Palamut (Sarda sarda) tüm genomunun yüksek verimli dizilime ile de novo analizi
De novo assembly of Atlantic bonito (Sarda sarda) whole genome using high-throughput sequencing
- Tez No: 967343
- Danışmanlar: PROF. DR. EMRE KESKİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 84
Özet
Bu çalışmada, Akdeniz ve Atlantik'te yayılım gösteren Sarda sarda türüne ait ilk kısa okuma temelli genom birleştirme ve anotasyon denemesi gerçekleştirilmiştir. Araştırma, türün henüz referans genomu bulunmaması ve genomik bilgilerinin sınırlı olması nedeniyle, tür düzeyinde genetik kaynak oluşturmayı amaçlamıştır. Illumina platformu ile elde edilen 150 baz çifti iki yönlü dizileme verileri, kalite kontrol, genom büyüklüğü tahmini, de novo birleştirme ve referans tabanlı parça düzenleme adımlarından geçirilmiştir. Anotasyon aşamasında, referans aktarımı ve ab initio tahmin yöntemleri birlikte kullanılmış; sonuçlar evrimsel korunum, yapısal uyum ve işlevsel protein bölgeleri açısından çok katmanlı olarak değerlendirilmiştir. Elde edilen veriler, türün genetik yapısına dair ilk temel bilgileri sunmakla birlikte, kısa okuma teknolojisinin bazı sınırlamaları nedeniyle genomun tüm işlevsel çeşitliliğini yansıtmamaktadır. Bu çalışma, Sarda sarda için oluşturulan ilk genom taslağı olması bakımından literatüre katkı sunmuştur. Ayrıca benzer genomik verisi sınırlı türler için temel bir biyoinformatik çerçeve önererek, gelecekte yapılacak genomik analizlerin planlanmasına yönelik referans niteliğinde bir kaynak oluşturmuştur.
Özet (Çeviri)
This study presents the first short-read-based genome assembly and annotation attempt for Sarda sarda, a species distributed in the Mediterranean and Atlantic. Due to the absence of a reference genome and limited genomic information for this species, the research aimed to produce species-specific genomic data. Paired-end 150 bp sequencing reads obtained from the Illumina platform were processed through quality control, genome size estimation, de novo assembly, and reference-guided scaffolding steps. The annotation phase combined reference-based transfer and ab initio gene prediction approaches. Resulting gene models were evaluated through multiple layers, including evolutionary conservation, structural consistency, and functional domain prediction. Although the data provided initial insights into the genomic structure of Sarda sarda, the limitations of short-read sequencing prevented full representation of functional diversity. This work contributes to the literature by offering the first draft genome for Sarda sarda. It also provides a foundational bioinformatic framework applicable to other non-model species, serving as a reference for future genomic analyses and biodiversity studies.
Benzer Tezler
- Türkiye sularında palamut (Sarda sarda bloch,1793) balığının avcılığı ve bazı biyolojik parametreler üzerine araştırmalar
The Fishing technology of the bonito (Sarda sarda bloch,1793)in the Turkish waters and research work on some biological parameters
AYSUN FIRAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2001
Su Ürünleriİstanbul ÜniversitesiSu Ürünleri Avlama Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. IŞIK K. ORAY
- Farklı depolama sıcaklığı ve depolama süresinin bazı balık filetolarının fiziksel ve kimyasal kompozisyonlarına etkisi
The Effects of different storage temperatures and the storage time on chemical and physical composition in some fish fillets
İLKNUR MERİÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2003
Su ÜrünleriAnkara ÜniversitesiSu Ürünleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FİKRİ AYDIN
PROF. DR. NURAY KOLSARICI
- Çanakkale ilindeki balık tüketiminin belirlenmesi
Determination of fish consumption in Çanakkale
FAHRİ SAKA
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Su ÜrünleriÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiSu Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSA BULUT
- Kuzeydoğu Akdeniz ve Doğu Akdeniz'deki bazı balıkların kurşun ve kadmiyum yüklerinin voltametrik metotla belirlenmesi
Determination of lead and cadmium burden in some Northeast Atlantic and Eastern Mediterranean fish by means of voltammetric method
UFUK ÇELİK
Doktora
Türkçe
2003
Su ÜrünleriEge ÜniversitesiSu Ürünleri Avlama ve İşleme Teknolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞÜKRAN ÇAKLI
PROF. DR. JÖRG OEHLENSCHLAGER
- İyonize radyasyon işlemi uygulanarak dondurulan palamut balığının (Sarda sarda Bloch, 1793) saklama süresinin araştırılması
The investigation of storage period of bonito (Sarda sarda Bloch, 1793) frozen and irradiated
CAN OKAN ALTAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Su ÜrünleriSinop ÜniversitesiSu Ürünleri Avlama ve İşleme Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜLYA TURAN