Hastane enfeksiyonlarından izole edilen a.baumannii suşlarının AFLP ve pfge yöntemi ile moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of a. baumannii strains isolated from nosocomial infections by AFLP and pfge methods
- Tez No: 340624
- Danışmanlar: PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Acinetobacter baumannii, Amplified Fragment Length Polymorphism, Pulsed Field Gel Electrophoresis, Acinetobacter baumannii, AFLP, Pulsed Field Gel Electrophoresis
- Yıl: 2013
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 105
Özet
A. baumannii?nin hastane infeksiyonlarında önemi giderek artmaktadır. Özellikle yoğun bakm ünitelerinde sıklıkla izole edilmektedir. Hastane infeksiyonlarının önlenmesinde hijyen, personel eğitimi, akılcı antibiyotik kullanımı ve surveyans önemlidir. Tüm hastane infeksiyonlarında olduğu gibi A. baumannii?nin neden olduğu infeksiyonlarda da infeksiyonun epidemiyolojik özelliklerini değerlendirmek ve infeksiyon ile ilişkili izolatların klonal özelliklerini ortaya koymak için genotipik yöntemler kullanılmaktadır. Bu yöntemlerden PFGE, A baumannii salgınlarının surveyansında, salgın izolatlarının klonal ilikisinin ve kaynağının tespit edilmesinde `?altın standart?? olarak kabul edilen bir yöntemdir. Ancak son yıllarda AFLP?nin sürveyans çalışmalarında PFGE yönteminin alternatifi olabileceği, yöntemin, PFGE?ye gore maliyet, geri dönüş süresi ve ayırım gücü yönünden avantajları olduğu ileri sürülmüştür. Bu çalışmada hastane infeksiyonlarının sürveyansında AFLP?nin kullanılabilirliğinin belirlenmesi amaçlanmış, test mikroorganizması olarak A. baumannii kontrol yöntem olarak da PFGE seçilmiştir. Çalışmada test suşu olarak Ç. Ü. Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi Merkez Laboratuarına çeşitli servislerden gönderilen klinik materyalden izole edilen Karbapeneme dirençli 49 A. baumannii izolatıkullanılmıştır. Test suşları arasındaki klonal ilişki AFLP ve PFGE ile araştırılmıştır. PFGE yöntemi ile % 100 uyumlu bulunan ve A kümesi içerisinde alt kümelere dağılan 18 suşun 11?inin AFLP ile de % 100 ilişkili benzer alt kümelere dağıldıkları, bu küme içeriside yer alan 14 suşun da her iki yöntem ile bağımsız tek üyeli kümeler içerisine dağıldıkları görüldü. Böylece iki testin aynı suşları % 100 uyumlu ve ilişkisiz tek üyeli kümelere dağıtabilme yetenekleri dikkate alındığında AFLP?nin PFGE karşısında özgüllüğünün % 78.1 (25/32) olduğu görüldü. Ancak her iki yöntemin ayırım güçleri arasında anlamlı bir fark tespit edilemedi.
Özet (Çeviri)
Importance of A. baumannii is rasing among nosocomial infections. It is isolated so often especially from intensive care units. Surveillance programmes, rational antibiotic usage, education of personnel and hygiene is very important to prevent nosocomial infections. Like in most of nosocomial infections, it is very important to evaluate the epidemiological properties and to elucidate the clonnal relations between A. baumannii isolates. Among theese methods the PFGE is accepted as golden standart in terms of surveillance of outbreaks with especially A.bauannii associated infections and in determining the source and clonnal relations of those strains. But in recent years it is suggested that AFLP could be an alternative to PFGE in terms of advantages of cost, feedback time and discriminitary power. In this study, the investigation of availability of AFLP method was the goal and A. baumannii was selected as test organism while PFGE was the control method. 49 A. baumannii isolates which are identified as carbapenem resistant and sent to Cukurova university faculty of medicine Balcali Hospital Central laboratory from various wards were included as testing isolates. The clonnal relations between isolates were determined both with PFGE and AFLP methods to investigate the discrimination power of methods. The 11 of 18 strains which are distributed into subclusters in group A with 100% compatibility were found to be in 100% related subclusters in AFLP too and furthermore 14 strains which were in this cluster were found to distribute in independent single-membered clusters by two of the methods. Thus when considering the ability of two methods to distribute same strains into 100% identical and unrelated single membered clusters the specifity of AFLP was found to be 78.1%(25/32). However there was no significant difference between discriminitary power of two methods.
Benzer Tezler
- Hastanede yatan hastalardan izole edilen mikroorganizmaların biyofilm formasyon aktiviteleri
Biofilm formation activities of isolated microorganisms from hospitalized patients
ABDULHAMİT ÇALI
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
MikrobiyolojiCumhuriyet ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. CEM ÇELİK
- Çeşitli klinik örneklerden hastane enfeksiyon etkeni olarak izole edilen karbapenem dirençli acinetobacter baumannii suşlarının pfge yöntemiyle genotiplendirilmesi
Various factors as a clinical samples from hospitals infecti̇on resi̇stant aci̇netobacter baumanni̇i̇ i̇solated carbapenem be genotyped by pfge strai̇ns
YASEMİN KIRIK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıFırat ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KUTBEDDİN DEMİRDAĞ
- Kan ve solunum yolu örneklerinden izole edilenacınetobacter baumannıı suşlarının fenotipik vegenotipik yöntemlerle karşılaştırılması
Comparison of acinetobacter baumannii strains isolated from blood and respiratory tract samples with phenotypic and genotypic methods
PINAR BEKDEMİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
MikrobiyolojiMarmara ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞEGÜL KARAHASAN
- Klinik örneklerden izole edilen acinetobacter baumannii suşlarında antibiyotik direnç durumlarının belirlenmesi ve karbapenemaz direnç genlerinin araştırılması
Determination of antibiotic resistance conditions and investigation of carbapenemaz resistance genes in acinetobacter baumannii strains isolated from clinical samples
OSMAN KARABAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
MikrobiyolojiGaziantep ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. FAHRİYE EKŞİ
- İnvaziv enfeksiyonlardan izole edilen çoklu ilaç dirençli asinetobakter suşlarında, direncin moleküler karakterizasyonu, suşlar arası klonal ilişkinin PFGE (Pulse field gel elektrophoresis) ve MLST (Multi locus sequencing typing ) ile karşılaştırılması
Molecular characterization resistance in MDR (Multi drug resistance) acinetobacter strains isolated from invasive infections, comparison of the relationship between strains with karakterizasyonu, suşlar arası klonal ilişkinin PFGE (Pulse field gel elektrophoresis) and MLST (Multi locus sequencing typing )
FERİDE AKIŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KÖKSAL