In silico design of novel and highly selective cyclooxygenase-2 inhibitors
Bilgisayar destekli ilaç tasarımı kullanarak seçici siklooksijenaz-2 inhibötörü tasarımı
- Tez No: 352259
- Danışmanlar: PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyofizik, Biyokimya, Bioengineering, Biophysics, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Siklooksijenaz-2 inhibitörü, yapı odaklı ilaç tasarımı, docking, modelleme, Bilgisayar destekli hesaplama, Biyoinformatik, Biyokimya, Farmasötik kimya, Fizikokimyasal özellikler, Ksenobiyotikler, Moleküler biyoloji, Tıbbi bilişim, Çok işlemcili bilgisayarlar, COX-2 inhibitor, structure based drug design, docking, modeling, Computer aided calculation, Bioinformatics, Biochemistry, Chemistry-pharmaceutical, Physicochemical properties, Xenobiotics, Molecular biology, Medical informatics, Multiprocessor computers
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Yıllarca, vücutta oluĢan enflamasyonu engellemek için her iki COX enzim inhibisyonunun sağlanması gerektiği düĢünülmüĢ ve sonuçta gastrointestinal zehirlenmeler ortaya çıkmıĢtır. Seçimli COX-2 inhibitör tasarımı, iki ayrı COX enzimi bulunmasından hemen sonra baĢlamıĢtır. Her iki enzim de aktif bölgelerinde yüksek benzerlik gösterir. Daha etkili, seçimli ve tersinir COX-2 inhibitör tasarımı çok önemlidir. COX-1 (pdb kodu: 1Q4G; Alfa-Metil-4-Bifenilasetik asit ile koyun COX-1 enzimi, çözünürlük 2.00 Å) ve COX-2 (pdb kodu: 3NT1; naproksen ile fare COX-2 enzimi, çözünürlük 1.73 Å) kristalleri in silico olarak hesaplamalı modellemenin yolunu açmıĢtır. Bu çalıĢmada reseptör oyuklarından her iki enzim içinde ZINCv12 parçacık kütüphanesi yardımı ile uygun iskelet yapılar oluĢturulmuĢ, küçük grupları Accelrys 3.1 Discovery Studio protokolleri ve de novo dizayn modülü ile farklı pozisyonlarda kullanılarak 1129 analog elde edilmiĢtir. GOLD ve Autodock 4 kullanılarak tarama gerçekleĢtirilmiĢ ve bağlanma pozları belirlenmiĢtir. Piyasada bulunan bilinen inhibitörler çalıĢmada temel referans olarak alınmıĢtır. En iyi çıkan inhibitörler ADMET testine tabi tutulmuĢ ve geçerli sayılmıĢtır.
Özet (Çeviri)
For many years, prevention of inflammation is achieved by inhibition of both cyclooxygenase (COX) enzymes; the eventual outcome is gastrointestinal toxicity. Selective inhibitor design for COX-2 initialized just after discovery of two distinct types of COX enzymes. Both isoforms of COX show great similarities at the active sites. It is still essential to find more potent, more selective and reversible COX-2 inhibitors. Crystallographic structures of COX-1 (pdb code: 1Q4G; Ovis aries COX-1 crystallized with Alpha-Methyl-4-Biphenylacetic, resolution 2.00 Å) and COX-2 (pdb code: 3NT1; Mus musculus COX-2 crystallized with naproxen, resolution 1.73 Å) isozymes have paved the way for computational modeling. In the present work, from receptor cavities of enzyme, suitable scaffolds for both isozyme are generated by using ZINCv12 fragment library. Accelrys 3.1's Discovery Studio Protocols and de novo design module were assigned in the derivation process of the scaffolds via link library to produce 1129 analogs. GOLD and AutoDock 4 are used to scan and define poses in catalytic sites of both COX isozymes. Known inhibitors were taken as a reference for verification of modeling studies. The best resultant inhibitors are subjected to ADMET test and validity is confirmed.
Benzer Tezler
- Ovulasyon indüksiyonu tedavisinde folliküler gelişimin ultrasonografik takibi
Başlık çevirisi yok
MERİH BAYRAM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Kadın Hastalıkları ve DoğumGazi ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜLAZIM YILDIRIM
- Çimentonun sertleşmesi üzerinde kimyasal komponentlerin etkisi
Başlık çevirisi yok
NACİYE TÜRKEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- Bazı esterlerin kinetik incelenmesi ve termodinamik parametrelerin belirlenmesi
Kinetic study and detesmination of thermodnamic parameters of some esters
İBRAHİM TAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- İzmir'de bazı yolların kapatılarak yaya bölgeleri oluşturma da kent peyzajını geliştirme açısından yeniden planlanması üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
BAHAR TÜRKYILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Şehircilik ve Bölge PlanlamaEge ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
- Atherosklerotik kalp hastalıklarında risk faktörleri
Risk factors in the coronary artery disease
MURAT SUHER