Geri Dön

Bütünleştirici modül ağlarıyla gen düzenleme analizi

Gene regulation analysis with integrative module networks

PDF İndir

  1. Tez No: 352008
  2. Yazar: GİRAY SERCAN ÖZCAN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. HASAN OĞUL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoistatistik, Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biostatistics, Computer Engineering and Computer Science and Control
  6. Anahtar Kelimeler: gen düzenlenmesi, mikroRNA, transkripsiyon faktörü, bayes ağlar, veri birleştirme, modül ağlar, düzenleme ağları, Gene regulation, microRNA, transcription factor, bayes network, data integration, module network, regulation network
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Başkent Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Gen düzenlemesi karmaşık bir biyolojik olgudur. Bu sürecin güvenilir bir analizi, çok sayıda veri kaynağının kullanımını gerektirir. Bu tezde, Bayes modül ağları kullanılarak transkripsiyon sırası ve transkripsiyon sonrası gen düzenlemesinin aynı anda modellenmesi için bir yaklaşım sunulmaktadır. Model mRNA, mikroRNA ve transkripsiyon faktörlerinin birlikte düzenlenen elemanlarına ek olarak düşük seviyeli düzenlenme devrelerinin üretimi için mRNA ve mikroRNA ifade ve dizilim bilgisinin eşleştirilmiş örneklerini kullanır. Gerçek kanser veri seti üzerinde yapılan deneylerde, biyolojik olarak anlamlı birçok küme ve anlaşılabilir motifler elde edilmiştir. Sonuçlar, bazı test edilebilir biyolojik hipotezler üretilmesini de sağlamıştır.

Özet (Çeviri)

Gene regulation is a complex biological phenomenon. A reliable analysis of this process requires the integration of several data sources in a rigorous pipeline. Here, we propose an approach for simultaneous modeling of transcriptional and post-transcriptional gene regulation over a Bayesian module network. The framework uses paired samples of mRNA and microRNA expressions and their sequence data to produce low-level regulatory circuits in addition to the co-regulated entities of mRNAs, microRNAs and transcription factors. The experiments performed on a real cancer dataset reveal that several biologically meaningful clusters and motifs can be inferred. The results lead to the generation of some testable biological hypotheses.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    142597

    Yeni Cami'nin akustik açıdan performans değerlendirmesi

    Evaluation of the acoustical performance of the New Mosque

    EVREN YILDIRIM

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2003

    Mimarlıkİstanbul Teknik Üniversitesi

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEVTAP YILMAZ DEMİRKALE

  2. Tez No

    709909

    Multi-modal neuroimaging data prediction: Estimation of connectional brain template and multigraph classification with application to gender fingerprinting

    Çoklu modal nörogörüntüleme veri tahmini: Bağlantılı beyin şablonunun tahmini ve cinsiyet parmak izi uygulaması ile çoklu grafik sınıflandırma

    NADA CHAARI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Mühendislik Bilimleriİstanbul Teknik Üniversitesi

    İşletme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HATİCE CAMGÖZ AKDAĞ

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ISLEM REKIK

  3. Tez No

    837541

    Standards-compatible agile-devops methods integrated military software development model proposal

    Standartlarla uyumlu çevik-devops yöntemleri ile entegre askeri yazılım geliştirme modeli önerisi

    FATİH BİLDİRİCİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Endüstri ve Endüstri MühendisliğiAnkara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi

    Yönetim Bilişim Sistemleri Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ KEZİBAN SEÇKİN CODAL

  4. Tez No

    995891

    A decision support model for driving behavior selection of connected and autonomous vehicles in urban transportation networks

    Kentsel ulaşım ağlarında bağlantılı ve otonom araçların sürüş davranışı seçimine yönelik bir karar destek modeli

    MEHMET NEDİM YAVUZ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2026

    İnşaat MühendisliğiYıldız Teknik Üniversitesi

    İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HALİT ÖZEN

  5. Tez No

    972973

    Refurbished embeddings with integrated guidance networks forefficient context-length scaling

    Bağlam uzunluğunu verimli ölçeklemek için entegre rehber ağlarla yeniden düzenlenmiş temsiller

    ALİ DEVRİM EKİN ÇAVUŞOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2025

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EMRE AKBAŞ

Geri Dön