Genome scaffolding using pooled clone sequencing
Havuzlanmış klon dizileme ile genom iskeleleme
- Tez No: 379583
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. CAN ALKAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 67
Özet
DNA dizileme teknolojileri genomların insan hayatını nasıl etkilediği, organizma evrimini ve aynı türler arasındaki genetik ilişki bilgilerini oluşturarak bilim adamlarını yönlendirecek büyük umutlar vaat ediyor. Günümüzde genom dizileme verilerini elde etmek eski teknolojilere göre daha hızlı ve ucuz olmasına rağmen henüz dizileme hataları aşılamamıştır. Bu verilerin birleştirilerek yüksek kalitede bitmiş genom dizilimi elde etmek zorlu bir süreçtir. Günümüzde bir ̧cok genom birleştirme algoritmaları mevcuttur fakat performans ve cıktıları açısından farklıdırlar. Daha da önemlisi, birleştirilmiş genom dizilimlerinin kalitesini de ̆gerlendirmek büyük ölçüde belirsizdir. Bu tezde, aynı insan genomundan oluşturulmuş iki farklı tipteki verileri kullanarak bir takım genom iskeleme algoritmalarının hassasiyetini inceledik: (i) genom saçma dizileme (WGS), (ii) havuzlanmış klon dizileme (PCS). Eğer PCS verisi kullanılırsa WGS verisine göre toplam birleştirme uzunluğu daha fazla ve daha az iskele sayısı elde etmenin mümkün olduğunu gözlemledik. Fakat ̧su anki iskeleme algoritmaları sadece WGS için geliştirilmiştir ve PCS ile iskeleme algoritmaları hala çözülmemiş bir problemdir.
Özet (Çeviri)
The DNA sequencing technologies hold great promise in generating information that will guide scientists to learn more about how the genome affects human health, organismal evolution, and genetic relationships between individuals of the same species. The process of generating raw genome sequence data becomes cheaper, faster, but more error prone. Assembly of such data into high-quality, finished genome sequences remains challenging. Many genome assembly tools are available, but they differ in terms of their performance, and in their final output. More importantly, it remains largely unclear how to best assess the quality of assembled genome sequences. In this thesis, we evaluated the accuracies of several genome scaffolding algo- rithms using two different types of data generated from the genome of the same human individual: i) whole genome shotgun sequencing (WGS), and ii) pooled clone sequencing (PCS). We observed that, it is possible to obtain less number of scaffolds with longer total assemble length if PCS data is used, compared to using only WGS data. However, the current scaffolding algorithms are developed only for WGS, and PCS-aware scaffolding algorithms remain an open problem.
Benzer Tezler
- Palamut (Sarda sarda) tüm genomunun yüksek verimli dizilime ile de novo analizi
De novo assembly of Atlantic bonito (Sarda sarda) whole genome using high-throughput sequencing
AYÇA YEŞİLBAĞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMRE KESKİN
- Anadolu Yaban ve Ankara Keçilerinde tüm genom dizilenmesi ve biyoinformatik analizler
Whole genome sequencing and bioinformatic analysis of Anotalian Wild and Angora Goats
SAFFET TEBER
Doktora
Türkçe
2024
BiyoteknolojiErciyes ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OSMAN İBİŞ
- Characterization of genomics data of Vuralia turcica and studying the effects of the knockout candidate gene, SĞL16, on the carpellary structure of Arabidopsis thaliana
Vuralia turcica bitkisinin genomik sekanslama verilerinin karakterize edilmesi ve inaktif bir aday genin, SPL16, Arabidopsis thaliana bitkisinin karpel yapısı üzerindeki etkileri
SEZGİN MENGİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyolojiSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SELİM ÇETİNER
DR. NİHAL OZTOLAN EROL
- Integration of interactome and transcriptome data to reveal glucose repression pathway in Saccharomyces cerevisiae
Saccharomyces cerevisiae'de glikoz baskilanma yolağini açiğa çikarmak için etkileşim ve anlatim verisinin bütünleştirilmesi
DİCLE HASDEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
BiyomühendislikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. BETÜL KIRDAR
PROF. ZEYNEP İLSEN ÖNSAN
- İzole konkomitan şaşılıkta genetik analiz
Genome wide analysis for concomittant strabismus
SAİM ÜSTÜNEL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2009
Göz HastalıklarıHacettepe ÜniversitesiGöz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ ŞEFİK SANAÇ
PROF. DR. EMİN CUMHUR ŞENER
PROF. DR. NURTEN AKARSU