A system based approach to understand human disorders using saccharomyces cerevisiae as a model organism
Hastalıkların mayada sistem bazlı bir yaklaşım ile incelenmesi
- Tez No: 338870
- Danışmanlar: PROF. DR. BETÜL KIRDAR
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya Mühendisliği, Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Chemical Engineering, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Gen fonksiyolarının anlaşılması Mendeliyen hastalıkların altında yatan moleküler mekanizmaların aydınlatılması açısından büyük önem taşımaktadır. Biyokimyasal ve moleküler işlevlerin organizmalar arasında korunuyor olması, genlerin fonksiyonlarının anlaşılması için model organizmaların kullanılmasına olanak sağlamaktadır. Organizmalar arasında korunmakta olan bir genin mutasyonunu taşıyan bir model organizma ile yapılacak çalışma sadece o genin işlevinin değil ayrıca o genin organizma düzeyindeki işlevinin de ortaya çıkmasını sağlayacaktır. Maya ve insan arasında büyük ölçüde korunan bakır mekanizması, bu mekanizmadaki aksaklıklardan kaynaklanan hastalıkların çalışılması için mayayı ideal bir model organizma haline getirmektedir. Bu tezin amacı, Wilson ve Menkes hastalıklarıyla ilişkilendirilmiş olan genlerin mayada ortoloğunun bulunmasından yararlanılarak, sistem bazlı bir yaklaşımla bakır mekanizmasındaki bozukluklardan kaynaklanan hastalıkların anlaşılmasıdır. Bu amaçla, CCC2 ve ATX1 genlerinin yokluğunun genom düzeyindeki etkileri sistem bazlı bir yaklaşımla incelenmiştir. Bakır homeostazındaki bozuklukların etkilediği diğer yolizlerinin aydınlatılabilmesi için gen anlatım düzeyleri protein-protein ve protein-DNA etkileşim ağ yapıları ile birlikte incelenmiştir. Gen anlatım düzeyinde CCC2 geninin delesyonuna karşı verilen tepkinin bakır derişimine bağlı olarak incelenmesi, bu genin yokluğundan kaynaklanan aksaklıkların, değişik bakır düzeylerinde ortaya çıkartılmasını sağlamıştır. Analizler ayrıca ATX1 ve CCC2 genlerinin yokluğuna karşı verilen gen anlatım düzeyindeki tepkinin farklılıklarını ortaya koymuştur. Kemostat kültüründe gerçekleştirilen deneyler sonucunda elde edilen veriler, hücrelerin uzun ya da kısa süre bakır eksikliğine maruz bırakılmalarının etkileri arasındaki farkın anlaşılmasını sağlamıştır.
Özet (Çeviri)
Understanding the function of the genes is essential to elucidate the molecular mechanisms behind the Mendelian disorders. Conservation of the biochemical and molecular functions between organisms enables using model organisms to understand the molecular functions of disease associated genes. Studies performed with a model organism carrying a mutation in a conserved gene elucidate not only the molecular function of the gene but also the organism-level function of that gene. High degree of conservation of copper homeostasis pathway between yeast and human makes yeast an ideal model organism to study the copper-related disorders. The aim of this thesis was to provide a systems level understanding of the copper related disorders such as Wilson and Menkes diseases by making use of the yeast ortholog of the genes that were associated with these diseases. For this purpose, the genome-wide effects of the deletion of CCC2 and that of ATX1 were investigated using a systems based approach. The transcript levels were investigated in conjunction with interactome and regulome in order to further elucidate the pathways that were affected from the disturbance of copper homeostasis. The analysis of the transcriptional response to the deletion of CCC2 gene in a copper level dependent manner revealed the disturbed mechanisms due to the absence of this gene under changing copper levels. The analysis also revealed that absence of ATX1 gene and CCC2 gene resulted in different transcriptional responses. Further analyses of the reference and CCC2 deleted cells growing in copper deficient chemostat cultures engendered the differences between the effects of the short and long term exposure to high copper levels in both strains.
Benzer Tezler
- Sentencing Mentally Disordered Offenders: Comparing provisions in Türkiye, England and Wales, and the Netherlands to the ECHR framework
Akıl Hastası Suçluların Cezalandırılması: Türkiye, İngiltere ve Galler ve Hollanda'daki düzenlemelerin AİHS hükümleri çerçevesinde karşılaştırılması
CANDAN YILMAZ
Doktora
İngilizce
2025
Unıversıty Of Gronıngen (rıjksunıversıteıt Gronıngen)Ceza ve Ceza Muhakemesi Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- MRS verileri kullanılarak makine öğrenmesi yöntemleri ile MS hastalığının teşhis ve sınıflandırılması
Diagnosis and classification of MS disease with machine learning methods using MRS data
ZİYA EKŞİ
- Determining the barriers and opportunities for the integration of extended reality in disaster management using MCDM methods
Afet yönetiminde genişletilmiş gerçeklik teknolojilerinin entegrasyonu önündeki engeller ve fırsatların ÇKKV yöntemleriyle belirlenmesi
EREN MERT KAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
İstanbul Teknik ÜniversitesiAfet ve Acil Durum Yönetimi Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
Yükleniyor...
- Kalça displazisinin otomatik tespiti için u-net, alexnet ve densenet tabanlı hibrit bir derin öğrenme yaklaşımı
A hybrid deep learning approach based on u-net, alexnet and densenet for automatic detection of hip dysplasia
EMİNE ULUSOY
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Kütahya Dumlupınar ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Investigating low-frequency and rare genetic variant contribution to multiple sclerosis susceptibility in multiplex Turkish MS families
Türk MS ailelerinde aile tabanlı yaklaşımla multiple skleroz riskiyle ilişkili düşük frekanslı ve nadir genetik varyantların araştırılması
FURKAN BÜYÜKGÖL
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiBiyoistatistik ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...