Chılo ırıdescent virüs'e ait yapısal proteinler arasındaki moleküler etkileşimler
Molecular interactions between structural proteins of chilo iridescent virus
- Tez No: 380420
- Danışmanlar: PROF. DR. ZİHNİ DEMİRBAĞ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 90
Özet
Iridoviridae familyasına mensup virüsler ekolojik ve ekonomik öneme sahip olan balıklar, iki yaşamlılar, sürüngenler ve omurgasızlar (özellikle böcekler) üzerinde geniş konak spektrumuna sahiptir. Virüs yapısal proteinleri arasındaki etkileşimlerin bilinmesi, viral enfeksiyonun başlaması, yeni virüslerin oluşması ve hücreden salınma mekanizmalarının anlaşılması bakımından büyük önem arz eder. Bu çalışmada, Chilo iridescent virüs'e ait 47 yapısal protein arasında olması muhtemel 2209 etkileşim, maya-iki-hibrit sistemi kullanılarak araştırıldı. Yapısal genler av ve yem vektörlere ayrı ayrı klonlandı. Öncelikle yem vektörler Saccharomyces cerevisiae AH109 suşuna transform edildi. Yem vektörlerdeki genlerin maya hücrelerinde ifadeleri Western blot hibridizasyon analizi ile doğrulandı. Genlerin ifadelerinin belirlendiği maya hücrelerine av vektörler transform edildi. YEM ve AV proteinler arasındaki etkileşimleri tespit etmek için yem ve av vektörlerini birlikte taşıyan maya hücreleri seçici SD (minimal synthetic defined) besiyerine inoküle edildi. Seçici besiyerinde büyüyen koloniler ilgili proteinler arasında pozitif etkileşim olduğunu göstermekterir. 47 yapısal protein arasında 163 etkileşim olduğu belirlendi. Tespit edilen etkileşimlerin interaktom şeması cytoscape programı kullanılarak çizildi. Elde edilen bilgiler virüs enfeksiyonunun başlaması, virüsün inşası ve hücrelerden salınmasına yönelik mekanizmaların anlaşılmasına önemli katkılar sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
Iridoviruses have a wide host range including fish, amphibians, reptiles and invertebrates (especially insects), which have ecological and economic significance. Determining the interactions between structural viral proteins is important for the understanding of virus maturation, infection and release mechanisms. In this study, 2209 possible interactions between 47 structural proteins of Chilo iridescent virus have been investigated by yeast-two-hybrid system. The structural genes have cloned in both bait and prey vectors. Bait vector was introduced into Saccharomyces cerevisiae AH109. Expression of the bait genes was confirmed by western blot hybridisation analysis. After confirmation, prey vectors were transformed into yeast cells, which carry the bait vectors. Yeast cells contain bait and prey vectors were grown on a selective medium (minimal synthetic defined) to determine the protein-protein interactions between BAIT and PREY proteins. The colonies grown on this medium indicate positive interactions between respective proteins. 163 interactions were determined among 47 structural proteins. The interactom scheme has drawn by using cytoscape program. The results of this study will provide useful information for the understanding of infection, assembly and egress mechanisms of the virus.
Benzer Tezler
- Chılo ırıdescent vırus'e ait 337l ve 295l genlerinin ifadesi ve proteinlerinin birbirleriyle etkileşimleri
Protein interaction and expression of 337l orf and 295l orf belongs to chilo iridescent virus
ERAY KÜÇÜK
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İSMAİL DEMİR
- Chilo iridescent virüs'e ait ekzonükleaz geninin (012l) moleküler ve fonksiyonel analizi
Molecular and functional analyis of chilo iridescent virus exonuclease gene (012l
YEŞİM AKTÜRK DİZMAN
Doktora
Türkçe
2014
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. REMZİYE NALÇACIOĞLU
- Chılo ırıdescent virüs (cıv)'e ait matriks metalloproteinaz genlerinin (136r & 165r) bakülovirüs vektör sisteminde ifadesi ve ürünlerinin aktivite tayini
Expression of chilo iridescent virus (civ) matrix metalloproteinase genes (136r & 165r) in baculovirus expression vector system and determination of the activities of the products
AYDIN YEŞİLYURT
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. REMZİYE NALÇACIOĞLU
- Rekombinant böcek iridovirüsünün oluşturulması ve karakterizasyonu
Construction and characterization of a recombinant insect iridovirus
ARZU ÖZGEN
Doktora
Türkçe
2015
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. REMZİYE NALÇACIOĞLU
- Chilo iridescent virüs 458R açık okuma zincirinin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of chilo iridescent virus 458R open reading frame
ÇAĞLA AKSU
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZİHNİ DEMİRBAĞ