Characterization of genomics data of Vuralia turcica and studying the effects of the knockout candidate gene, SĞL16, on the carpellary structure of Arabidopsis thaliana
Vuralia turcica bitkisinin genomik sekanslama verilerinin karakterize edilmesi ve inaktif bir aday genin, SPL16, Arabidopsis thaliana bitkisinin karpel yapısı üzerindeki etkileri
- Tez No: 692439
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET SELİM ÇETİNER, DR. NİHAL OZTOLAN EROL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Botanik, Biology, Biotechnology, Botany
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 123
Özet
Vuralia turcica çok yıllık, otsu ve endemik bir bitkidir. Bu bitki İç Anadolu Bölgesi'nde bulunan Akşehir ve Eber Gölleri etrafında yetişir. Baklagil ailesinden olan bu bitki spesifik olarak bu ailenin Papilionoidae alt ailesinin bir üyesidir. V.turcica bitkisi çok karpelli yapısı ile bilinir ancak bu yapı baklagiller ailesinde çok nadir gözlemlenen bir özelliktir. Bu tezde ise tüm genom dizilemesi 10X Genomics şirketinin Chromium kütüphanesi kullanılarak klasik Illumina platformu ile sekanslanmıştır. Ardından sekanslanan parçalar ABYSS v2.0 programı kullanılarak birleştirilmeye çalışılmıştır. ABYSS v2.0 programı farklı 'k' değerleri ile çalıştırılmış olup, k=100 ile çalıştırılan ABYSS v2.0 en iyi değerleri vermiştir. Bu değerlere göre N50= 5592 baz çiftine, N80=1566 baz çiftine ve 500 baz çiftinden büyük olan omurga oluşturma (scaffolding) sayısı 231424'e eşittir. Ayrıca ABYSS v2.0 programı çalıştırılarak yapılan de novo genom birleştirmesine göre V.turcica bitkisinin genom büyüklüğü yaklaşık 555 Mbp olarak tahmin edilmiştir. Daha sonra BUSCO programı kullanılarak yapılan analize göre, ABYSS v2.0 programı kullanılarak birleştirilmiş V.turcica bitkisinin genomu literatürde bilinen genlerin yüzde 80'ini içermektedir. Daha sonra bu tahmin edilen genom boyutu DNA-C-değeri hesaplanarak da doğrulanmaya çalışılmıştır. Bu DNA-C-değeri hesaplamalarına göre, tek kopya iki referans gen kullanılarak V.turcica bitkisinin genom boyutu 960 Mb ile 1.04 Gb arasında tahmin edilmiştir. Ayrıca, OrthoFinder programı kullanılarak evrim ağacı çizilmiştir ve bu evrim ağacına göre V.turcica bitkisinin genetik olarak Lupinus angustifolius bitkisine çok yakın olduğu gösterilmiştir. Daha sonra, OrthoFinder programı kullanılarak V.turcica bitkisine özgü ve çoklu karpelli yapıda rol oynayabilecek aday gen listesi oluşturulmuştur. Böylece bu aday genler ileriki çalışmalarda gen editleme metodları kullanılarak test edilebilecektir. Son olarak, inaktif olduğu düşünülen spl16 aday geninin A. thaliana bitkisinde gövde ve çiçek oluşumunu etkiliyebileceği T1 neslinde gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
Vuralia turcica is a perennial, herbaceous, and endemic species found near Eber and Akşehir lakes in Central Anatolia. It is a member of the Fabaceae family and Papilionoidae sub-family. V. turcica is noted for its polycarpellary gynoecium, a feature that is rarely observed in the Fabaceae family. In this study, whole-genome sequencing was conducted using 10x Genomics 'Chromium' Libraries, sequenced on the Illumina platform, and the assembly was done using ABYSS v2.0 software. After running ABYSS v2.0 with different k values, k= 100 value gave the best N50 (=5592 base pairs), N80 (=1566 base pairs), and number of scaffolds more than 500 bp (=231424) compared to other k values. Therefore, the genome size of V. turcica was predicted to be about 555 Mbp based on the ABYSS v2.0 de novo genome assembly and this assembled genome of V. turcica includes 80% of completed genes according to the BUSCO analysis. Then, according to the DNA-C- value calculations, the genome size of V. turcica was predicted between 960Mb- 1.04Gb based on two single-copy reference genes. Meanwhile, the phylogenetic tree was made using Orthofinder and indicated that, V. turcica is genetically close to Lupinus angustifolius. Orthofinder analysis also filtered possible species-specific genes in V. turcica that might affect its polycarpellary structure. Therefore, the function of these V. turcica specific candidate genes will be tested in the future through gene editing methods. Lastly, the knockout candidate gene, spl16, might have a role in the shoot formation of A. thaliana in the T1 generation.
Benzer Tezler
- Developing new approaches for multi-platform and multi-individual genomic sequence assembly
Çoklu platform ve çoklu bireyden elde edilen veriler ile yeni genom birleştirme yaklaşımları geliştirme
PINAR KAVAK
Doktora
İngilizce
2017
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBoğaziçi ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUNGA GÜNGÖR
YRD. DOÇ. DR. CAN ALKAN
- Mikrodalga uygulanan MIR604 ve MON810 mısır unlarının omik yaklaşım ile karakterizasyonu
Characterization of microwave-treated MIR604 and MON810 maize flours with omics approach
BEGÜM ZEYNEP HANÇERLİOĞULLARI
Doktora
Türkçe
2024
Gıda MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. REMZİYE YILMAZ
- Computational prediction of disordered regions in proteins
Proteindeki düzensiz bölgelerin hesapsal tahmini
İREM ERSÖZ KAYA
Doktora
İngilizce
2008
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolÇukurova ÜniversitesiElektrik ve Elektronik Mühendisliği Bölümü
YRD. DOÇ. DR. TURGAY İBRİKÇİ
- Computational genomic signatures and metagenomics
Başlık çevirisi yok
ÖZKAN UFUK NALBANTOĞLU
Doktora
İngilizce
2011
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiUniversity of Nebraska-LincolnPROF. KHALID SAYOOD
- İnsan, koyun ve sığır kistik ekinokokozis izolatlarının nad-1 gen bölgesinin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of the NAD1 gene region of human, sheep and cattle cystic echinococcosis isolates
GALİP SARISU
Doktora
Türkçe
2017
Moleküler TıpYüzüncü Yıl ÜniversitesiParazitoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP TAŞ CENGİZ
YRD. DOÇ. DR. YUNUS EMRE BEYHAN