resilience as a policy paradigm for sustainable urban planning and urban development: The case of Istanbul
Sürdürülebilir kent planlama ve kentsel kalkınma için bir politika paradigması olarak kentsel dayanıklılık: İstanbul örneği
ZEYNEP DENİZ YAMAN GALANTINI
Doktora
İngilizce
2018
Şehircilik ve Bölge Planlamaİstanbul Teknik ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AZİME TEZER
- Etmen tabanlı modelleme ve simülasyon yaklaşımı ile gemi trafik hizmetleri sosyo teknik sisteminin analizi
Analysis of vessel traffic services socio technical system with agent based modelling and simulation approach
BERAT DAĞKIRAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Denizcilikİstanbul Teknik ÜniversitesiDeniz Ulaştırma Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ PELİN BOLAT