Zeytinde biyoinformatik yöntemlerle yeni miRNAların saptanması
Determination of the new miRNAs with bioinformatics methods in olive
- Tez No: 371410
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CEMAL ÜN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
mikroRNA lar (miRNAlar) bitkiler, hayvanlar ve virüslerde post transkripsiyonel düzenleyiciler olarak görev yapan yaklaşık 21 nükleotid uzunluğundaki endojen kaynaklı kısa kodlanmayan RNA dizileridir. MiRNA'lar karakteristik hairpin yapısını sahiptir. MiRNA'ların tanımlanması için iki ana yaklaşım; deneysel yaklaşım ve biyoinformatik yöntemdir. Bu çalışmada biyoinformatik yöntem kullanılarak zeytin miRNA'ları tahmin edilmeye çalışılmıştır. Zeytin bitkisinin seçilmesinin nedeni ise henüz miRNA kaydı olmamasıdır. Biyoinformatik yöntemin amacı bitki sekansları arasındaki homolojiyi temel alarak zeytin miRNA'larını tahmin etmektir. Bu nedenle miRBase'de yayınlanan farklı organizmaların miRNA'ları zeytin EST'leri ile BLAST edildi. BLASTN çalışmasından sonra, kodlayan sekanslar dışındaki yüksek benzer sekanslar RNAfold ile hairpin yapı analizine tabi tutuldu. Belli parametrelere göre hairpin yapıları seçildi. Farklı organizmalardan 2310 adet bilinen miRNA sekanslarının zeytin EST'leri ile BLASTı sonucu 41 aday zeytin miRNA'sı bulunmuştur. Aday miRNA'lar bitkiler ve O. europea arasındaki korunmuşluğu göstermiştir.
Özet (Çeviri)
microRNAs (miRNA) plants, animals and viral post-transcriptional regulators acting as about 21 nucleotides long RNA sequences endogenous short noncoding. MiRNAs have a characteristic hairpin structure. Identification of miRNAs has two major approaches; experimental approaches and computational (bioinformatics) methods. In this study, olive miRNAs using bioinformatics methods have been tried to be estimated. Olive plant was chosen because there is as yet miRNA registration. The aim of bioinformatics methods based on homology between sequences of plant miRNAs is to estimate olives. Therefore, issued mirbase olive est miRNAs with different organisms is BLAST. After work BLASTN, highly similar sequences other than the sequence encoding the hairpin rnafold was subjected to structural analysis. Hairpin structures were selected according to certain parameters. 2310 pieces of known miRNA sequences from different organisms with olive est blast results were found 41 candidate miRNAs olives. Between plants and O. europea candidate miRNAs showed-preserved.
Benzer Tezler
- Gemlik çeşidi zeytinlerden kaliteli ve az tuzlu siyah sofralık zeytin üretimi üzerinde bir araştırma
A Study on the production of quality black table olives by useing Gemlik variety olives
DİLEK BAŞER
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Gıda MühendisliğiUludağ ÜniversitesiGıda Bilimi ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OĞUZ KILIÇ
- Karık, damla ve sızdırma sulama yöntemlerinin toprakta tuz dağılımına etkisi
Effect of furrow drip and under ground irrigation methods on salt distrubution in soil
SONGÜL YURTMAN(YAVUZ)
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
ZiraatAnkara ÜniversitesiKültürteknik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. OSMAN YILDIRIM
- Die Sprache und der Sprachstil Arno Schmidt's in:“Die Gelehrtenrepublik”
Başlık çevirisi yok
ZİHNİ TUNCER
- Türkiye kökenli pirina yağından sıvı-sıvı ekstraksiyonu ile serbest yağ asitlerinin giderilmesi üzerinde bir inceleme
An Investigation on the deacidification of Turkish sulphur olive oil by liquid-liquid extraction
SELMA TÜRKAY
