Geri Dön

Monte Carlo simülasyon tekniği içeren tüm-atom temsilli protein modelleri için efektif paralel programlar ve algoritmalar geliştirilmesi

Developing effective parallel programs and algorithms for all-atom protein models containing Monte Carlo simulati̇on technique

PDF İndir

  1. Tez No: 379273
  2. Yazar: FERHAT AYAZ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. HÜSEYİN KAYA
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Gaziantep Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 80

Özet

Proteinlerin dinamiğinin daha iyi anlaşılmasını sağlamak için, atomlar arasındaki etkileşmelerin temel fiziksel ve kimyasal prensiplerini incelenmemizi sağlayacak yeni tüm-atom Monte Carlo protein modeli geliştirilmiştir. Protein spesifik Go modeli yaklaşımı ve Grand Central Dispatch kütüphanesi kullanılarak Monte Carlo programımız paralelleştirilmiştir. Kuyu potansiyeli ve Lennard-Jones etkileşim potansiyelini içeren modelimiz için elde edilen sonuçlar %30'a varan hız avantajının elde edildiğini göstermektedir. Simülasyondan elde edilen yolakların analizi; katlanma ve açılma geçişlerinin gerçek proteinlerde ki gibi termodinamiksel olarak kooperatif şekilde gerçekleştiğini göstermektedir. Bu tez çalışmasında geliştirilen protein modeli ve paralel program; proteinlerin uzun zaman ölçekli davranışların analizi, protein- protein etkileşmeleri, protein yapı tahminleri ve mutasyonlar altında protein kararlılığındaki değişimler hakkında araştırmalar yapılamasına büyük kolaylık sağlayacaktır.

Özet (Çeviri)

For better understanding the dynamics of proteins, it is aimed to propose new all-atom Monte Carlo protein models enabling us to investigate the fundamental physical and chemical principals of interactions among atoms. We have parallelized our Monte Carlo simulation program for protein specific Go model approach by using the Grand Central Dispatch library. The results indicate that using well potentials and Lennard-Jones potentials show up to 30% improvement in performace to its serial counterpart. The analyzes of the pathways produced by our simulation illustrates that thermodynamically folding and unfolding transitions are in good agreement with the real proteins. The protein model and the parallelized program developed in this dissertation will help us to understand the long time-scale behaviour of proteins, protein-protein interactions, protein structure predictions, as well as the change in stability of protein mutations.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    682991

    Understanding of polarization and spin correlation of top quark pairs for precision measurements and new physics searches

    Hassaslık ölçümleri ve yeni fizik araştırmaları için üst kuark çiftlerinin polarizasyonu ve spin korelasyonunun anlaşılması

    ORÇUN KOLAY

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Fizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUAMMER ALTAN ÇAKIR

  2. Tez No

    354793

    Çok kategorili puanlanan maddelerde madde işlev farklılığının mantel test ve olabilirlik oran testi ile karşılaştırılması

    Comparision of mantel test and likelihood ratio test for detection of differential item functioning in polytomous item responses

    SAFİYE BİLİCAN DEMİR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Eğitim ve ÖğretimAnkara Üniversitesi

    Ölçme ve Değerlendirme Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. RAHİME NÜKHET DEMİRTAŞLI

  3. Tez No

    763102

    Synthesis of green calcium sulfoaluminate cements using an industrial symbiosis approach

    Endüstriyel simbiyoz yaklaşimi ile yeşil kalsiyum sülfoaluminat çimentolarinin sentezi

    MELTEM TANGÜLER BAYRAMTAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    İnşaat MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İSMAİL ÖZGÜR YAMAN

  4. Tez No

    809561

    QoS-based resource management and optimization in CR-based NOMA networks

    CR tabanlı NOMA ağlarında QoS tabanlı kaynak yönetimi ve optimizasyonu

    ÖMER FARUK AKYOL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Elektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SEMİHA TEDİK BAŞARAN

  5. Tez No

    746232

    Physical layer security performance of satellite networks

    Uydu ağlarının fiziksel katman güvenlık başarımı

    OLFA BEN YAHIA

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Elektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    Prof. Dr. GÜNEŞ ZEYNEP KARABULUT KURT

    Assoc. Prof. Dr. EYLEM ERDOĞAN

Geri Dön