Zeytinde biyoinformatik yöntemlerle yeni miRNAların saptanması
Determination of the new miRNAs with bioinformatics methods in olive
- Tez No: 371410
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CEMAL ÜN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 79
Özet
mikroRNA lar (miRNAlar) bitkiler, hayvanlar ve virüslerde post transkripsiyonel düzenleyiciler olarak görev yapan yaklaşık 21 nükleotid uzunluğundaki endojen kaynaklı kısa kodlanmayan RNA dizileridir. MiRNA'lar karakteristik hairpin yapısını sahiptir. MiRNA'ların tanımlanması için iki ana yaklaşım; deneysel yaklaşım ve biyoinformatik yöntemdir. Bu çalışmada biyoinformatik yöntem kullanılarak zeytin miRNA'ları tahmin edilmeye çalışılmıştır. Zeytin bitkisinin seçilmesinin nedeni ise henüz miRNA kaydı olmamasıdır. Biyoinformatik yöntemin amacı bitki sekansları arasındaki homolojiyi temel alarak zeytin miRNA'larını tahmin etmektir. Bu nedenle miRBase'de yayınlanan farklı organizmaların miRNA'ları zeytin EST'leri ile BLAST edildi. BLASTN çalışmasından sonra, kodlayan sekanslar dışındaki yüksek benzer sekanslar RNAfold ile hairpin yapı analizine tabi tutuldu. Belli parametrelere göre hairpin yapıları seçildi. Farklı organizmalardan 2310 adet bilinen miRNA sekanslarının zeytin EST'leri ile BLASTı sonucu 41 aday zeytin miRNA'sı bulunmuştur. Aday miRNA'lar bitkiler ve O. europea arasındaki korunmuşluğu göstermiştir.
Özet (Çeviri)
microRNAs (miRNA) plants, animals and viral post-transcriptional regulators acting as about 21 nucleotides long RNA sequences endogenous short noncoding. MiRNAs have a characteristic hairpin structure. Identification of miRNAs has two major approaches; experimental approaches and computational (bioinformatics) methods. In this study, olive miRNAs using bioinformatics methods have been tried to be estimated. Olive plant was chosen because there is as yet miRNA registration. The aim of bioinformatics methods based on homology between sequences of plant miRNAs is to estimate olives. Therefore, issued mirbase olive est miRNAs with different organisms is BLAST. After work BLASTN, highly similar sequences other than the sequence encoding the hairpin rnafold was subjected to structural analysis. Hairpin structures were selected according to certain parameters. 2310 pieces of known miRNA sequences from different organisms with olive est blast results were found 41 candidate miRNAs olives. Between plants and O. europea candidate miRNAs showed-preserved.
Benzer Tezler
- Zeytinde polen uyumunu kontrol eden aday genin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of a candidate gene associated in pollen recognation of olive
ALİ CAN KAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiBalıkesir ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLENDAM TÜMEN
- Zeytinde (Olea europaea L.) strigolakton biyosentezinde rol alan genlerin karakterizasyonu
Characterization of the genes involved in strigolactone biosynthesis in olive (Olea europaea L.)
ASLIHAN ÖZBİLEN
Doktora
Türkçe
2019
BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL MELİK TAŞKIN
- Kiraz ve uslu zeytin çeşitlerinde pedisele has genlerin tespiti
Isolation of olive genes specific to pedicels of kiraz and uslu cultivars
ŞAKİR AKGÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
BiyolojiBalıkesir ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. EKREM DÜNDAR
- Yabani zeytinde (Olea europaea L. subsp. oleaster) yüksek verimli RNA dizilemesi ile yaprak ve pedisel dokularındaki korunmuş ve yeni miRNA ve hedef genlerinin karakterizasyonu
Characterization of conserved and novel miRNAs in leaf and pedicel Ttissue and their targets in Olive (Oleaea Europa L. subsp. oleaster) from RNA deep sequence
MUHAMMET YUSUF PEKMEZCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
BiyoteknolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TURGAY ÜNVER
- Zeytin tahmini tiyoredoksin geninin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of a putative thioredoxin from olive
GÜLÇİN ÇETİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
BiyolojiBalıkesir ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. EKREM DÜNDAR