Automated layout of process description maps drawn in systems biology graphical notation
Systems biology graphical notation kullanılarak çizilen proses diyagramlarının otomatik yerleştirmesi
- Tez No: 374373
- Danışmanlar: DOÇ. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 92
Özet
Gelişen teknolojiyle birlikte genom bilimi üzerindeki ilgi arttı. Günümüzdeki ileri düzey çalışmalar ve yüzyıllardır süregelen moleküler biyoloji araştırmaları birleşince yüksek miktarda yolak verisi oluştu. Bu modeller, bağıntıları nedenlere bağlayıp, yüksek hacimli veri analizinde kullanılarak, birçok karmaşık hastalığı aydınlatabilir. Bu çalışmalardaki anlam belirsizliğini önlemek ve düzenliliği sağlamak amacıyla standart bir notasyona ihtiyaç duyuldu. Systems Biology Graphical Notation (SBGN), bir grup biyokimyacı, modelleme uzmanı ve bilgisayar bilimcisi tarafından, bilim adamlarının hücresel süreçler de dahil olmak üzere pek çok ağ yapısını standart ve belirsizliğe yer vermeyen bir şekilde yansıtması için geliştirilmiştir. SBGN üç dilden oluşur: proses, varlık ilişki ve etkinlik akış. Bu araştırma, bu dilin proses diyagramları kolu üzerine yoğunlaşmaktadır. Otomatik yerleştirme, çizgelerle temsil edilen bilginin açıkça görselleştirilmesini sağlamakta yaygın şekilde kullanılır. Biyolojik yolakların içiçe yapılar (nükleoplazma vb.) içerdiğini göz önünde bulundurarak, bu yapıları destekleyen kuvvet-yönlendirilmiş bir otomatik yerleştirme metodu olan Compound Spring Embedder (CoSE) algoritmasını kullandık. Bu algoritma yapısını kullanarak, özelleştirilmiş bir SBGN-PD yerleştirme algoritması geliştirdik. SBGN-PD yerleştirme algoritması genel olarak; kompleks üyelerinin ve bağlantısı olmayan moleküllerin düzgünce döşenmesi, proses düğümlerinin substrat ve ürün bağlantılarının, ilgili proses düğümlerinin zıt taraflarına yerleştirilmesi ve bu işlemlerin algoritmanın kuvvet-yönlendirilmiş yapısını bozmadan yapılmasını içerir.
Özet (Çeviri)
Evolving technology has increased the focus on genomics. The combination of today's advanced studies with decades of molecular biology research yield in huge amount of pathway data. These models can be used to improve high-throughput data analysis by linking correlation to the causation, shedding light on many complex diseases. In order to prevent ambiguity and ensure regularity of the research, a need for using a standard notation has emerged. Systems Biology Graphical Notation (SBGN) is a visual language developed by a community of biochemists, modellers and computer scientists with the intention of enabling scientists to represent networks, including models of cellular processes, in a standard, unambiguous way. SBGN is formed of three languages: process, entity relationship and activity flow. This research is focused on its process diagram branch. Automated layout is commonly used to clearly visualize the information represented by graphs. Considering the fact that, biological pathways includes nested structures (e.g., nucleoplasms), we have made use of a force-directed automatic layout algorithm called Compound Spring Embedder (CoSE), which supports the compound graph structures. On top of this layout structure, we have developed a specialized layout algorithm called SBGN-PD layout. SBGN-PD layout enhancements mainly include properly tiling of complex members and disconnected molecules, placement of product and substrate edges on the opposite sides of a process node without disturbing the force-directed structure of the algorithm.
Benzer Tezler
- Methods and tools for visualisation and management of SBGN Process Description maps
SBGN proses diyagramlarının yönetimi ve gösterimi için geliştirilen metotlar ve araçlar
MECİT SARI
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ
- Grup teknolojisi imalat sistemleri tasarımı için bir metodoloji ve bu metodolojinin endüstride uygulanması
Başlık çevirisi yok
NEVİN AYDIN
Doktora
Türkçe
1998
Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. M. BÜLENT DURMUŞOĞLU
- Mekanik endüstride CAD/CAM sistemlerinin seçimi ve etkin kullanımı
Başlık çevirisi yok
METE YAKIN
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Mühendislik Bilimleriİstanbul Teknik Üniversitesiİşletme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. HALİL HALEFŞAN SÜMEN
- Zemin mühendisliğinde gerilme şekil değiştirme davranışının sonlu elemanlar yöntemiyle incelenmesi
Stress-strain analysis by finite element method in geotechnical engineering
ELİF YILMAZ