Molecular simulation of fibrinogen adsorption onto polyurethane surfaces
Poliüretan yüzeylere fibrinojen adsorpsiyonunun moleküler simülasyonu
- Tez No: 377161
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHMET GÖKTUĞ AHUNBAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, poliüretanların protein ile ilişkilerini incelemek için kristal polietilen glikol+hekzametilen diizosiyanat (PU1) ve amorf hint yağı+hekzametilen diizosiyanat (PU2) poliüretanları kullanılmıştır. Daha sonra C-terminus gama chain Fibrinogen (1FID) proteini polimerler üzerine altı farklı konumda yerleştirilmiştir. Simülasyonlarda suyun etkisini aktarabilmek için dielektrik kaysayısı 78'e sabitlenmiştir ayrıca PU1 polimer atomları hareketsiz ve PU2 polimer atomlari ise hareketli tutularak simülasyonlar gerçekleştirilmiştir. Her bir konum için enerji minimizasyonu yapılmıştır. Polimer-protein etkileşim enerjisinin en düşük olduğu konumlar seçilmiş ve sulu ortamda moleküler dinamik simülasyonlari gerçekleştirilmiştir. Ardından polimer yüzeyinden 3, 5 ve 7Å mesafede bulunan amino asitlerin yüzey ile teması sonucu ortaya çıkan etkileşim enerjileri incelenmiştir. Daha sonra, amino asit sayısına karşılık etkileşim enerjisi grafiklerinin eğimlerinden mutlak etkileşim enerjisi hesaplanmıştır. Ağırlık Merkezi Graflari zamana karşılık ve Ortalama Karekök Sapma Graflari proteinin polimer yüzeyinden mesafesi hesaplanmiştir ve ramaçandran diagramları MD simülasyonu yapılan konumlar için hazırlanmıştır. Ayrıca adsorpsiyon çalışmalarında amino asitlerin yüzeye olan ilgilerini gözlemlemek için ψ ve Φ bağ açılarındaki değişim incelenmiştir. Böylece yüzeylerin biyouyumluluğu konusunda nano ölçekte bilgi sahibi olunmuştur.
Özet (Çeviri)
In this work, we used poly (ethylene glycol) PU1 and castor oil copolymers of hexamethylene diisocyanate-based polyurethanes (PEG-HDI and CO-HDI, respectively) PU2 as biomaterials and we focused on the adsorption characteristics of polyurethanes, which constitute a very appealing class of polymers because of their high biocompatibility and excellent physical and mechanical properties. Then, we compared their mechanisms for fibrinogen adsorption using molecular mechanics and molecular dynamics simulations. These versatile polymers have been widely used in wound dressings as well as in cardiovascular and breast implants.
Benzer Tezler
- Deneysel ve modelleme yöntemleri ile poliüretan filmlerdeki pürüzlülük ve kristalinitenin fibrinojen adsorpsiyonu üzerindeki etkilerinin belirlenmesi
Determining the effects of roughness and crystallinity on fibrinogen adsorption on polyurethane films with experimental and modeling methods
GİZEM KELEŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞE ÖZGE KÜRKÇÜOĞLU LEVİTAS
- Nükleer rezonasta moleküler yapıların incelenmesi (yapısal faz geçiş kuramları üzerine bir inceleme)
Başlık çevirisi yok
ABDURRAHMAN ANDİÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Fizik ve Fizik MühendisliğiUludağ ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTAÇ YALÇINER
- 1,3-difenil-4,5-bis(hidroksiimino)-imidazolidin ve Ni(II), Cu(II), Pd(II), UO2(VI) komplekslerinin sentezi
Başlık çevirisi yok
VEFA AHSEN
Doktora
Türkçe
1984
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZER BEKAROĞLU
- Purification of bacteriorhodopsin from halobacterium halobium and reconstitution studies in liposomes
Başlık çevirisi yok
M.BAKER ZABUT
Yüksek Lisans
İngilizce
1987
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MERAL YÜCEL