Identification of variations in some Crocus L. taxa from Bolu by analyses of rDNA its and cpDNA trnL-f regions sequences
Bolu'da bulunan bazı Crocus L. ( çiğdem) taksonlarının rDNA ıts ve cpDNA trnL-f bölgelerinin dizi analizleriyle çeşitliliğinin tanımlanması
- Tez No: 382921
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET TEKİN BABAÇ, DOÇ. DR. EMEL USLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Botanik, Genetik, Biology, Botany, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Abant İzzet Baysal Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 115
Özet
Bu ön çalışmada Bolu ilinden örneklenen Crocus abantensis T. Baytop & B. Mathew, C. ancyrensis (Herb.) Maw, C. biflorus Mill. subsp. pulchricolor (Herb.) B. Mathew, C. olivieri J. Gay subsp. olivieri, C. speciosus M. Bieb. subsp. speciosus ve C. x paulineae Pasche & Kerndorff taksonlarının rDNA'nın ITS ve cpDNA'nın trnL-F bölgelerinin baz sekansları kullanılarak taksonomik sınırları belirlenmiştir. C. x paulineae melez taksonunun genetik durumu incelenerek moleküler veriler göre ebeveynleri belirlenmiştir. Çalışma bölgesinde C. abantensis ve C. olivieri subsp. olivieri arasındaki bazı olası melezlerin varlığı da moleküler verilere dayanarak araştırılmıştır. Ek olarak bu çalışma Türkiye'deki Crocus taksonlarının üzerinde yapılacak bir filocoğrafi çalışmada kullanılacak deneysel protokolün belirlenmesi için yapılmıştır. Moleküler analizlerde gDNA materyallerden izole edilerek ITS-4, ITS-5A, trnL-e, and trnL-f primerlerinin kullanılmasıyla ITS ve trnL-F bölgeleri bir PCR cihazında çoğaltılmıştır. CodenCode Aligner programı kullanılarak baz sekanslarının düzenlenmesinden sonra sekansların çoklu hizalanması CLUSTAL W programı ile yapılmıştır. Sonuçta PAUP* 4.0b10 programı kullanılarak sekanslara dayanan filogenetik ağaçlar oluşturulmuştur. Aşağı yukarı benzer kladları içeren ITS ve trnL-F filogenetik ağaçları çok az farklı olan sonuçlar ortaya koymuştur. Bu sonucun ITS sekanslarına (680-700 bp) nazaran 230-300 bp'lik trnL-F baz sekanslarının kısa olmasından ortaya çıktığı yorumlanmıştır. Bu nedenle taksonların filojenilerinin yorumlanması sırasında çoğu kez ITS sekanslarına dayanmış ağaçlar dikkate alınmıştır. Parsimoni, bootstrap, UPGMA ve NJ analizleri gibi filogenetik ağaçlar arasında uzaklık ve karakter temelli metot sonuçları oldukça olumlu uyumluluklar göstermiştir. Diğer bazı araştırıcılar tarafından elde edilmiş fenetik analizlerdeki takson grupları ile bu çalışmadan elde edilmiş takson grupları arasında farklılıkların olmadığı bulunmuştur. Son olarak ITS ve trnL-F analizlerine göre C. x paulineae taksonunun genetik durumu C. abantensis x C. ancyrensis'in bir melezi olduğunu desteklemiştir. Araştırma alanında C. abantensis ve C. olivieri subsp. olivieri arasında diğer melez taksonların varlığı filogenetik olarak bulunamamıştır.
Özet (Çeviri)
In this preliminary study, taxonomic boundaries of Crocus abantensis T. Baytop & B. Mathew, C. ancyrensis (Herb.) Maw, C. biflorus Mill. subsp. pulchricolor (Herb.) B. Mathew, C. olivieri J. Gay subsp. olivieri, C. speciosus M. Bieb. subsp. speciosus and C. x paulineae Pasche & Kerndorff sampled from Bolu province were determined by using the base sequences of rDNA ITS and cpDNA trnL-F regions. The genetic status of the hybrid taxon, C. x paulineae was examined and its parents were determined in terms of molecular data. Existence of some other possible hybrids taxa between C. abantensis and C. olivieri subsp. olivieri were also investigated based on these molecular data in the studied area. Additionally, this study was carried out to determine the experimental protocols being involved in a phylogeographical research on Crocus taxa in Turkey. In moleculer analyses, gDNA isolated from the samples, and then ITS and trnL-F regions were amplified using the ITS-4, ITS-5A, trnL-e, and trnL-f primers in a PCR apparatus. After editing of base sequences by using CodenCode Aligner program, the multiple alignments of the sequences were made with the CLUSTAL W packed program. Consequently, all the phylogenetic trees based on the sequences were created by using the PAUP* 4.0b10 program. The phylogenetic trees of ITS and trnL-F produced slightly different results containing more or less similar clades. This result was interpreted that it occurred because of having short, 230-300 bp sequences of trnL-F in regard to ITS base sequences (680-700 bp). Therefore, the trees based on the ITS sequences were mostly considered during the interpretations of phylogenies of taxa. The results of distance and character based methods showed a quite positive congruencies between the phylogenetic trees such as parsimony, bootstrap, UPGMA, and NJ analyses. It was found that there were no differences between the groups of taxa obtained from this study and the groups of taxa obtained from the phenetic analyses by some other researchers. Finally, genetic status of the C. x paulineae taxon supported to be a hybrid of C. abantensis x C. ancyrensis species in terms of ITS and trnL-F analyses. Presence of other hybrid taxa between C. abantensis and C. olivieri subsp. olivieri could not be phylogenetically found in the research area.
Benzer Tezler
- Farklı klinik örneklerden izole edilen Candida parapsilosis kompleks türlerinin genotipik olarak tanımlanması
Genotypic identification of the Candida parapsilosis complex species isolated from different clinical samples
ÖZLEM KARATAŞ
- Bazı yerel makarnalık buğdayların yüksek sıcaklık stresiyle ilişkili DNA markörlerinin ve seleksiyonda kullanılabilecek morfolojik ve fizyolojik karakterlerinin belirlenmesi
Identification of DNA markers associated with hightemperature stress and morphological and physilogical traits for selection in some local durum wheat varieties
MUSTAFA OKAN
Doktora
Türkçe
2024
ZiraatDicle ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYDIN ALP
PROF. DR. KAMİL HALİLOĞLU
- Dorset down x akkaraman (GDI), akkaraman ve akkaraman x GDI genotipli kuzularda büyüme ve bazı büyüme özelliklerinin tekrarlanma derecelerinin tahmini
The growth and the repeatability estimates of some growth characteristics in akkaraman, dorset down x akkaraman (BDI) and akkaraman x BDI lambs
HALİT DENİZ ŞİRELİ
- Paranazal sinüslerin anatomik varyasyonlarinin bilgisayarli tomografi ile incelenmesi
Examination of the anatomical variations of paranasal sinuses by computed tomography
TUBA BALAKAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2010
Radyoloji ve Nükleer TıpKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜRVET YÜKSEL
- İvesi ve Morkaraman kuzularında değişik vücut ölçüleri bakımından büyüme eğrileri
The growth curves for some body measurements in Awassi and Red-Karaman lambs
FERDA KÖYCEĞİZ