Geri Dön

Investigation of the impacts of linkage disequilibrium on SNP selection studies

Tek nükleotit polimorfizm (SNP) seçimi çalışmalarında bağlantı dengesizliğinin etkilerinin incelenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 383013
  2. Yazar: EKİN KANTAR ÖZÇIRPAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. GERHARD WİEHELM WEBER, DOÇ. DR. CEM İYİGÜN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: SNP, Genom Ölçeğinde İlişkilendirme Çalışmaları, Prostat Kanseri, p Değeri, Rastgele Orman, SNP, Genome Wide Association Studies, Prostate Cancer, p Value, Random Forest
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 108

Özet

Genom ölçeğinde ilişkilendirme çalışmalarında (GWAS), DNA üzerinde tek nükleotid polimorfizmi olarak adlandırılan SNPler ile kompleks hastalıklar arasındaki ilişlki ortaya çıkarılmaya çalışılır. Literatürde, bu amaca yönelik çalışmlardan daha verimli bir şekilde sonuç elde edebimek için çeşitli algoritmlar yer almaktadır. Bizim çalışmamızda da LD' nin, yüksek miktarda, çok boyutlu veri setlerini içeren bu çalışmalar üzerindeki etkisini ölçmek adına yeni bir algortima geliştirilmiştir. Web tabanlı SNAP (SNP Annotation and Proxy Search) aracı kullanılarak r^2 değeri 0.5 olarak belirlenmiş ve veri setimizde yer alan her bir SNP ile ilgili LD bölgesinde bulunan SNP dizileri elde eilmiştir. Daha sonra elde edilen her bir SNP dizisi için Fisher's Combination metodu kullanılarak combined p value olarak adlandırdığımız bileşik bir p değeri hesaplanmıştır. Bu değer SNP dizileri içerisinde orjinal p değeri en küçük olan SNP'e atanarak çalışmanın ileriki basamaklarında kullanılacak olan yeni bir veri seti elde edilmiştir. Orjinal veri seti olara dbGAP veritabanından elde edilen prostat kanser verileri kullanılmıştır. LD kullanılarak elde edilen veri ile orjinal veri üzerinde SNPPnexus analizi gerçekleştirilmiş ve bulunan hastalıkla ilişkili SNPler karşılaştırılarak performans değerlendirmeleri yapılmıştır. Ayrıca daha önce de belirttiğimiz gibi GWAS çalışmaları, yüksek miktarda veri üzerinde yürütülmektedir. Bu yüzden karmaşaya ve zaman kaybına neden olan yığınla anlamsız veriden sakınılması gerekmektedir. LD yardımı ile, gereksiz bir takım veriyi filtreleyerek elde ettiğimiz bir diğer veri setinde uygulanan SNPnexus analizi gösteriyor ki; yaklaşık yarı yarıya düşen SNP sayısı ile, aynı anlamlı genlere ulaşabiliyoruz. Bu da, çalışmaya başlamadan önce öngördüğümüz bazı sonuçlara ulaştığımızı gösteriyor. Bütün bu çalışmaların yanısıra bu iki veri seti, bir de rastgele orman metoduna girdi olarak verilmiş ve elde edilen çıktılar karşılaştırılarak bu algoritmanın etkisi değerlendirilmiştir. Bu çalışmanın bir diğer amacı da gen bölgesinde yer almayan ancak bir geni dolaylı olarak etkilebilecek olan düzenleyici SNPleri (rSNPs) de tespit etmek. Bu SNPleri araştırırken de gördük ki; orjinal veri seti ve LD tabanlı veri setinden elde edilen sonuçlar karşılaştırıldığında, LD tabanlı veri setinden daha verimli sonuçlar elde edebiliyoruz. Sonuç olarak anlaşılıyor ki, hastalıkla ilişkili SNPlerin seçimi üzerine yürütülen çalışmlarda LD'nin etkisinin ölçülmesi bu çalışmanın temel amacıdır.

