Yabani zeytinde (Olea europaea L. subsp. oleaster) yüksek verimli RNA dizilemesi ile yaprak ve pedisel dokularındaki korunmuş ve yeni miRNA ve hedef genlerinin karakterizasyonu
Characterization of conserved and novel miRNAs in leaf and pedicel Ttissue and their targets in Olive (Oleaea Europa L. subsp. oleaster) from RNA deep sequence
- Tez No: 395736
- Danışmanlar: DOÇ. DR. TURGAY ÜNVER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 106
Özet
Zeytin bitkisi Akdeniz havzasına özgü ve iklimin tipik bitkilerinden birisi olup, sağlık, gıda, kozmetik gibi alanlarda yüksek ekonomik değeri olan ve ülkemizin de önemli miktarda yetiştiriciliğini üstlendiği bir ağaçtır. mikroRNAlar 18-22 nükleotid uzunluğunda, protein kodlamayan ancak gen ifadesi düzenlenmesinde post-transkripsiyonel olarak rol oynayan tek zincirli RNA dizileridir ve stres dayanıklılığı, gelişim gibi süreçlerde miRNAların işlevleri bilinmektedir. Bu çalışmada yabani zeytin bitkisinin yaprak ve pedisel dokularının Temmuz ve Kasım aylarında alınan örneklerinin RNAları izole edilerek yüksek verimli dizileme teknolojisiyle elde edilen okumalar üzerinden ve küçük RNA kütüphanesi kullanılarak yeni ve korunmuş miRNA tespiti biyoinformatik olarak yapılmış, katlanma yapıları RNAfold ile belirlenmiştir. Analizler sonucu toplamda 20 korunmuş, 23 yeni miRNA bulunmuştur. Hedef mRNAların gen ontolojisi Blast2GO ile yapılmış, miRNAlar ve hedefleri eş zamanlı PCR deneyi yapılmış ve 7 örnekten 5 miRNA/hedef arasındaki ilişki doğrulanmıştır.
Özet (Çeviri)
Olive is a tree that is specific to Mediterranean basin and one of the typical plants of the climate and has high values on fields like health, food, cosmetics and our country bears the production in significant amounts. microRNAs are 18-22 nucleotide long non-coding, single-stranded RNA sequences that regulates gene expression on post-transcriptional level and are known to be involved in various biological processes such as stress tolerance and development. In this study samples were taken on July and November from wild olive tree's pedicel and leaf tissues and their RNA extracted to identify conserved and novel miRNAs bioinformatically on the RNA sequence and small RNA deep-seq and novel and conserved miRNAs were obtained via bioinformatics. As a result 20 conserved and 23 novel miRNAs were detected. Gene ontologies of target mRNAs were done via Blast2GO and the expression levels of miRNAs and their target genes were quantified by qRT-PCR. 5 out of 7 miRNA/target gene relationship were verified.
Benzer Tezler
- Yabani zeytin (Olea europaea L. var. oleaster) bitkisi genomunda MADS-box transkripsiyon faktörü ailesi tanımlanması ve qRT- PZR ile ifade analizi
Identification and expression analysis of MADS-box transcription factor family genes in wild olive (Olea europaea L. var. oleaster) genome
GÜNSELİ BABAOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TURGAY ÜNVER
- Önemli zeytin (Olea europaea L.) çeşitlerinin izoenzim polimorfizmleri ve genetik özellikleri
Isoenzyme polymorphisms and genetic characteristics of important olive (Olea europaea L.) cultivars and types
SEVDA DÜLGER
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
ZiraatÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MURAT ŞEKER
- Zeytin beta lukozidaz geni'nin pichia pastoris'te ekspresyonu
Expression of olive beta glucosidase in pichia pastoris
GÖZDE ZEYTUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyolojiYıldız Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. ŞENAY VURAL KORKUT
DR. GÜNSELİ KURT GÜR
- Lateks spesifik IgE'nin tanısal değerinin araştırılması
The research of diagnostic value of lateks spesific IgE
FERİDUN GÜRLEK
Tıpta Yan Dal Uzmanlık
Türkçe
2014
Allerji ve İmmünolojiEge Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. E. NİHAL METE GÖKMEN
- Laboratuvar ölçekli biyodizel üretim tesisinin projelendirilerek imal edilmesi ve yabani zeytinden (Oleaoleaster) üretilecek biyodizelin yakıt özelliklerinin belirlenmesi
Manufacture of the projected laboratory scale biodiesel production facility and determination of biodiesel fuel to be produced from wild olive (Oleaoleaster) features
MURAT ARSLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
EnerjiUludağ ÜniversitesiTarım Makineleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KAMİL ALİBAŞ