Geri Dön

Functional study of certain genes selected from SSH library of common bean under salinity stress

Tuz stresi altındaki fasülye bitkisine ait SSH kütüphanesinden seçilen bazı genlerin fonksiyonel analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 387430
  2. Yazar: BALKAN CANHER
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MÜGE TÜRET
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 139

Özet

Dünyanın ekilebilir alanlarının yaklaşık üçte birinin toprak tuzluluğunun etkisi altında olduğu düşünüldüğünde, bitkilerin tuz stresine nasıl cevap verdiğinin anlaşılması ve strese dayanıklı bitkilerin üretilmesi yüksek önem taşımaktadır. Phaseolus vulgaris (fasülye) önemli bir baklagil olup Türkiye dahil Dünya'nın birçok ülkesinde yoğun bir şekilde üretilmektedir. Bu yaygınlığının yanında aynı zamanda tuz stresine en duyarlı bitkilerden bir tanesidir. Bu çalışmadaki amacımız tuza duyarlı genler bakımından zengin eksiltilmiş cDNA kütüphanelerinden (SSH) ve overekspresyonunun tuza da-yanıklılık sağladığı bildirilen genler arasından seçilmiş fasülye aday genlerinin fonksiy-onel karakterizasyonudur. SSH kütüphanesinden 7 aday gen ve literatürden 11 aday gen seçilmiştir. Literatürdeki çalışmalardan seçilen 11 aday gen arasından 7'sinin, ve SSH kütüphanesinden seçilen 7 aday gen arasından 3 tanesinin anlatımının tuz stresi uygu-laması sonucu fasülye yaprak dokusunda anlamlı bir biçimde değiştiği belirlenmiştir. Literatürden seçilen, Na+-H+ Değiştiricisi (NHX), Superoksit Dismutaz (SOD), ve plaz-ma membran dahili protein (PIP); SSH kütüphanesinden ise koful H+-ATPaz (VHP) fasülye yaprak dokusundan klonlanmış ve floral dip yöntemi ile daimi overekspresyon yapan Arabidopsis thaliana hatları oluşturulmuştur. Bunun yanında aday genlerin tah-mini Arabidopsis ortologlarının T-DNA knock out mutant hatları elde edilmiştir. Dört aday genin nakavt hatları ve NHX, SOD, ve VHP overekspresyon hatlarının tuz stresi tolerans seviyelerinde transforme olmamış bitkilere göre anlamlı bir farklılık gözlen-memiştir. İki bağımsız PIP overekspresyon hattında (PIP412-8 ve PIP412-10) tuz stresi uygulaması sonucunda sadece stressiz kontrol koşullarında transforme olmamış bitkilere gore anlamlı seviyede daha yüksek yaş ağırlık ve yaprak alanı ölçülmüştür. Tüm stres koşullarında ise anlamlı bir fark görülmemiştir. İncelenmiş olan aday genlerin tuz stresindeki fonksiyonel etkileri üzerine daha sağlam çıkarımlara ulaşmak için ilave den-eyler gerekmektedir.

Özet (Çeviri)

Considering that one third of Earth's arable lands are affected by soil salinity, understanding how plants respond to salinity stress and creation of stress tolerant crops is of outmost importance. Phaseolus vulgaris (common bean) is a major legume crop produced extensively around the world and in Turkey, but it is also one of the most salt susceptible crops. We aimed to functionally characterize candidate genes selected from subtractive cDNA libraries enriched in salt responsive genes and also from previous studies on candidate genes that are reported to confer enhanced tolerance upon overex-pression. Seven candidate genes from the SSH library and eleven candidate genes from literature were selected. Seven candidate genes from literature and three candidate genes from the SSH library were confirmed to be differentially expressed at a significant level in leaf tissues of Ispir and TR43477 varieties upon salt treatment. Three candidate genes from literature, Na+-H+ antiporter (NHX), superoxide dismutase (SOD), and plasma membrane integral protein (PIP) together with one gene from the SSH library, vacuolar H+-ATPase (pvVHP) were cloned from common bean and constitutively overexpressed in wild type (Col-0) Arabidopsis thaliana lines following floral dip transformation. Fur-thermore, T-DNA insertional knock out lines for predicted Arabidopsis orthologs were also transformed with the same four candidate genes (pvNHX, pvSOD, pvPIP and pvVHP). Salt stress treatments of knock out lines afor all four of the candidate genes and overexpression lines for NHX, SOD, and VHP have not revealed any phenotypic differ-ence in salinity tolerance compared to wild type. However, two independent PIP over-expression lines (PIP412-8 and PIP412-10) have shown significantly greater fresh weight and leaf area only under control conditions but under none of the treatment con-ditions. Further experiments such as creation of overexpression lines with confirmed overexpression at the protein level and quantitative comparison of overexpressed tran-script levels with respect to native orthologues are needed to draw firmer conclusions for functional effects of the analyzed candidate genes.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    787786

    Sayısal haritalama teknikleri kullanılarak DNA dizilimleri üzerinden lösemi hastalığının temel türlerinin yapay zeka tabanlı algoritmalar ile sınıflandırılması

    Classification of main types of leukemia disease with artificial intelligence-based algorithms on the DNA sequences using digital mapping techniques

    FATMA AKALIN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSakarya Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEJAT YUMUŞAK

  2. Tez No

    346194

    A novel structural protein-protein interaction network model: Its applications on drug off-target prediction and genotype-phenotype linkage

    Yeni bir yapısal protein-protein etkileşimi ağ modeli: Bu modelin ilaç uzak-hedeflerinin tahmininde ve genotip-fenotip bağlantısı kurmaktaki uygulamaları

    HATİCE BİLLUR ENGİN ARAS

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolKoç Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY

    PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA

  3. Tez No

    835844

    Escherichia coli'de aska klon koleksiyonu ve fonksiyonel genomik yaklaşımıyla propolisin antibakteriyel etkisine karşı direnç sağlayan genlerin araştırılması

    Investiagation of genes conferring resistance to the antibacterial effect of propolis in Escherichia coli using aska clone collection and functional genomic approach

    TELLI MAHMUDOVA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyolojiMuğla Sıtkı Koçman Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BEKİR ÇÖL

  4. Tez No

    809314

    Mimarlığın dilinde beden: Bir leksikon denemesi

    The body in the language of architecture: A lexical study

    ÖZGE ÜSTÜNDAĞ GANİÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Mimarlıkİstanbul Teknik Üniversitesi

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FUNDA UZ

  5. Tez No

    594913

    İlkokul 4.sınıf öğrencilerinin Türkçe dersindeki okuduğunu anlama becerileri ile matematik dersindeki problem çözme becerileri arasındaki ilişki

    Correlation between reading comprehension skills in Turkish classes and problem solving skills in math classes of primary school 4th grade students

    NACİYE GÜNEŞ KOCADAĞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Eğitim ve ÖğretimAydın Adnan Menderes Üniversitesi

    Temel Eğitim Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ESİN ACAR

Geri Dön