Functional study of certain genes selected from SSH library of common bean under salinity stress
Tuz stresi altındaki fasülye bitkisine ait SSH kütüphanesinden seçilen bazı genlerin fonksiyonel analizi
- Tez No: 387430
- Danışmanlar: PROF. DR. MÜGE TÜRET
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 139
Özet
Dünyanın ekilebilir alanlarının yaklaşık üçte birinin toprak tuzluluğunun etkisi altında olduğu düşünüldüğünde, bitkilerin tuz stresine nasıl cevap verdiğinin anlaşılması ve strese dayanıklı bitkilerin üretilmesi yüksek önem taşımaktadır. Phaseolus vulgaris (fasülye) önemli bir baklagil olup Türkiye dahil Dünya'nın birçok ülkesinde yoğun bir şekilde üretilmektedir. Bu yaygınlığının yanında aynı zamanda tuz stresine en duyarlı bitkilerden bir tanesidir. Bu çalışmadaki amacımız tuza duyarlı genler bakımından zengin eksiltilmiş cDNA kütüphanelerinden (SSH) ve overekspresyonunun tuza da-yanıklılık sağladığı bildirilen genler arasından seçilmiş fasülye aday genlerinin fonksiy-onel karakterizasyonudur. SSH kütüphanesinden 7 aday gen ve literatürden 11 aday gen seçilmiştir. Literatürdeki çalışmalardan seçilen 11 aday gen arasından 7'sinin, ve SSH kütüphanesinden seçilen 7 aday gen arasından 3 tanesinin anlatımının tuz stresi uygu-laması sonucu fasülye yaprak dokusunda anlamlı bir biçimde değiştiği belirlenmiştir. Literatürden seçilen, Na+-H+ Değiştiricisi (NHX), Superoksit Dismutaz (SOD), ve plaz-ma membran dahili protein (PIP); SSH kütüphanesinden ise koful H+-ATPaz (VHP) fasülye yaprak dokusundan klonlanmış ve floral dip yöntemi ile daimi overekspresyon yapan Arabidopsis thaliana hatları oluşturulmuştur. Bunun yanında aday genlerin tah-mini Arabidopsis ortologlarının T-DNA knock out mutant hatları elde edilmiştir. Dört aday genin nakavt hatları ve NHX, SOD, ve VHP overekspresyon hatlarının tuz stresi tolerans seviyelerinde transforme olmamış bitkilere göre anlamlı bir farklılık gözlen-memiştir. İki bağımsız PIP overekspresyon hattında (PIP412-8 ve PIP412-10) tuz stresi uygulaması sonucunda sadece stressiz kontrol koşullarında transforme olmamış bitkilere gore anlamlı seviyede daha yüksek yaş ağırlık ve yaprak alanı ölçülmüştür. Tüm stres koşullarında ise anlamlı bir fark görülmemiştir. İncelenmiş olan aday genlerin tuz stresindeki fonksiyonel etkileri üzerine daha sağlam çıkarımlara ulaşmak için ilave den-eyler gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
Considering that one third of Earth's arable lands are affected by soil salinity, understanding how plants respond to salinity stress and creation of stress tolerant crops is of outmost importance. Phaseolus vulgaris (common bean) is a major legume crop produced extensively around the world and in Turkey, but it is also one of the most salt susceptible crops. We aimed to functionally characterize candidate genes selected from subtractive cDNA libraries enriched in salt responsive genes and also from previous studies on candidate genes that are reported to confer enhanced tolerance upon overex-pression. Seven candidate genes from the SSH library and eleven candidate genes from literature were selected. Seven candidate genes from literature and three candidate genes from the SSH library were confirmed to be differentially expressed at a significant level in leaf tissues of Ispir and TR43477 varieties upon salt treatment. Three candidate genes from literature, Na+-H+ antiporter (NHX), superoxide dismutase (SOD), and plasma membrane integral protein (PIP) together with one gene from the SSH library, vacuolar H+-ATPase (pvVHP) were cloned from common bean and constitutively overexpressed in wild type (Col-0) Arabidopsis thaliana lines following floral dip transformation. Fur-thermore, T-DNA insertional knock out lines for predicted Arabidopsis orthologs were also transformed with the same four candidate genes (pvNHX, pvSOD, pvPIP and pvVHP). Salt stress treatments of knock out lines afor all four of the candidate genes and overexpression lines for NHX, SOD, and VHP have not revealed any phenotypic differ-ence in salinity tolerance compared to wild type. However, two independent PIP over-expression lines (PIP412-8 and PIP412-10) have shown significantly greater fresh weight and leaf area only under control conditions but under none of the treatment con-ditions. Further experiments such as creation of overexpression lines with confirmed overexpression at the protein level and quantitative comparison of overexpressed tran-script levels with respect to native orthologues are needed to draw firmer conclusions for functional effects of the analyzed candidate genes.
Benzer Tezler
- Sayısal haritalama teknikleri kullanılarak DNA dizilimleri üzerinden lösemi hastalığının temel türlerinin yapay zeka tabanlı algoritmalar ile sınıflandırılması
Classification of main types of leukemia disease with artificial intelligence-based algorithms on the DNA sequences using digital mapping techniques
FATMA AKALIN
Doktora
Türkçe
2023
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSakarya ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEJAT YUMUŞAK
- A novel structural protein-protein interaction network model: Its applications on drug off-target prediction and genotype-phenotype linkage
Yeni bir yapısal protein-protein etkileşimi ağ modeli: Bu modelin ilaç uzak-hedeflerinin tahmininde ve genotip-fenotip bağlantısı kurmaktaki uygulamaları
HATİCE BİLLUR ENGİN ARAS
Doktora
İngilizce
2013
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolKoç ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY
PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
- Escherichia coli'de aska klon koleksiyonu ve fonksiyonel genomik yaklaşımıyla propolisin antibakteriyel etkisine karşı direnç sağlayan genlerin araştırılması
Investiagation of genes conferring resistance to the antibacterial effect of propolis in Escherichia coli using aska clone collection and functional genomic approach
TELLI MAHMUDOVA
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BEKİR ÇÖL
- Mimarlığın dilinde beden: Bir leksikon denemesi
The body in the language of architecture: A lexical study
ÖZGE ÜSTÜNDAĞ GANİÇ
- İlkokul 4.sınıf öğrencilerinin Türkçe dersindeki okuduğunu anlama becerileri ile matematik dersindeki problem çözme becerileri arasındaki ilişki
Correlation between reading comprehension skills in Turkish classes and problem solving skills in math classes of primary school 4th grade students
NACİYE GÜNEŞ KOCADAĞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Eğitim ve ÖğretimAydın Adnan Menderes ÜniversitesiTemel Eğitim Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESİN ACAR