Geri Dön

Automated layout of process description maps drawn in systems biology graphical notation

Systems biology graphical notation kullanılarak çizilen proses diyagramlarının otomatik yerleştirmesi

  1. Tez No: 374373
  2. Yazar: BEGÜM GENÇ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 92

Özet

Gelişen teknolojiyle birlikte genom bilimi üzerindeki ilgi arttı. Günümüzdeki ileri düzey çalışmalar ve yüzyıllardır süregelen moleküler biyoloji araştırmaları birleşince yüksek miktarda yolak verisi oluştu. Bu modeller, bağıntıları nedenlere bağlayıp, yüksek hacimli veri analizinde kullanılarak, birçok karmaşık hastalığı aydınlatabilir. Bu çalışmalardaki anlam belirsizliğini önlemek ve düzenliliği sağlamak amacıyla standart bir notasyona ihtiyaç duyuldu. Systems Biology Graphical Notation (SBGN), bir grup biyokimyacı, modelleme uzmanı ve bilgisayar bilimcisi tarafından, bilim adamlarının hücresel süreçler de dahil olmak üzere pek çok ağ yapısını standart ve belirsizliğe yer vermeyen bir şekilde yansıtması için geliştirilmiştir. SBGN üç dilden oluşur: proses, varlık ilişki ve etkinlik akış. Bu araştırma, bu dilin proses diyagramları kolu üzerine yoğunlaşmaktadır. Otomatik yerleştirme, çizgelerle temsil edilen bilginin açıkça görselleştirilmesini sağlamakta yaygın şekilde kullanılır. Biyolojik yolakların içiçe yapılar (nükleoplazma vb.) içerdiğini göz önünde bulundurarak, bu yapıları destekleyen kuvvet-yönlendirilmiş bir otomatik yerleştirme metodu olan Compound Spring Embedder (CoSE) algoritmasını kullandık. Bu algoritma yapısını kullanarak, özelleştirilmiş bir SBGN-PD yerleştirme algoritması geliştirdik. SBGN-PD yerleştirme algoritması genel olarak; kompleks üyelerinin ve bağlantısı olmayan moleküllerin düzgünce döşenmesi, proses düğümlerinin substrat ve ürün bağlantılarının, ilgili proses düğümlerinin zıt taraflarına yerleştirilmesi ve bu işlemlerin algoritmanın kuvvet-yönlendirilmiş yapısını bozmadan yapılmasını içerir.

Özet (Çeviri)

Evolving technology has increased the focus on genomics. The combination of today's advanced studies with decades of molecular biology research yield in huge amount of pathway data. These models can be used to improve high-throughput data analysis by linking correlation to the causation, shedding light on many complex diseases. In order to prevent ambiguity and ensure regularity of the research, a need for using a standard notation has emerged. Systems Biology Graphical Notation (SBGN) is a visual language developed by a community of biochemists, modellers and computer scientists with the intention of enabling scientists to represent networks, including models of cellular processes, in a standard, unambiguous way. SBGN is formed of three languages: process, entity relationship and activity flow. This research is focused on its process diagram branch. Automated layout is commonly used to clearly visualize the information represented by graphs. Considering the fact that, biological pathways includes nested structures (e.g., nucleoplasms), we have made use of a force-directed automatic layout algorithm called Compound Spring Embedder (CoSE), which supports the compound graph structures. On top of this layout structure, we have developed a specialized layout algorithm called SBGN-PD layout. SBGN-PD layout enhancements mainly include properly tiling of complex members and disconnected molecules, placement of product and substrate edges on the opposite sides of a process node without disturbing the force-directed structure of the algorithm.

Benzer Tezler

  1. Methods and tools for visualisation and management of SBGN Process Description maps

    SBGN proses diyagramlarının yönetimi ve gösterimi için geliştirilen metotlar ve araçlar

    MECİT SARI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ

  2. Grup teknolojisi imalat sistemleri tasarımı için bir metodoloji ve bu metodolojinin endüstride uygulanması

    Başlık çevirisi yok

    NEVİN AYDIN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. M. BÜLENT DURMUŞOĞLU

  3. Mekanik endüstride CAD/CAM sistemlerinin seçimi ve etkin kullanımı

    Başlık çevirisi yok

    METE YAKIN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    Mühendislik Bilimleriİstanbul Teknik Üniversitesi

    İşletme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. HALİL HALEFŞAN SÜMEN

  4. Zemin mühendisliğinde gerilme şekil değiştirme davranışının sonlu elemanlar yöntemiyle incelenmesi

    Stress-strain analysis by finite element method in geotechnical engineering

    ELİF YILMAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1994

    İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    PROF.DR. AHMET SAĞLAMER

  5. Avlulu ev tasarımı için bir uzman sistem

    An Expert system for designing courtyard houses

    MELTEM AKSOY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1991

    Mimarlıkİstanbul Teknik Üniversitesi

    PROF.DR. GÜLSÜN SAĞLAMER