Blastocystis türlerinde pirosekans yöntemiyle alttür belirlenmesi
Determination of Blastocystis subtypes with pyrosequencing
- Tez No: 339633
- Danışmanlar: DOÇ. DR. FUNDA DOĞRUMAN AL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Blastocystis, PZR, Pirosekans, Blastocystis, PCR, Pyrosequencing
- Yıl: 2013
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gazi Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 130
Özet
Blastocystis uzun yıllar sınıflandırılamamış, kimi yazarlarca mantar, kimi yazarlarca protozoon sınıflamasına dahil edilmiş olan bir mikroorganizmadır. Brump tarafından 1912 yılında Blastocystis hominis olarak olarak isimlendirilmiştir. Günümüzde Blastocystis alttürleri insan ve hayvanlarda da enfeksiyona neden olduğu bilinmektedir. Blastocystis enfeksiyon, fekal-oral yolla bulaşmaktadır; genellikle asemptomatiktir. Blastocystis gelişmekte olan ülkelerde yaşayanlarda gelişmiş ülkelere oranla daha sık görülmektedir. Özellikle tropikal ve subtropikal ülkelerde daha sık olarak rastlanılan tüm dünyada yaygın olarak bulunmaktadır. Çalışmamızın amacı, Blastocystis izolatlarının alt tiplerinin spesifik polimorfizimlerine dayalı genotipleme için kullanılan PZR ile pirosekans yöntemlerini karşılaştırmaktır. Çalışmada, Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Araştırma Laboratuarı ve Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi mikrobiyoloji Laboratuvarına Eylül 2011- Kasım 2012 dönemleri arasında farklı parazitolojik inceleme amacıyla gönderilen dışkı örneklerinden izole edilen Blastocystis konvansiyonel PZR ve pirosekans yöntemleriyle ile genotiplendirilmiştir. Çalışmamızda konvansiyonel PZR yöntemiyle 60 örneğin yedisi subtip 1, dokuzu subtip 2, kırkbiri subtip 3 olarak tanımlanmıştır. Pirosekans yöntemiyle 60 örneğin altısı subtip 1, onbiri subtip 2, kırkı subtip 3 olarak tanımlanmıştır. Pirosekans ile konvansiyonel PZR sonuçları kıyaslandığında, pirosekans ile subtip 2 olarak tiplendirilen 2 örnekten bir tanesi konvansiyonel PZR ile subtip 1, diğeri de subtip 3 olarak genotiplendirilmiştir. Ayrıca pirosekans ile subtip 3 olarak genotiplendirilen bir örnek de konvansiyonel PZR ile subtip1 olarak genotiplendirilmiştir. Konvansiyonel metodlar ile bir Blastocystis örneği subtip1-2, 2 örnek de subtip 2-3 mix enfeksiyon şeklinde tiplendirilmiş ve bu örneklerden pirosekans ile subtip1-2? nin subtip 2, subtip 2-3 olanların da subtip 3 olarak belirlediği saptanmıştır. Konvansiyonel PZR ve pirosekans yönteminin uyumluluğuna bakıldığında sadece 3 örnekte farklı genotiplendirme yaptıkları görülmüştür. İki yöntemin %94,7 oranında aynı sonucu verdiğini saptanmıştır. İstatistiksel analizi yapılmış kappa testi ile uyumluluğa bakılmış ve % 88 oranında uyumlu çalıştıkları gösterilmiştir. Pirosekans yöntemi altın standart olarak kabul edilip ve konvansiyonel PZR yönteminin özgüllük ve duyarlılığı hesaplandığında Pirosekans yöntemine göre % 95 duyarlılığa ve %95,2 özgülüğe sahip olduğu tespit edilmiştir. Konvansiyonel PZR ve ülkemizde ilk defa Blastocystis alttür tayininde kullanılan pirosekans yönteminin karşılaştırılmasında iki yöntemin Blastocystis saptanmasında uyumlu olduğu, Blastocystis alttür tayininde pirosekans yöntemi konvansiyonel PZR yöntemine göre daha hızlı ve doğru sonuçlar elde edilebileceği sonucuna varılmıştır.
