Clustering protein interfaces and their analysis
Protein arayüzlerinin kümelenmesi ve bunların analizi
- Tez No: 379850
- Danışmanlar: PROF. DR. ÖZLEM KESKİN, PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoistatistik, Biostatistics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 97
Özet
Deneysel tekniklerdeki ilerlemeler protein-protein etkileşimleri ve arayüzdeki yapısal bölgeleriyle ilgili yapı verilerini sağlamıştır. Proteinler ve zincirler arasındaki yapısal bölge etkileşimlerini sınıflandırmak, protein-protein etkileşimlerini modelleme ve dizayn prensiplerini özetlemede kıymetli anlayış sağlayabilir. Bu tez ana olarak protein-protein etkileşimlerini arayüz yapılarını kullanarak sınıflandırma, sınıflandırılan kümeleri kullanarak farklı protein bağlanma yerlerini tespit ve analiz etme, ve yapısal bölge birleşmelerini incelemek üzerine odaklanmıştır. PDB'de 22604 adet eşsiz arayüz yapısı bulunmuş ve bu eşsiz yapılar kullanılarak çoklu bağlanma bölgesi bulunan protein çiftleri bulunmuştur. Aynı monomer veya tamamlayıcı monomer üzerindeki yapısal bölge birleşmeleri PFAM yapısal bölge sınıflandırmasına göre ilk defa analiz edilmiştir. Yapısal bölge birleşmeleri bir ağ oluşturularak temsil edilmiştir. PFAM bölge sınıflandırma analizine ek olarak, protein arayüzlerinde en çok kullanılan ve en çok farklı eşsiz yapılara sahip olan SCOP yapısal bölge türlerini herbir sınıflandırma seviyesinde bulmak için, kıvrım, aile ve süperaile SCOP yapısal bölgeleri eşsiz protein arayüz yapılarıyla eşleştirilmiştir. Bu geniş kapsamlı protein arayüz yapıları ve arayüz yapısal bölge birleşmeleri calışması bu konuda çalışan topluluk için kaynak niteliğindedir.
Özet (Çeviri)
Improvements in experimental techniques increasingly provide structural data relating to protein-protein interactions and across-interface interacting domains. Classification of structural details of protein-protein and inter-chain domain-domain interactions can provide valuable insights for modeling and abstracting design principles of protein-protein interactions. This dissertation mainly focuses on clustering protein-protein interactions by their interface structures, exploiting these clusters to obtain and analyze shared and distinct protein binding sites, and dissecting the domaindomain combinations in protein interface structures. 22604 unique interface structures in the PDB are found and these unique interface structures are used to find protein pairs which have multiple binding sites to interact with each other. For the first time, domain combinations in the interfaces both on the same and on the complementary monomer are analyzed, based on PFAM domains classification. The domain combinations are represented by constructing a network. In addition to PFAM domain analysis, fold, family and superfamily classification of SCOP are mapped to unique protein interface structures in order to find the SCOP domains in each classification level which are the mostly frequent ones used in protein interfaces and have the most different unique interface structures. This comprehensive study of protein interface structures and interface domain combinations can serve as a resource for the community.
Benzer Tezler
- Understanding the relation of cancer and inflammation by constructing structural toll-like receptor pathway
Toll-benzeri reseptörlerin yapısal yolaklarını oluşturarak kanser ile enflamasyon arasındaki ilişkiyi anlamak
EMİNE GÜVEN MAIOROV
Doktora
İngilizce
2015
BiyolojiKoç ÜniversitesiKimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY
- Turning the spotlight on a long-overlooked pathway: molecular dynamics investigation of ras family members with RalGDS
Başlık çevirisi yok
KAYRA KÖSOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyofizikKoç ÜniversitesiMoleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
- Predicting novel small inhibitors of SARS-CoV-2: Targeting SARS-CoV-2 spike protein, human ACE2 protein and SARS-CoV-2 NsP16 via molecular docking
SARS-CoV-2 için yeni küçük inhibitör moleküllerin tahmini: Moleküler yanaştırma yöntemiyle SARS-CoV-2 spike proteini, insan ACE2 proteini ve SARS-CoV-2 NsP16 hedeflenmesi
ONUR ÖZER
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MERT GÜR
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEFER BADAY
- Modeling dynein dynamics and its interactions with microtubules and microtubule-associated proteins using molecular dynamics simulations
Moleküler dinamik simülasyonları kullanarak dinein dinamiğinin ve mikrotübüller ve mikrotübül ilişkili proteinlerle etkileşimlerinin modellenmesi
MERT GÖLCÜK
Doktora
İngilizce
2024
Biyofizikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MERT GÜR
- HotRegion v2.0: A new method to predict hot regions in protein-protein interfaces
HotRegion v2.0: Protein-protein etkileşim arayüzlerindeki sıcak bölgeleri tahmin etmek için yeni bir yöntem
DAMLA ÖVEK
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
BiyolojiKoç ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY
PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA