Combining in silico docking and molecular dynamics simulations to predict the impact of mutations on the substrate specificity of BTL2 lipase
Bilgisayar üzerinde dok ve moleküler dinamik simülasyonları birleştirerek mutasyonların BTL2 lipaz substrat spesifisitesi üzerindeki etkisinin tahmin edilmesi
- Tez No: 348675
- Danışmanlar: DOÇ. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Genetik, Bioengineering, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 69
Özet
Lipazlar trigliseritlerdeki açil grup ile gliserol arasındaki ester bağını keserek gliserol veyağ asidi olusturmaktadır. Bacillus thermocatenulatus lipaz (BTL2) en yüksekaktivitesini tributyrin (C4) substratı üzerinde göstermektedir. Zincir uzunluklarına göregenis substrat selektivitesi göstermesi atık su arıtımında ve deterjan formüllerindekullanılırken, kısa zincirlere spesifik aktivite göstermesi gıda ve kozmetik sanayilerindeönemli rol oynamaktadır. Mutasyonların yağ asidi spesifitesine (tributyrin (C4)/trikaprin(C8)) etkisini tahmin edebilmek için dok ve moleküler dinamik araçları birlestiren birskor fonksiyonu gelistirdik. Skor fonksiyonu, mutant enzimlerin deneysel aktivitesinegöre kalibre edildikten sonra, substrat spesifisitelerini ayırt edebilmekte ve mutasyonunaktivite üzerindeki azaltıcı ya da arttırıcı etkisini hızlı ve doğru bir biçimde tahminedebilmektedir (tüm datanın korelasyonu r=0.7930, p=0.0007). Bununla berabermutantların kendi içindeki spesifisite sıralaması %100 doğru sonuç vermistir. Bu metotdiğer protein ailelerine uyarlanabilir olmakla beraber, mutasyonun etkisini bir substratiçin ya da birden fazla substratı karsılastırarak tahmin edebilmektedir.
Özet (Çeviri)
Lipases are enzymes that hydrolyze the ester bond between acyl groups and glycerol intriacylglycerides which gives the products of glycerol and fatty acids. Bacillusthermocatenulatus lipase (BTL2) has shown highest activity toward tributyrin (C4) assubstrate. While broad selectivity on the chain length of the fatty acids has a key role inwaste water treatment, and laundry formulations; short chain length specificity can beused in the food and cosmetic industry. In order to predict its chain length substratespecificity (tributyrin (C4)/tricaprylin (C8)) upon mutation, we developed a scoringfunction which combines in silico docking and molecular dynamics tools. Aftercalibration on experimentally validated mutants, our scoring function is able todiscriminate substrates specificities and predict the impact of a mutation (whether itenhances or reduces) in a rapid and accurate manner (overall correlation r=0.7930,p=0.0007). Also ranking of substrate specificities within the mutants were 100%correct. This method can be powerfully adapted to other protein families to predict theeffect of a mutation for the one specific substrate or multiple substrates.
Benzer Tezler
- Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi
Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods
GÜLŞAH AYDIN
Doktora
Türkçe
2020
Biyofizikİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- Functional and structural insights into a novel insect Gprotein-coupled receptor, allatostatin receptor type C ofpine processionary moth
Yeni bir böcek G proteinine-bağlı reseptörü olan çam kesekurdu C tipi allatostatin reseptörünün işlevi ve yapısınadair
AIDA SHAHRAKI
Doktora
İngilizce
2020
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. NECLA BİRGÜL İYİSON
- A virtual screening procedure combining pharmacophore filtering and molecular docking with the lie method
Başlık çevirisi yok
GÜZİN TUNCA
- Fenoksı̇ kalkonların bazı enzı̇m aktı̇vı̇telerı̇ üzerı̇ndekı̇ etkı̇lerı̇nı̇n ı̇n vı̇tro ve ı̇n sı̇lı̇ko yöntemlerle ile incelenmesi
Investigation of the effects of phenoxy chalcones on some enzyme activities by in vitro and in silico methods
ZEYAD ADIL HAMEED HAMEED
Doktora
Türkçe
2025
BiyokimyaÇankırı Karatekin ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞEVKİ ADEM
ÖĞR. GÖR. ALİ RIZA TÜFEKÇİ
- Bazı yaşlanma karşıtı peptid yapıların moleküler modelleme çalışmaları
Molecular modeling studies of some anti-aging peptide structures
DİLAN AKHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERDA KECEL GÜNDÜZ