Özet (Çeviri)
Blastocystis is not classified for many years. Some authors are included in the classification of fungi and some authors are included in the classification of protozoa. In 1912, it has been named by Brumpt as Blastocystis hominis.Today; it is known that Blastocystis subtypes caused infections both humans and animals. Blastocystis infections generally transmitted by fecal-oral route and it is usually asemptomatic. Blastocystis infections are more frequent in developing countries than the developed countries. Especially it is more comman in tropic and subtropic areas and widely available all over the word. The aim of our study is that comparision of the conventional PCR and the pyrosequencing technique for genotyping the Blastocystis. In the study, stool specimens were sent in different periods to Gazi University, Faculty of Medicine, Medical Microbiology Department?s Parasitology Laboratory and Ankara Numune Training and Researche Hospital Routin Microbiology laboratory between September 2011 - November 2012 for parasitological examination and Blastocystis isolates genotyping by conventional PCR and pyrosequencing technique. In our study with conventional PCR seven of 60 samples genotyped as subtype 1, nine of them genotyped as subtype 2, fourty one of them genotyped as subtype 3 and with pyrosequencing six of 60 samples genotyped as subtype 1, eleven of them genotyped as subtype 2, fourty of them genotyped as subtype 3. When the conventional PCR and pyrosequencing results were compared; with pyrosequencing two samples genotyped as subtype 2 and with conventional PCR one of two samples genotyped as subtype 1, and the other was genotyped as subtype 3. In addition one of the sample was genotyped as subtype 3 by pyrosequencing and with conventional PCR it was genotyped as subtype 1. Blastocystis samples were identified as mix infection by using conventional PCR. One of sample was genotyped as subtype 1,2 and the other two sample was genotyped as subtype 2-3. With using pyrosequencing method, samples were identified and subtype 1,2 genotyped as subtype 2 and subtype 2-3 genotyped as subtype 3, respectively. Looking at the compatibility of conventional PCR and pyrosequencing only three of the sample was genotyped different and 94.7 % the same result was found by two methods. Statistical analysis was performed with the kappa test was 88% compliance was evaluated and shown to work compatible pyrosequencing method can be regarded as the gold standard conventional PCR method?s specificity was 95%, and sensitivity was 95.2%. Conventional PCR method and pyrosequencing method which is used for the first time in our country for Blastocystis genotyping are compatible fort the genotyping of Blastocystis. And it is conclude that pyrosequencing is more faster and accurate method than the conventional PCR.
Benzer Tezler
- Erişkin akut gastroenterit olgularında etiyolojik ajanların belirlenmesi
Etiologic agents of acute gastroenteritis in adults
A. SEZA İNAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2000
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıÇukurova ÜniversitesiKlinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL H. DÜNDAR
- Onkoloji hastalarında bağırsak parazitlerinin yayılışı
Prevalence of intestinal parasites in oncology patients
PELİN İLHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ParazitolojiVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiParazitoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN YILMAZ
- Yardımlı üreme teknikleri ile elde edilen bos taurus embriyoları üzerine, yavaş dondurma ve melatoninin etkilerinin histolojik yöntemler ile incelenmesi
Histological investigation of the slow freezing and melatonin effect on bos taurus embryos obtained through assisted reproductive techniques
YASEMİN ADALI
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Histoloji ve EmbriyolojiEge ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YİĞİT UYANIKGİL
- Açıklanamayan infertilite olgularında kontrollü ovaryal stimulasyon protokollerinin endometriyal mikrobiyota üzerine etkisi ve prognoz ile ilişkisi
The effect of controlled ovarian stimulation protocols on endometrial microbiota and its relationship with prognosis in unexplained infertility cases
GÜLŞAH ALKAN DEMİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Kadın Hastalıkları ve DoğumSelçuk ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE GÜL KEBAPCILAR
- Fare preimplantif embriyo gelişim sürecinde FOXO1, FOXO3 ve FOXO4 ekspresyonlarının değerlendirilmesi
The evaluati̇on of expressi̇ons of FOXO1, FOXO3,and FOXO4 duri̇ng prei̇mplantati̇on embryo development i̇n mi̇ce
NİLAY KUŞCU
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Histoloji ve EmbriyolojiAkdeniz ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇİLER ÇELİK ÖZENCİ