Validation of the OR103-1/5 intergenic sequence as a molecular tool to promote bi-cistronic translation in zebrafish
Zebrabalığında OR103-1/5 genleri arasındaki dizinin iki sistronlu protein çevrimini sağlayan bir araç olarak doğrulanması
- Tez No: 371779
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. STEFAN HERBERT FUSS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 159
Özet
Koku alma sisteminde mevcut olan her bir sinir hücresi geniş ve çeşitli bir yelpazeden yalnızca bir tane koku almaç genini ifade eder. Ancak zebrabalığı koku alma sisteminde bu kurala istisna teşkil eden bir vaka OR103-1 ve OR103-5 genlerinin eşzamanlı ifade edilmesinin tespitiyle ortaya çıkarılmıştır. İki gen arasındaki eşzamanlı ifadenin dizgeli tabiatından dolayı bu düzenin iki gen arasındaki dizilimden kaynaklandığı varsayımını oluşturduk. Tek bir diziden çift gen ifade edilmesine imkan tanıyan vektörler vasıtasıyla varsayımımız öncelikli olarak hücre kültüründe sınandı. HeLa hücrelerinde gerçekleştirilen deneylerin sonuçları OR103-1/5 genleri arasındaki dizinin IRES (dahili ribozom giriş mevki) işlevine sahip olduğunu gösterdi. Ardından, iki muhbir protein arasına klonlamak suretiyle OR103-1/5 genleri arasındaki dizinin zebrabalığı embriyolarında OR103-1 ve OR103-5 gen bölgesinin davranışını tekrar edebilme yeteneği sınandı. Koku alma sistemi içerisinde ve dışarısında mevcut sinir hücresi kümelerinde, muhbir proteinler arasında görülen yüksek eşzamanlı etiketlenme oranları OR103-1/5 genleri arasındaki bölgenin aynı dizi üzerindeki iki adet proteini birlikte ifade ettirme kabiliyetini doğruladı. Muhbir proteinlerin farklı DNA parçalarına bölünmeleri veya RNA dökümünün polyA (çoklu adenilleme) dizisi ile zoraki sonlandırılması muhbir proteinler arasında görülen eşzamanlı etiketlenme oranlarını önemli ölçüde tahrip etti. Öte yandan, aynı deney düzeneğinde OR103-1/5 genleri arasındaki dizinin bir başka promotör bölgesi ile takası, benzer düzeyde eşzamanlı etiketlenme oranları temin edemedi. Ardından vektörlere koku almaç proteini kodlayan diziler eklendiğinde zebrabalığı beyninde muhbir proteinlerce görselleştirilen nöronların bir kısımının oluşturduğu yeni küresel yapılar meydana geldi. Nihai olarak, transgenik koku almaç proteinlerinin koku alma sinirlerindeki mevcudiyeti, Myc-etiketine karşı yapılan boyama deneyleriyle ispat edildi. Böylelikle, transgenik koku almaç proteinlerinin belirli bir koku alma siniri kümesine takdimi OR103-1/5 genleri arasındaki dizinin kullanılması ile gerçekleştirildi.
Özet (Çeviri)
Sensory neuron in the olfactory system, typically expresses only a single olfactory receptor (OR) gene from a large and diverse genomic repertoire. In zebrafish, a violation of this 'one neuron – one receptor rule' has been identified with the systematic coexpression of two linked ORs. In previous studies we have provided evidence that coexpression of OR103-1 and OR103-5 genes results from a failure to terminate transcription at the end of the upstream OR103-1 gene. We hypothesized that this unusual situation may lead to cotranslation of both OR genes by the same OSN through the presence of an internal ribosome entry site (IRES) within the OR103-1/5 intergenic region. The hypothesis was tested in vitro and in vivo by using dual-reporter constructs that contain renilla and firefly luciferase or two fluorescent reporter genes linked by the 1.4 kb intergenic region. Strong firefly and renilla luciferase activity in transfected HeLa cells suggests that the intergenic sequence may contain IRES activity in addition to cryptic promoter activity in the heterologous system. In transient transgenic zebrafish embryos injected with dual-reporter constructs a high correlation of GFP and mCherry fluorescence was observed in individual cells. Reporter gene coexpression was not restricted to olfactory tissue and was observed in other tissues when appropriate promoters were used. Colabeling was severly reduced when the reporter genes resided on different plasmids or when a polyadenylation signal was placed downstream of the first reporter. Substitution of the intergenic region with a different promoter equally abolished colabeling. In a final experiment we tried to coexpress OR proteins and fluorescent markers with the help of the bi-cistronic expression system. Forced overexpression of an OR gene in OSNs resulted in convergence of transgenic axons within the olfactory bulb. Under the influence of a strong enhancer, a subpopulation of axons converged onto novel glomeruli that were not present in control constructs that did not contain an OR sequence. In summary, the OR103-1 / 5 intergenic region promotes cotranslation of two linked gene coding sequences from a single transcript and can be used for successful coexpression of a marker gene and a gene of interest.
Benzer Tezler
- Uluslararası İşlevsellik, Yetiyitimi ve Sağlık Sınıflandırması, Kronik İskemik Kalp Hastalığı Çekirdek Seti'nin Türk hastalarda uygulanabilirliği'
Validation of the international classification of functioning, disability and health core set for chronic ischemic heart disease in Turkish patients
MUHAMMET MURAT ÇUBUKCU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonSelçuk ÜniversitesiFiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FUNDA LEVENDOĞLU
- Akut pankreatitin şiddetini belirlemede revize atlanta kriterlerinin doğrulaması
Validation of the revised atlanta classification in predicting the severity of acute pancreatitis
AYSEL TOÇOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
GastroenterolojiSakarya Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYDIN ŞEREF KÖKSAL
- Antifosfolipid sendromu (APS) tanılı hastalarda APS sınıflandırma kriterleri dahilinde bulunan solid faz testlerle saptanan antifosfolipid antikorlarının IgA subtiplerinin ve anti-domain-ı antikorlarının da dahil edilerek global antifosfolipid sendromu skoru'nun validasyonu
Validation of the global antiphospholipid syndrome score by adding anti-domain-i antibodies and İGA isotypes of antiphospholipid antibodies within the antiphospholipid syndrome (APS) classification criteria
ÖMER ULUDAĞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Romatolojiİstanbul Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAHAR ARTIM ESEN
- Hareket Bozuklukları Derneği Birleşik Parkinson Hastalığı Değerleme Ölçeğinin Türkçe standardizasyonu çalışması
Validation of the Turkish version of The Movement Disorder Society-Unified Parkinson's Disease Rating Scale
VOLKAN YILMAZ
