Geri Dön

Computational study on the side reactions of dopa decarboxylase

Dopa dekarboksilaz enziminin yan reaksiyonları üzerine hesapsal bir çalışma

  1. Tez No: 371529
  2. Yazar: ERDEM ÇİÇEK
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. FETHİYE AYLİN SUNGUR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Kimya, Biochemistry, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Bilişim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 91

Özet

Bu çalışma kapsamında, enzimin farklı iki substratı olan serotonin (5-HT) ve d-triptofan metilester ile tranamination mekanizması hesapsal olarak aydınlatılmaya çalışılmıştır. Deneysel olarak öne sürülmüş olunan mekanizmalarda yer alan sabit yapılar B3LYP/6-31+G(d,p) teori seviyesinde optimize edilmiştir. Ayrıca çözücü etkisi de göz önüne alınmıştır. Çalışma sonucunda elde edilen bilgiler ışığında, DDC enziminin gerçekleştirdiği transminasyon reaksiyonunun mekanizması açıklanmaya çalışılmıştır. Ayrıca, yapılar arasındaki farklılıkların mekanizma üzerine etkileri de bu çalışma kapsamında elde edilen sonuçlardandır. Yan reaksiyonlar ile daha detaylı sonuçlar için QM/MM çalışmalarının sürdürülmesi ve bu sayede aktif bölgede yer alan amino asit yapılarının etkisinin ortaya çıkarılması önerilmektedir.

Özet (Çeviri)

A DFT study is carried out on the side reactions of DDC which lowers the activity of the enzyme. The half-transamination reaction is one of the side reactions of DDC studied computationally in the presence of two different substrates. The structural differences between D-Trptophan Methyl Ester and 5-Hydroxytryptophan result in competitive inactivation mechanism. The results enable us to have an idea about one of the side reactions of DDC. However, there exists another side reaction which can contain a radical in the pathway. For a better explanation of the competitive reactions, one must also study that pathway. It should be also noted that a QM/MM study will be carried out for this reaction in order to identify the specificity of amino acid residues surrounding the active site.

Benzer Tezler

  1. Aren hidrat ve oksitlerinin asit katalizli dehidrasyon mekanizmalarının teorik (yapı-ampirik ve DFT) olarak çalışılması

    A computational study (DFT and semi-empiric) of mechanisms of acid catalyze dehydration of arene hydrate and oxides

    ELİF VARHAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    KimyaDicle Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. NECMETTİN PİRİNÇOĞLU

  2. O-asetilpeptidoglukan esteraz (APE1) enziminin tepkime mekanizmasının ın silico yöntemlerle aydınlatılması

    Elucidation of reaction mechanism of APE1 enzyme with in silico methods

    ZEYNEP AKSAKAL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURCAN TÜZÜN

    PROF. DR. FETHİYE AYLİN SUNGUR

  3. Tunçbilek termik santrali'nin 5. ünite kazanındaki alev oluşumunun sayısal modellemesi

    Numerical modeling of flame formation in the 5th unit boiler of Tunçbi̇lek thermal power plant

    FARUK ÖZDEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. YAKUP ERHAN BÖKE

  4. Yalıtım malzemesi enjeksiyon süreci optimize edilmiş yeni bir buzdolabı kabini tasarımı

    Designing a new refrigerator cabinet based on optimization of the insulation material injection

    FIRAT AKAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Enerjiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Enerji Bilim ve Teknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İLYAS BEDİİ ÖZDEMİR

  5. Random forest yöntemi kullanarak polimer elektrolit membran (PEM) yakıt hücrelerinin ömrünün belirlenmesi

    Determining life span in polymer electrolyte membrane (PEM) fuel cell using random forest method

    HAVVA NUR SAĞDIÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HANZADE AÇMA

    PROF. DR. SERDAR YAMAN

    DOÇ. DR. HALİT EREN FİGEN