Design of a sequence based miRNA clustering method; analysis of fungal milrnas and host organism target genes
Sekansa dayalı bir mirna kümeleme yöntemi tasarımı; bitki mantar miRNAları analizleri ve konaktaki hedef genleri
- Tez No: 379868
- Danışmanlar: PROF. DR. MAHİNUR S AKKAYA, DOÇ. DR. HASAN OĞUL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoloji, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Enformatik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 112
Özet
Mikro RNA'lar (miRNA) bir hücrenin transkripsiyon makinesini kontrol eden küçük kodlanmamış RNA molekülleridir. miRNA'lar 20-22 nükleotit uzunluğunda RNA'lar olup hedeflendikleri mRNA'ları susturarak kontrol ederler. miRNA dizilerinin ve işlevlerinin benzerliği gözlemlenmiştir. Bunlardan bazıları da aynı anda sentezlenerek aynı fonksiyonel olaylarda rol alırlar. Son yillarda yapılan miRNA gruplama analizlerinde bunların sadece ifade paternleri kullanılmaktadır. Bu tür analizler miRNA dizileri arasında işlevlerinin saptanması hala araştırmaların odak noktasıdır. Bununla beraber, bazı işlevsel miRNA grupları arasında önemli sekans benzerlikleri ve hatta miRNA dizileri, hedef mRNA RISC (RNA-indüklenmiş susturma kompleksi) bağlanma bölgelerinin algılamasında oldukça önemli olduğu için, sekans benzerliğine bakılarak benzer mRNA bölgelerine hedeflenmiş yeni miRNA grupları bulunabilir. miRNA dizilim benzerliğinden bağımsız olarak dizilimin ölçütlenmesi ile miRNA sekansları arasında önemli benzerlikler bulunabilir. Bu yöntem ile olgun miRNA'lara ait dizilim ölçütleri uygun matrislere yerleştirilerek farklı kümeleme analizlerine tabi tutulabilir. Bu çalışmada işlevsel olarak anlamlı miRNA gruplarını bulmaya yönelik olarak sadece olgun miRNA sekanslarına dayalı olan geliştirdiğimiz yöntem sunulmaktadır. Bu amaçla, birbirinden farklı bazı makine öğrenimi algoritmaları değişik sekans gösterim şemalarıyla kullanılmıştır. Bununla birlikte, geliştirdiğimiz bu yöntem kullanilarak laboratuvarmızda deneysel olarak saptanmış iki bitkisel patojenin ve bir simbiyotik fungusun küçük RNA diziliminden elde edilen veriler analiz edilmiştir. Analizler yeni tanımlanan miRNA dizilerinin işlevsel benzerliklerine dair gruplar bulunmasini saglamistir. Ayrıca, aday mikro RNA'ların bitki genomundaki olası hedef genleri saptanmıştır.
Özet (Çeviri)
Micro RNAs (miRNA) are small non-coding RNA molecules regulating transcription machinery of a cell. They are 20-22 nucleotide RNAs and they involve in gene silencing events by targeting specific regions of mRNA complementing to the miRNA. miRNAs show similarity over species in function and sequence as well, and they polycistronically expressed to enrole in the same processes. In current applications, cluster analysis of micro RNA sequences are only investigated by projection on their expression patterns. Such researches are still in focus of many scientists to discover functional annotations of miRNAs. However, as an important sequence similarity is detected in some of the functional groups of miRNAs and the sequence of miRNA is highly important in recognition of the target mRNA sequences in the RISC (RNA-induced silencing complex) binding regions, the new miRNA clusters targeting the same kind of mRNA sequences can be found by sequence similarity information. By representing the miRNA sequence as a mathematical number, it is possible to find significant similarities between miRNA sequences. In this perspective, a variety of clustering methods can be applied onto the informative matrix constructed by metrics of mature miRNA sequences. Here, we present a study that considers only mature miRNAs to obtain functionally relevant miRNA clusters. To this end, various machine learning methods are employed with different sequence representation schemes. Moreover, the data obtained by sequencing small RNAs fungal pathogens of plants were analyzed by the tool generated in this thesis to functionally annotate novel miRNA sequences for further studies. Furthermore, small RNAs predicted by sequencing analysis, and some predicted fungal candidate targeting host plant messages studied as well
Benzer Tezler
- İki farklı gene (VEGF-A ve VEGFR-2) özgü shRNA içeren vektör tasarımı ve bunun meme kanserinde gen susturma etkinliğinin araştırılması
The investigation of gene silencing efficiency in breast cancer and vector design containing shRNA specific to two different genes (VEGF-A and VEGFR-2)
EMİNE ŞALVA
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Tıbbi Biyolojiİnönü ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ELİF YEŞİLADA
- Alt sekans profil haritaları kullanılarak protein katlanması tanıma
Protein fold recognition using subsequence profile maps
RUŞEN HALEPMOLLASI
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÖMER SİNAN SARAÇ
- Synthetic regulatory sequence designs for mRNA vaccines
mRNA aşıları için sentetik düzenleyici dizin tasarımları
AHMET HINÇER
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Biyomühendislikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. URARTU ÖZGÜR ŞAFAK ŞEKER
- Detection of precursor and mature miRNAs by employing deep learning methods: DeepMirFinder
Derin öğrenme yöntemleri kullanılarak öncü ve olgun miRNA'ların tespiti: DeepMirFinder
SEYEDEHSADAF ASFA
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ATHANASIA PAVLOPOULOU
- Analysis of mefv variations, expression and pyrin levels in familial mediterranean fever disease
Ailevi akdeniz ateşi hastalığında mefv varyasyonlarının, ekspresyonunun ve pirin seviyesinin analizi
NESLİHAN SEVİNÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI