Protein-peptid sistemlerinin moleküler dinamik simülasyonları ve serbest enerji hesapları: Nöromüsküler nikotinik asetilkolin reseptörüne α-konotoksin SI bağlanma mekanizması
Molecular dynamics simulations and free energy calculations of protein-peptide systems: binding mechanism of α-conotoxin SI to neuromuscular nicotinic acetylcholine receptor
- Tez No: 378508
- Danışmanlar: PROF. DR. TURGUT BAŞTUĞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Fizik ve Fizik Mühendisliği, Mühendislik Bilimleri, Biophysics, Physics and Physics Engineering, Engineering Sciences
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: Türkçe
- Üniversite: TOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikro ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 71
Özet
Günümüzde ağrı yitimi amaçlı olarak kullanılan moleküllerin başında morfin gelmektedir. Ancak, morfin, sürekli kullanımda bağımlılık yapabileceğinden, kullanımı da riskli olmaktadır. Hem kolay elde edilmesi, hem de ucuz olması nedeniyle henüz bir alternatifi sunulmamıştır. Ancak, morfine alternatif olarak umut vaad eden moleküller doğa tarafından sunulmaktadır. Özellikle, zehirli hayvanların salgıladığı felç edici toksinler, ağrı yitimi amaçlı kullanılabilecek peptidlerdir. Söz konusu peptidlerin çalışma mekanizmasının anlaşılması ve bir ilaca dönüstürülmesi deneysel olarak çok pahalı ve uzun bir süreç olsa da, günümüzde bilgisayar teknolojisinin hem donanımsal, hem algoritmik anlamda ulaştığı yer, bu tür çalışmaların yapılmasını mümkün kılmaktadır. Bu tez çalışmasında, morfine alternatif olarak kullanılma potansiyeli olan α-Konotoksin SI peptidinin, bir çok canlıda, nöromüsküler kavşakta bulunan ve kas kasılmasından sorumlu olan nöromüsküler Nikotinik Asetilkolin Reseptör proteiniyle etkileşimi incelendi. Söz konusu protein ve peptidin daha önceden deneysel olarak belirlenmiş 3 boyutlu yapılarından yola çıkarak, muhtemel bağlanma konfigürasyonları oluşturuldu ve dinamikleri incelendi.
Özet (Çeviri)
Recently, morphine is the most used molecule for analgesia. However, morphine can be hazardous when it is used regularly because of its addictive nature. It can be obtained easily and its production cost is low. Because of this fact there is no other alternative to morphine. However there molecules with white hope are provided by the nature. Specifically, the toxins produced by venomous animals, are peptides which are able to be used for analgesia. Although investigation of the mechanisms and transforming into a drug of such peptides cost high amounts of money and time by using experimental techniques, the computer technology provides an opportunity to carry out such studies, currently. In this study, the interaction between α-Conotoxin peptide, which is an alternative to morphine, and neuromuscular nicotinic acetylcholine receptor has been investigated. Most probable bound configurations for these protein and ligand and their bounded dynamics has been investigated.
Benzer Tezler
- Investigation of protonation state dependent conformational dynamics of the nucleotide binding domain of Hsp70 protein homolog Dnak via computational methods
Hsp70 protein homoloğu dnak'nin nükleotit bağlanma alaninin protonlanma haline bağli konformasyonel dinamiklerinin hesapsal yöntemlerle incelenmesi
UMUT ÇAĞAN UÇAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyofizikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BÜLENT BALTA
- A drug repurposing study to target bacterial ribosome decoding center with molecular docking and molecular dynamics simulations
Moleküler kenetleme ve moleküler dinamik simülasyonu ile bakteriyel ribozom şifre çözme merkezini hedefleyen ilaç yeniden konumlandırması
BERİL ATEŞ ULUTÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE ÖZGE KÜRKÇÜOĞLU LEVİTAS
- Bazı peptid ligandlarının moleküler dinamik simülasyon yöntemi ile incelenmesi.
Investigation of some peptide ligands by molecular dynamics simulation methods.
NESRİN KILIÇ
- Hiperinsülinemi etkisiyle posttranslasyonel modifikasyona uğrayan enzimlerin dinamiğinin incelenmesi ve inhibitör moleküllerin araştırılarak in vitro ortamda test edilmesi
Investigation of dynamics of enzymes which undergo hyperinsulinemia-mediated phosphorylation and discovery of inhibitor molecules that inactivates these enzymes
HANİFE PEKEL
Doktora
Türkçe
2022
Biyofizikİstanbul Medipol ÜniversitesiSinir Bilimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA GÜZEL
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZGE ŞENSOY
- Revealing the dynamic changes induced by various peptides on TCR-pMHC via molecular dynamics simulation techniques
TCR-pMHC'de çeşitli peptidlerin neden olduğu dinamik değişimlerin moleküler dinamik simülasyon teknikleri ile ortaya çıkarılması
ELİF NAZ BİNGÖL AKSOY
Doktora
İngilizce
2024
BiyofizikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. PEMRA ÖZBEK SARICA