Geri Dön

Identification of novel genes involved in planar cell polarity establishment in the Drosophila eye

Drosophila gözünde düzlemsel hücre kutuplaşması kurulmasında rol oynayan yeni genlerin tespit edilmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 371780
  2. Yazar: DUYGU KOLDERE
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ARZU ÇELİK FUSS
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 136

Özet

Çok hücreli organizmalarda dokular, işlevlerini düzgün biçimde gösterebilmek için apikal-bazal ve düzlemsel hücre polaritesi ile oluşturulan hatasız hücre düzenine ihtiyaç duyarlar. Düzlemsel hücre kutuplaşmasının (DHK) kurulması için hücrelerin epitel yüzey boyunca organize olması gereklidir. Bu organizasyonu sağlayan mekanizmalar, çeşitli sinyal yolaklarını ve hücre iskeleti düzenlemelerini içermektedir. DHK genel hatları ile aydınlatılmış olmasına rağmen henüz bir bütün halinde tanımlanamamıştır. DHK'nin genetik kontrolü omurgalı ve omurgasızlar arasında yüksek oranda korunmuştur. Drosophila gözü, trapezoid oluşturacak şekilde dizilen fotoreseptörlerinin gözün farklı yarılarında zıt kutupları göstermesi ile açıkça gözlenebilen DHK'yi çalışmak için mükemmel bir model sistemdir. Polarizasyon sürecinde fotoreseptör kümeleri, kiralite kurulması ve omatidyal rotasyon ile takip edilen, R3/R4 hücre farklılaşmasının düzgün biçimde gerçekleştirilmesine ihtiyaç duyar. Biz iki farklı yaklaşım ile DHK kurulmasında rol oynayan yeni genler bulmayı amaçladık. RNAi ifade düşürme yöntemi ile altı olası R3/R4-spesifik genin (CG33259, cropped, faint sausage, polychaetoid, Stubble, taranis) etkilerini incelediğimiz ilk yaklaşım sonucunda, faint sausage (fas) geninin umut verici bir aday olduğunu bulduk. İleride, mutant analizleri için kullanmak üzere rekombinant fas-mutant sinekleri yarattık. İkinci kısımda, gözde DHK kurulmasında rol oynayabilecekleri düşünüldüğü için, FACS ile topladığımız R3/R4 hücrelerinde farklı seviyede ifade (FI) edilen genleri, RNA-Seq ile tespit ettik ve ets domain lacking (edl)'i ilgi çekici bir aday olarak belirledik. Şimdiye dek sadece iki transkripsiyon faktörünün R3/R4 farklılaşmasında rol oynadığı belirlendiği için yenilerini bulmak üzere FI datasetini kullanıp bu bilgiyi genişletmeyi amaçladık. Analizler altı geni olası regülatör olarak gösterdi: Trithorax-like, Grainy head, Jim, DNA replication-related element factor, Cropped ve CG7928. Ancak bu çalışma süresince valide edilemediler. Gözde DHK'ye katkı sağlayabileceklerini hipotez ederek gen düzenleme ağı datasından Svp ve hedef genlerini elde ettik. Validasyon için seçilen dört hedef genden (couch potato, bruchpilot, futsch, pebbled) yalnızca birinin, pebbled, Svp tarafından regüle edildiğini onayladık.

Özet (Çeviri)

In multicellular organisms proper functioning of tissues requires precise patterning of cells, which is acquired by apical-basal and planar cell polarization. To establish planar cell polarity (PCP), cells have to organize themselves along the plane of the epithelium. The mechanisms leading to this organization include several signalling pathways and cytoskeletal arrangements. Although general aspects of PCP have been elucidated, a complete view has not been established yet. It is known that genetic control of planar cell polarization is highly conserved among vertebrates and invertebrates. The Drosophila eye is a remarkable model system to study PCP, which is evident in organization of photoreceptors (PRs) into trapezoidal structures pointing to opposite directions in different halves of the eye. In the process of polarization, PR clusters require correct specification of R3/R4 cells, followed by chirality establishment and ommatidial rotation. We aimed to identify novel genes involved in PCP establishment by following two approaches. In the first approach, effects of six putative R3/R4 specific genes (CG33259, cropped, faint sausage, polychaetoid, Stubble, taranis) were analyzed by RNAi down-regulation, and faint sausage (fas) was determined as a promising candidate. Then, we generated recombinant fas-mutant flies to use in further mutant analyses. In the second approach, R3/R4 cells were sorted by FACS and analyzed by RNA-Seq in order to identify differentially expressed (DE) genes that might have role in PCP establishment. From this analysis, ets domain lacking (edl) appeared to be an interesting candidate. Additionally, we used this dataset to predict putative transcription factors that might be regulating differentially expressed genes. These analyses yielded six putative regulators of the DE genes in R3/R4: Trithorax-like, Grainy head, Jim, DNA replication-related element factor, Cropped, and CG7928. Furthermore, gene regulatory network data were used to dissect the Svp targetome, hypothesizing that this targetome might be containing genes contributing to PCP in the eye. Out of four putative targets that were selected for validation (couch potato, bruchpilot, futsch, pebbled), only one, pebbled, was verified as being regulated by Svp.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    409284

    Identification of novel genes involved in the etiology of benign neonatal/infantile epilepsy syndromes and genetic epilepsy with febrile seizures plus (GEFS+)

    Selim yenidoğan/bebeklik epilepsi sendromları ve ateşli nöbetli genetik epilepsi etiyolojisinde yer alan yeni genlerin belirlenmesi

    SUNAY USLUER

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    GenetikBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SERVER HANDE ÇAĞLAYAN

  2. Tez No

    902679

    Rasopatilerin moleküler etiyopatogenezinin yeni nesil dizileme ile aydınlatılması

    Elucidating the molecular etiopathogenesis of rasopathies with next generation sequencing

    ESMA NUR KONUR AKBAŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Genetikİstanbul Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYÇA DİLRUBA ASLANGER

  3. Tez No

    744568

    Application of computational biology approaches for the investigation of the molecular mechanisms of cancer across taxonomic groups

    Farklı taksonomik gruplarda kanserin moleküler mekanizmalarının hesaplamalı biyoloji uygulamalarıyla araştırılması

    IŞIL TAKAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ATHANASİA PAVLOPOULOU

  4. Tez No

    229635

    Kalıtsal aritmojenik hastalıklarla ilişkili yeni genlerin, gen haritalama, pozisyonel klonlama, ve aday gen tarama yöntemleri ile tanımlanması

    Identification of new genes involved in hereditary arrhythmogenic diseases by gene mapping, positional cloning and candidate gene screening

    ECE SELEN ŞAHİN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    Genetikİstanbul Üniversitesi

    Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEHER BAŞARAN

  5. Tez No

    139272

    Identification of genes involved in hepatocellular carcinoma : Evaluation of hCdc4 and B-Raf genes

    Hepatoselüler karsinomda R01 alan genlerinin tanımlanması: hCdc4 and B-Raf genlerinin değerlendirilmesi

    BANU SÜRÜCÜ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2003

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. CENGİZ YAKICIER

Geri Dön