Geri Dön

Investigation of infection mechanisms through pathogen-human protein-protein interactions by bioinformatics approaches

Patojen-insan protein-protein etkileşimlerinin biyoinformatik analizi ile enfeksiyon mekanizmalarının incelenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 338869
  2. Yazar: SALİHA DURMUŞ TEKİR
  3. Danışmanlar: PROF. DR. KUTLU Ö.ÜLGEN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Kimya Mühendisliği, Bioengineering, Biotechnology, Chemical Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 128

Özet

Enfeksiyöz hastalıklar eski çağlardan günümüz modern dünyasına değin insan ölümlerinin başlıca nedenleri arasında gelmektedir. Enfeksiyon yapıcı mikroorganizmalar, patojenler, insan vücuduna girdiklerinde insan proteinleri ile etkileşerek, insanın hücresel mekanizmalarını kendi yararlarına kullanarak enfeksiyona neden olurlar. Bu patojen-konak moleküler etkileşimlerinin anlaşılması, enfeksiyon mekanizmaları hakkındaki bilgimizi arttıracak ve yeni tedavi çözümlerinin bulunmasını sağlayacaktır. Genom, proteom ve sonrasında interaktom verilerindeki gelişmeleri takiben, büyük ölçekli patojen-insan arası protein etkileşimleri son yıllarda üretilebilmektedir. Bu tez kapsamında, patojen-konak etkileşimleri (PKE) hakkında detaylı bilgi sunan patojen-konak etkileşim arama aracı, PHISTO yeni bir Web-erişilebilir platform olarak geliştirilmiştir. PHISTO, insan ile arasında deneysel olarak bulunmuş protein etkileşim verisi olan bütün patojen tipleri için en güncel PKE verisine ulaşmayı sağlamaktadır. Bu platform kullanıcılara ayrıca PKE ağyapılarının görselleştirilmesi, patojenler tarafından hedef alınan insan proteinlerinin grafik teorisi ile analizi ve BLAST arama konularında hesaplamalı analiz araçları sunmaktadır. PHISTO, böylelikle enfeksiyöz hastalıklar için potansiyel ilaç hedefleri belirleyebilecek PKE çalışmalarını kolaylaştırmayı hedeflemektedir. PHISTO?daki PKE verileri kullanılarak, öncelikle bakteri ve virüs sonrasında da DNA virüs ve RNA virüs enfeksiyon mekanizmalarının aydınlatılması amacıyla, karşılaştırılmalı interaktom analizleri, bu çalışmayla literatürde ilk defa bu kadar kapsamlı olarak gerçekleştirilmiştir. PKE ağyapılarının biyoinformatik analizleri sonucu patojen tipleri tarafından ortak ve özel olarak kullanılan enfeksiyon stratejileri hakkında önemli bulgular elde edilmiştir.

Özet (Çeviri)

Since ancient times, even in today's modern world, infectious diseases cause lots of people to die. The interactions between the proteins of infectious microorganisms, pathogens and their human hosts allow the microorganisms to manipulate human cellular mechanisms to their own advantage, resulting in infection in the host organism. Improved understanding of pathogen-host molecular interactions will increase our knowledge of the mechanisms involved in infection, and allow novel therapeutic solutions to be devised. In the post-genomic era, following the advances in genomics, proteomics, and then interactomics, interspecies protein interaction data of pathogen-human systems can be produced in large-scale within very recent years. In this thesis, pathogen-host interaction search tool (PHISTO) has been developed as a Web-accessible platform providing relevant information about pathogen-host interactions (PHIs). It enables access to the most up-to-date PHI data for all pathogen types for which experimentally-verified protein interactions with human are available. The platform also offers integrated tools for visualization of PHI networks, graph theoretical analysis of human proteins targeted by pathogens and BLAST search. PHISTO aims to facilitate PHI studies that provide potential therapeutic targets for infectious diseases. Comparative interactomics analyses were performed to investigate infection mechanisms of bacteria versus viruses and then DNA viruses versus RNA viruses, using PHI data from PHISTO, constituting the first comprehensive attempts to get such comparisons. Crucial insights on common and special infection strategies used by these pathogen types were provided by bioinformatics analyses of PHI networks, focusing on the properties of the targeted human proteins.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    371757

    Investigation of bacterial infection strategies through bacteria-human protein-protein interactions by bioinformatics approaches

    Bakteriyel enfeksiyon stratejilerinin bakteri-insan protein-protein etkileşimleri kullanılarak biyoinformatik araçlar ile incelenmesi

    BÜŞRA GÜRSES

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    BiyomühendislikBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN

  2. Tez No

    671123

    Systems biological analysis of pathogen-host protein-protein interactions and the related drug-protein interactions to identify potential drugs for repurposing against infectious diseases

    Patojen-konak protein-protein etkileşimlerinin ve ilgili ilaç-protein etkileşimlerinin enfeksiyon hastalıkları için yeniden konumlandırma adayı potansiyel ilaçları belirlemek için sistem biyolojisi yaklaşımıyla analizi

    GAMZE YAZGELDİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    BiyoistatistikGebze Teknik Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SALİHA DURMUŞ

    DOÇ. DR. TUNAHAN ÇAKIR

  3. Tez No

    562496

    CHARACTERIZATION OF THE REGULATORY MECHANISMS OF NOD LIKE RECEPTORS IN THE GENERATION OF IMMUNE RESPONSES: REVISITING NLRC4 IN EOSINOPHILIC FUNCTIONS IN VITRO

    BİR EDİNSEL BAĞIŞIKLIK OLAN T2 HÜCRE CEVABININ NOD BENZERİ RESEPTÖRLERİ (NLR) İLE REGÜLASYON MEKANİZMALARININ KARAKTERİZASYONU

    ILGIN AKKAYA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CEREN ÇIRACI

  4. Tez No

    768906

    Investigation of the impact of human immunodeficiency virus on cellular sumoylation

    İnsan bağışıklık yetmezliği virüsünün hücresel sumolasyon üzerindeki etkisi

    EMRE PEKBİLİR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyokimyaBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ALİ RİZA UMUT ŞAHİN

  5. Tez No

    752793

    Investigation of inflammasome activation by SARS-CoV-2 proteins

    Inflamazomun SARS-CoV-2 proteinleri tarafindan aktivasyonunun belirlenmesi

    MOSTAFA AL BAKRI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyomühendislikBahçeşehir Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF EREN

Geri Dön