Investigation of structural properties of methylated human promoter regions in terms of DNA helical rise
Metilasyon gösteren insan promotör bölgelerinin yapısının DNA heliksel yüksekliği açısından incelenmesi
- Tez No: 379869
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Enformatik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
DNA'nın çift sarmal yapısının, genom boyunca homojen olduğu kabul edilmekteydi. Ancak, pek çok çalışmada, DNA'nın fiziksel yapısında, burkulmalar, eğilmeler, kaymalar ve açılmalar gibi lokal sarmal parametrelere ve komşu baz çiftleri arasındaki açılara dayalı değişiklikler olduğu gösterilmiştir. Bu durum, DNA'nın biyolojik fonksiyonlarını nasıl yerine getirdiğini açıklayacak daha iyi bir model sunarken, DNA'nın bilinen fiziksel ve kimyasal özelliklerini de sağlar. Pek çok çalışmada, bazı kanser türlerinde insan promotörlerinin metilasyon durumlarıyla gen ekspresyonu profilleri arasındaki ilişki gösterilmiş olmasına karşın metillenmiş promotörlerin yapısal özelliklerini inceleyen çalışmalara sık rastlanmamaktadır. Bu çalışmada bizim amacımız, insan promotörlerinin, metilasyon durumlarına ve gen ekspresyon profillerine göre sekansa bağlı DNA heliksel açıklığı açısından yapısal farklılıklarını incelemektir. Elde edilen yapısal farklılıkların, genom boyunca insan promotörlerinin metilasyon durumlarını öngören klinik açıdan önemli biyo-belirteçler elde edilmesini sağlayacak diğer çalışmalarda kullanılma potansiyeli vardır.
Özet (Çeviri)
The infamous double helix structure of DNA was assumed to be a rigid, uniformly observed structure throughout the genomic DNA. However, the differences in physical structure of DNA in terms of local helical parameters such as twist, tilt, roll, rise and angles between adjacent base pairs in B-DNA molecule have been shown in many studies. This observed flexibility satisfies the known physical and chemical properties of DNA while providing a better model to explain how DNA fulfills its biological functions. While the relation between human promoters' methylation status and gene expression profiles in certain cancer types has been established in various studies, the structural properties of methylated promoters were rarely investigated. In this study our goal is to investigate the structural differences between human promoters due to methylation status and gene expression profiles in terms of sequence dependent DNA helical rise. The resulting structural differences have the potential to facilitate further studies to predict the methylation status of human promoters across the whole genome for the investigation of clinically relevant biomarkers in cancer.
Benzer Tezler
- Experimental and computational investigation of clustering behavior of cyclodextrin-perfluorocarbon inclusion complexes through molecular dynamics simulations
Siklodekstrin-perflorokarbon konuk-konak komplekslerinin kümelenme davranışının deneysel ve moleküler dinamik simülasyonları ile incelenmesi
BETÜL KAYMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Biyomühendislikİstanbul Medipol ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YASEMİN YÜKSEL DURMAZ
- Bazı Bacillus izolatlarının poligalakturonaz üretimlerinin araştırılması
Investigation of polygalacturonase enzyme production by Bacillus strains isolated from various sources
KUDRET BULUT
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Gıda MühendisliğiSakarya ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE AVCI
- Kalsitonun nazal emilimi üzerine absorbsiyon artırıcıların incelenmesi
The Investigation of the effect of the absorption enhancers on nasal absorption of calcitonin
GÜLAY YETKİN
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Eczacılık ve FarmakolojiGazi ÜniversitesiFarmasötik Teknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN ÇELEBİ
- Polimerik fotobaşlatıcıların sentezi ve fotofiziksel ve fotokimyasal özelliklerinin incelenmesi
Synthesis and investigation of photochemical and photophysical properties of polymeric photoinitiator
İSMAİL GÖKHAN TEMEL
- Theoretical investigation of H2 generation systems: From homogenous to heterogeneous photo-catalysis
Başlık çevirisi yok
YELİZ GÜRDAL DURĞUN