Bütünleştirici modül ağlarıyla gen düzenleme analizi
Gene regulation analysis with integrative module networks
- Tez No: 352008
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HASAN OĞUL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoistatistik, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biostatistics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Başkent Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 62
Özet
Gen düzenlemesi karmaşık bir biyolojik olgudur. Bu sürecin güvenilir bir analizi, çok sayıda veri kaynağının kullanımını gerektirir. Bu tezde, Bayes modül ağları kullanılarak transkripsiyon sırası ve transkripsiyon sonrası gen düzenlemesinin aynı anda modellenmesi için bir yaklaşım sunulmaktadır. Model mRNA, mikroRNA ve transkripsiyon faktörlerinin birlikte düzenlenen elemanlarına ek olarak düşük seviyeli düzenlenme devrelerinin üretimi için mRNA ve mikroRNA ifade ve dizilim bilgisinin eşleştirilmiş örneklerini kullanır. Gerçek kanser veri seti üzerinde yapılan deneylerde, biyolojik olarak anlamlı birçok küme ve anlaşılabilir motifler elde edilmiştir. Sonuçlar, bazı test edilebilir biyolojik hipotezler üretilmesini de sağlamıştır. ANAHTAR SÖZCÜKLER: gen düzenlenmesi, mikroRNA, transkripsiyon faktörü, bayes ağlar, veri birleştirme, modül ağlar, düzenleme ağları.
Özet (Çeviri)
Gene regulation is a complex biological phenomenon. A reliable analysis of this process requires the integration of several data sources in a rigorous pipeline. Here, we propose an approach for simultaneous modeling of transcriptional and post-transcriptional gene regulation over a Bayesian module network. The framework uses paired samples of mRNA and microRNA expressions and their sequence data to produce low-level regulatory circuits in addition to the co-regulated entities of mRNAs, microRNAs and transcription factors. The experiments performed on a real cancer dataset reveal that several biologically meaningful clusters and motifs can be inferred. The results lead to the generation of some testable biological hypotheses. KEYWORDS: Gene regulation, microRNA, transcription factor, bayes network, data integration, module network, regulation network.
Benzer Tezler
- Yeni Cami'nin akustik açıdan performans değerlendirmesi
Evaluation of the acoustical performance of the New Mosque
EVREN YILDIRIM
Yüksek Lisans
Türkçe
2003
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEVTAP YILMAZ DEMİRKALE
- Multi-modal neuroimaging data prediction: Estimation of connectional brain template and multigraph classification with application to gender fingerprinting
Çoklu modal nörogörüntüleme veri tahmini: Bağlantılı beyin şablonunun tahmini ve cinsiyet parmak izi uygulaması ile çoklu grafik sınıflandırma
NADA CHAARI
Doktora
İngilizce
2021
Mühendislik Bilimleriİstanbul Teknik Üniversitesiİşletme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HATİCE CAMGÖZ AKDAĞ
DR. ÖĞR. ÜYESİ ISLEM REKIK
- Standards-compatible agile-devops methods integrated military software development model proposal
Standartlarla uyumlu çevik-devops yöntemleri ile entegre askeri yazılım geliştirme modeli önerisi
FATİH BİLDİRİCİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAnkara Yıldırım Beyazıt ÜniversitesiYönetim Bilişim Sistemleri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ KEZİBAN SEÇKİN CODAL
- Network-based integration of multi-omic profiles to purpose new biomarker candidates in pancreatic cancer
Pankreas kanserinde yeni biyobelirteç adaylarını bulmak için çoklu omik profillerin ağ tabanlı entegrasyonu
ESRA YILDIRIM SİRKECİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BESTE TURANLI
- Lojistik sistemlerin yapay sinir ağları ile modellenmesi, gerçeklenmesi ve kontrolü
Modeling, implementation and control of logistics systems using artificial neural networks
MURAT ERMİŞ
Doktora
Türkçe
2005
Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. FÜSUN ÜLENGİL