In silico design of novel and highly selective cyclooxygenase-2 inhibitors
Bilgisayar destekli ilaç tasarımı kullanarak seçici siklooksijenaz-2 inhibötörü tasarımı
- Tez No: 352259
- Danışmanlar: PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Biyokimya, Biyomühendislik, Biophysics, Biochemistry, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Siklooksijenaz-2 inhibitörü, yapı odaklı ilaç tasarımı, docking, modelleme, COX-2 inhibitor, structure based drug design, docking, modeling
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 85
Özet
Yıllarca, vücutta oluĢan enflamasyonu engellemek için her iki COX enzim inhibisyonunun sağlanması gerektiği düĢünülmüĢ ve sonuçta gastrointestinal zehirlenmeler ortaya çıkmıĢtır. Seçimli COX-2 inhibitör tasarımı, iki ayrı COX enzimi bulunmasından hemen sonra baĢlamıĢtır. Her iki enzim de aktif bölgelerinde yüksek benzerlik gösterir. Daha etkili, seçimli ve tersinir COX-2 inhibitör tasarımı çok önemlidir. COX-1 (pdb kodu: 1Q4G; Alfa-Metil-4-Bifenilasetik asit ile koyun COX-1 enzimi, çözünürlük 2.00 Å) ve COX-2 (pdb kodu: 3NT1; naproksen ile fare COX-2 enzimi, çözünürlük 1.73 Å) kristalleri in silico olarak hesaplamalı modellemenin yolunu açmıĢtır. Bu çalıĢmada reseptör oyuklarından her iki enzim içinde ZINCv12 parçacık kütüphanesi yardımı ile uygun iskelet yapılar oluĢturulmuĢ, küçük grupları Accelrys 3.1 Discovery Studio protokolleri ve de novo dizayn modülü ile farklı pozisyonlarda kullanılarak 1129 analog elde edilmiĢtir. GOLD ve Autodock 4 kullanılarak tarama gerçekleĢtirilmiĢ ve bağlanma pozları belirlenmiĢtir. Piyasada bulunan bilinen inhibitörler çalıĢmada temel referans olarak alınmıĢtır. En iyi çıkan inhibitörler ADMET testine tabi tutulmuĢ ve geçerli sayılmıĢtır.
Özet (Çeviri)
For many years, prevention of inflammation is achieved by inhibition of both cyclooxygenase (COX) enzymes; the eventual outcome is gastrointestinal toxicity. Selective inhibitor design for COX-2 initialized just after discovery of two distinct types of COX enzymes. Both isoforms of COX show great similarities at the active sites. It is still essential to find more potent, more selective and reversible COX-2 inhibitors. Crystallographic structures of COX-1 (pdb code: 1Q4G; Ovis aries COX-1 crystallized with Alpha-Methyl-4-Biphenylacetic, resolution 2.00 Å) and COX-2 (pdb code: 3NT1; Mus musculus COX-2 crystallized with naproxen, resolution 1.73 Å) isozymes have paved the way for computational modeling. In the present work, from receptor cavities of enzyme, suitable scaffolds for both isozyme are generated by using ZINCv12 fragment library. Accelrys 3.1's Discovery Studio Protocols and de novo design module were assigned in the derivation process of the scaffolds via link library to produce 1129 analogs. GOLD and AutoDock 4 are used to scan and define poses in catalytic sites of both COX isozymes. Known inhibitors were taken as a reference for verification of modeling studies. The best resultant inhibitors are subjected to ADMET test and validity is confirmed.
Benzer Tezler
- Hedefe dayalı sanal tarama yöntemleri ile yeni allosterik shp-2 inhibitör adaylarının keşfi ve biyolojik etkinliklerinin araştırılması
Discovery of novel allosteric shp-2 inhibitor candidates by structure-based virtual screening methods and investigation of their biological activities
MİNE İSAOĞLU
- Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi
Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods
GÜLŞAH AYDIN
Doktora
Türkçe
2020
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- Moleküler imprint sol-jel polimer kaplı kuantum noktaların sentezi ve optik sensör uygulaması
Synthesis of quantum dots coated with molecularly imprinted sol-gel polymer for application of optical sensor
TANER ARSLAN
- Analysis of movement disorder-related genes following the knockdowns of ANO10, WDR81, and VLDLR in zebrafish( danio rerio )
Zebrabalığında hareket bozukluguyla ilişkilendirilen ANO10, WDR81 ve VLDLR genlerinin susturulduğu modelde incelenmesi
GÖKSEMİN FATMA ŞENGÜL
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiSinir Bilimi Ana Bilim Dalı
PROF. MICHELLE MARIE ADAMS
- Implementation of strong light-matter interaction for fabrication and light management of thin crystal silicon solar cells
İnce kristal silisyum güneş hücrelerinde üretim ve ışık yönetimi için yoğun ışık-madde etkileşimi uygulaması
MONA ZOLFAGHARI BORRA
Doktora
İngilizce
2021
Fizik ve Fizik MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMikro ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALPAN BEK