Özet (Çeviri)

In many Genome Wide Association Studies (GWAS), the relation between SNPs and complex diseases has being tried to reveal. Moreover it is known that, in GWAS there exist a high amount of data which include relations between SNPs, phenotypes and diseases, etc. Many algorithms have been used to be able to reach the desired information from this huge data. Therefore, in this study, an algorithm one of whose important steps is based on linkage disequilibrium(LD), was constructed to eliminate the redundant information from the high-dimensional data. The algorithm improved in this study has been tested on prostate cancer data set downloaded from dbGaP. In order to find disease related SNPs in GWAS in a more effective way, we have constructed an algorithm which is based on LD. The web tool called SNAP (SNP Annotation and Proxy Search) was used to obtain the SNPs in the region of LD, which was determined based on the specific threshold value for r^2. This value was selected as 0.5. After obtaining a modified version of original data set based on LD, Using Fisher's Combination Method, we have obtained associated combined p values for each SNP in this data set. Then using SNPnexus database, we tried to achieve disease related SNPs from both data sets which are the original and modified ones. Thus both of the performances being applied on these data sets were evaluated relative to each other. Moreover, after eliminating the redundant data we have applied SNPnexus analysis again and then the results have shown us, by using approximately half of the SNPs, we were able to achieve the desired genes. Besides all of them also random forest algorithm was performed on the data set including SNPs with individual p values and the modified data set which is including SNPs with combined p values. The outputs of both performances were compared. In addition, one more purpose of this study, being able to reach the most important regulatory SNPs (rSNPs) in GWAS. Based on the data set which was modified using LD, we have focused on the non-coding SNPs, which are located on noncoding regions, through the whole genome. In conclusion, the number of important regulatory SNPs that were found from the modified data set, is much higher than we have found before by using original data set., it is expected from this thesis is that, the studies which have been conducted on prioritization of disease related SNPs are being effected by linkage disequilibrium(LD).

Benzer Tezler

  1. Tez No

    444295

    An investigation on the association of certain polymorphisms in neurogulin 1 gene with schizophrenia

    Neurogulin 1 genindeki bazı polimorfizmlerin şizofreni ile ilişkisi üzerine bir araştırma

    AYŞE ASİYE CULUM

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    Genetikİnönü Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA MERT SÖZEN

  2. Tez No

    715685

    Kronik tinnitusta bdnf (beyin kaynaklı nörotrofik faktör) val66met polimorfizmi ile bağlantılı bdnf antisense rna polimorfizmlerinin araştırılması

    Investigation of bdnf antisense rna polymophisms in connection with bdnf (brain generated neurotrophic factor) val66met polymophism in chronic tinitus

    BUSE YÜKSEL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Bilim ve TeknolojiAydın Adnan Menderes Üniversitesi

    Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SEDA ÖRENAY BOYACIOĞLU

  3. Tez No

    46119

    Çeşitli adsorbanlar ile hümik bileşiklerinin adsorbsiyonu üzerine bir çalışma

    Başlık çevirisi yok

    SELMA KAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1995

    Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    PROF.DR. NURSEN İPEKOĞLU

  4. Tez No

    668268

    Correlations between composition attributes of architecture and music

    Mimari ve müziğin kompozisyon özellikleri arasındaki korelasyonlar

    SEYED FARHAD TAYYEBI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Mimarlıkİstanbul Teknik Üniversitesi

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    Prof. Dr. YÜKSEL DEMİR

  5. Tez No

    671632

    The effect of offshore wind farm activities on the phytoplankton population

    Açık deniz rüzgar çiftlikleri faaliyetlerinin fitoplankton nüfusu üzerine etkisi

    MEYSAM BALANESHIN KORDAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Denizcilikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Gemi ve Deniz Teknoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SEVİL DENİZ YAKAN DÜNDAR

Geri Dön