Geri Dön

In silico design and modeling of coumarin derivatives as selective monoamine oxidase a inhibitors

Kumarin türevlerinin seçici ve geri dönebilir monoamin oksidaz-a inhibitörleri olarak tasarlanması ve modellenmesi

  1. Tez No: 360986
  2. Yazar: DİLARA KARAMAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 119

Özet

Monoamin oksidaz (MAO) izoenzimlerinin seçici ve geri dönebilir inhibisyonu, çeşitli nörolojik hastalıkların tedavisinde önemli bir yere sahiptir. Monoamin oksidaz enzimlerinin iki izoformu içinde MAO-A inhibisyonu depresyonun tedavisinde, MAO-B inhibisyonu ise Parkinson hastalığının tedavisinde olumlu sonuçlar vermektedir. Bu iki enzim farklı substrat özgünlüklerine sahiptir. Bu çalışmada, kumarin çekirdeğinin 3'üncü, 5'inci ve 7'nci pozisyonlarına 5 farklı yan grup eklenerek 125 farklı kumarin türevi tasarlandı. Bu türevler hesaplamalı yöntemler ile in silico ortamda MAO enzimlerine uygunlukları açısından test edildiler. AutoDock4.2 programının sonuçlarına göre bu türevlerin çoğu hem MAO-A hem de MAO-B enzimlerine nanomolar ve mikromolar düzeyde afiniteye sahip olduğu gözlemlendi. Aynı zamanda bu kumarin türevlerinin MAO-A ile daha iyi inhibisyon özelliklerine sahip olduğu görüldü. En iyi beşer ligandın MAO-A ve MAO-B ile bağlanma özellikleri Accelrys Discovery Studio programı kullanılarak detaylı şekilde incelendi. Bu sonuçlara göre M123 ligandı bu 125 ligand içinde en iyi kumarin türevi olabilir çünkü M123 ligandı MAO-A için en iyi ikinci inhibitör ve en seçici inhibitördü. Bu çalışmadan çıkan diğer sonuçlar da düşünüldüğünde yan grup olarak fenil kullanılması seçiciliği arttırırken, fenil ve brom kullanılması MAO-B'ye ilgiyi arttırıyor ancak seçicilik de azalıyor. Bu çalışma, kumarin türevlerinin özellikle 7. pozisyonda fenil bulunması durumunda MAO-A inhibisyonunda etkili olduğu ve bu yönde geliştirilecek kumarin türevlerinin depresyon tedavisinde kullanılmaya aday olabileceğini göstermektedir.

Özet (Çeviri)

Selective and reversible inhibition of Monoamine Oxidase (MAO) isoenzymes has an important place in treatment of various neurological disorders. Out of the two isoforms of Monoamine Oxidase enzymes, inhibition of MAO-A have been giving positive results in treatment of depression, and inhibition of MAO-B in cure of Parkinson's disease. The difference in treatment is due to the fact that these two enzymes have different substrate specificities. In this study, 125 different coumarin derivatives were designed by adding 5 different side groups to 3rd, 5th, 7th positions of coumarin nucleus. These coumarin derivatives were tested in terms of affinity to MAO enzymes by using computational methods in silico. Using to AutoDock4.2 docking software's results, we have found that most of these derivatives had affinity for both MAO-A and MAO-B enzymes at nanomolar and micromolar levels. At the same time we have seen that the coumarin derivatives had more inhibition properties with MAO-A. Binding properties of each the best five derivatives for MAO-A and MAO-B were examined comprehensively by using Accelrys Discovery Studio software. According to these results, M123 ligand might be the best coumarin derivative in the 125 ligands, because M123 ligand was the best second inhibitor and the most selective inhibitor. Other results from this study showed that, while using phenyl as side group increased the selectivity, using of phenyl and bromine increased the affinity to MAO-B but also decreased the selectivity. This study demonstrates that coumarin derivatives having particular phenyl at 7th position are effective at the MAO-A inhibition and coumarin derivatives that will be improved in this direction may be candidates in treatment of depression.

Benzer Tezler

  1. Bazı 7-hidroksi kumarin bileşiklerinin pıhtılaşma faktörü Xa ve antidiyabetik enzimlerin aktiviteleri üzerine etkilerinin incelenmesi

    Effects of some 7-hydroxy coumarin compounds on coagulation factor Xa and activities of antidiabetic enzymes

    FURKAN MELETLİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Biyokimyaİstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖZLEM SAÇAN

  2. Kanser tedavisinde yeni FOXM1 inhibitörlerinin tasarım, sentez ve etkinlik çalışmaları

    Design, synthesis and activity studies of novel FOXM1 inhibitors in cancer therapy

    KHALED A.N. ABUSHARKH.

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Eczacılık ve FarmakolojiÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET AY

    DOÇ. DR. FERAH CÖMERT ÖNDER

  3. Toxoplasma gondii FabG (3-Oxoacyl-[Acyl-Carrier-Protein] Reductase) enziminin ilaç geliştirmeye yönelik olarak rekombinant üretimi, biyokimyasal, biyofiziksel ve In Silico analizi

    Recombinant production, biochemical, biophysical and in silico analysis of the toxoplasma gondii FabG (3-Oxoacyl-[Acyl-Carrier-Protein] Reductase) enzyme for drug development studies

    CAN AYGÜN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    BiyolojiMarmara Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZAL MUTLU

  4. Kanser tedavisinde kullanılabilecek, moleküler modelleme tabanlı yeni protein kinaz inhibitörlerinin tasarımı, sentezi ve etkinliklerinin incelenmesi

    Design and synthesis of molecular modeling based new protein kinase inhibitors to be used in the treatment of cancer and investigation of activities

    FERAH CÖMERT ÖNDER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    BiyoteknolojiÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET AY

  5. In silico design and modeling of peptidomimetic drug candidates for methionine aminopeptidase 2 enzyme for prevention of cancer

    Kanseri engellemek için bilgisayar ortamında dizayn ve modelleme kullanarak metiyonin aminopeptidaz 2 enzimine uygun peptidomimetik ilaç adayları geliştirme

    ŞAFAK NAZ ŞENTÜRK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    BiyolojiKadir Has Üniversitesi

    Biyoinformatik ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