Studying linker induced effects to the ATPase domain of dnak
Hsp70 lerin ATPaz parçasındaki moleküler aktifleşme mekanismasının araştırılması
- Tez No: 350571
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 87
Özet
Bu çalışmada, Hsp70'in iki bölge arasındaki sinyal iletim mekanizmasının moleküler temellerinin aydınlanmasını sağlamaya yönelik derin bir bakış açısı kazanılması amaç edinilmiştir. Bu bakımdan, DnaK(1-388) kullanılarak ATPaz allosterik mekanizmasında kritik öneme sahip olduğu düşünülen birçok amino asit ile mutasyon analizleri yapılmıştır. Bu mutasyon analizleri için seçilen residüler, ATPaz bölgesinin nükleotid bağlanma bölgesine yakın His226, Thr225, Asp85, Arg71 ve bu bölgeden biraz uzak olan His295'dir. Deneysel sonuçlarda, D85A ve R71A mutantlarının ATPaz aktivitelerinde yabanıl tip DnaK(1-388)'e kıyasla yüksek oranda artışa sebep oldukları gözlenmiştir. Bu sonuçlar, Asp85 ve Arg71 residülerinin ATPaz aktivitesinin düzenlenmesinde baskılayıcı etkilerinin olduğunu göstermektedir. Bunun yanında, H226A, H226F ve T225A mutantlarınınn pH aktivite profillerinin yabanıl tip DnaK(1-388)'e benzer olması bu mutasyonların ATPaz mekanizmasında bir etkilerinin olmadığını düşündürtmüştür. Bunların dışında, D85E ve H295D mutantları yabanıl tipten farklı bir pH aktivite profili sergilemiş ve DnaK(1-392)'ye benzer olarak pH 7.5 civarında bir aktivite artışı göstermişlerdir. Bu sonuçlar, bu mutantların DnaK(1-392)'ye benzer bir konformasyon gösterip, DnaK(1-392)'den kıyasla daha az da olsa ATPaz aktivitesinin stimülasyonunda etkilerinin olduğunu düşündürtmüştür. ATPaz aktivite deneyleri dışında mutasyonların neden olduğu ikincil yapısal değişiklikleri gözlemlemek için yapılan denatüre edici olmayan jellerde D85E ve H295D mutantlarının ATP varlığında benzer oligomerizasyon göstermeleri DnaK(1-388)'de bağlaç olmamasından dolayı IA ve IIA alt bölgeler arasındaki hidrofobik bölgesinin ATP-bağlı haldeyken açık olması sayesinde eksi yüklü residüler ile etkileşime girerek oligomerizasyona yol açtığını düşündürtmüştür.
Özet (Çeviri)
In this study, we aimed to understand allosteric mechanism underlying the linkerbinding effects to the ATPase domain by pinpointing the critical residues that arepresent in DnaK(1-388). In this regard, mutagenesis was performed on these residuesand pH-dependent ATPase assays were done to understand the roles of these residues inthe pH-dependent ATPase activity. When pH-activity profiles of Thr225 and His226replacements were compared to that of the ATPase constructs, we found that mutationsof these sites did not alter the ATPase mechanism and we revealed that the activitymechanism of the ATPase domain is different for linkerless version, DnaK(1-388),compared to DnaK(1-392). On the other hand, we found that replacement of Asp85 andArg71 cause 16 fold increase in the ATPase rate indicating these residues haverepressive effects on the modulation of ATPase activity in the linkerless version,DnaK(1-388). In this study, His295 was also investigated for its possible effect on the pH-dependent ATPase activity. We observed similar shift in the pH activity profiles ofH295D and D85E mutantsas observed in the DnaK(1-392) may indicating thesemutations can stimulate ATPase to a lesser extend than DnaK(1-392). In addition, tounderstand the structural effects of mutations we also did native gel electrophoresis andobserved similar oligomerizations for D85E and H295D suggesting that linker bindingcleft is exposed in the DnaK(1-388) in ATP-bound state and interact with negativeresidues.
Benzer Tezler
- Floresans yaşam zamanı kullanarak polimerik jellerin şişme mekanizmalarının incelenmesi
Investigation of swelling mechanisms of polymeric gels by using fluorescence lifetime
MATEM ERDOĞAN
Doktora
Türkçe
2003
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖNDER PEKCAN
- Gemi makinelerinin yataklanması ve titreşim etüdü
Marine engine foundation and study of vibration
AKİLE NEŞE HALİLBEŞE
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Gemi Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGemi İnşaatı ve Gemi Makineleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN AZMİ ÖZSOYSAL
- Sağlıklı kemik iliği donörlerinde granülosit koloni stimüle edici faktörün mezenkimal kök hücre toll-lıke reseptör sunumuna etkisi
The effect of granulocyte colony-stimulating factor on mesenchymal stem cell toll-like receptor in the healthy bone marrow donors
TEKİN AKSU
Tıpta Yan Dal Uzmanlık
Türkçe
2013
HematolojiSağlık BakanlığıÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FAHRİYE DUYGU ÇETİNKAYA
- Green extraction and encapsulation of black rosehip polyphenols: İn vitro bioaccessibility, bioavailability, and biological activities
Siyah kuşburnu polifenollerinin yeşil ekstraksiyonu ve enkapsülasyonu: İn vitro biyoerişilebilirlik, biyoyararlılık, ve biyolojik aktiviteleri
KADRİYE NUR KASAPOĞLU
Doktora
İngilizce
2022
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BERAAT ÖZÇELİK
- Monitoring soil salinity via remote sensing technology under data scarce conditions: A case study from Turkey
Kısıtlı veri şartlarında uzaktan algılama teknolojisi ile toprak tuzluluğunun izlenmesi: Türkiye'den bir vaka çalışması
TAHA GORJI
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE GÜL TANIK