Translational regulation of kidney injury molecule-1 mRNA: presence of an internal ribosomal entry site
Böbrek hasarı molekülü-1 mRNA sının translasyonel düzenlenmesi ̇: Dahili ribozom giriş bölgesinin mevcudiyeti
- Tez No: 387429
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. İBRAHİM YAMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 88
Özet
Böbrek Hasarı Molekülü-1 (KIM-1) toksik veya iskemik hasar sonrası dediferan- siye olmuş böbrek proksimal tübül epitel hücrrelerinde büyük ölçüde ifade edilen birinci tip transmembran bir glikoproteindir. KIM-1,Amerikan Gıda ve İlaç Örgütü (FDA) ile Avrupa İlaç Örgütü tarafından kabul edilmiş bir nefrotoksisite belirtecidir, dolayısıyla bu genin kemotoksik stres altında transkripsiyonel ve translasyonel düzenlenmesini anlamak oldukça ̈onem arz etmektedir. Kemotoksisite ajanları olarak böbrek hücrelerinde stres yarattığı bilinen Okratoksin A, Sisplatin ve Gentamisin kullanılmıştır. Bu kimyasalların zaman ve doza bağımlı olarak insan böbrek hücre dizini HK-2 hücrelerindeki sito- toksik, nekrotik, apoptotik ve proliferatif etkileri saptanmıştır. cDNA Uçlarının Seri Amplifikasyonu (RACE) protokolüyle Kim-1 geninin transkripsiyon başlangıç bölgesi belirlenmiştir. Ayrıca, kemotoksik ajanlar etkisinde KIM-1 mRNA ve protein ifadelerindeki değişimler kantitatif gerçek ̧zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ve western blotlama teknikleri ile ölçülmüştür. Kimyasalla muamele sonrasında hücrelerdeki toplam protein sentezindeki azalmaya rağmen, KIM-1 geninin protein ifadesinin arttığı gözlemlenmiştir. Bunun yanı sıra, KIM-1 mRNA düzeyinde kaydadeğer bir değişim görülememiştir. Bu sebepten ötürü Kim1- mRNA'sının translasyonunun dahili ribozom giriş bölgesi (IRES) mekanizmasıyla post-transkripsiyonel olarak düzenlendiğine dair bir hipotez geliştirilmiştir. Bu hipotez in vitro ortamda iki raportör protein ve KIM-1 geninin 5'UTR bölgesini içeren pRF vektör sistemi kullanılarak sınanmıştır. Elde ettiğimiz sonuçlar olası bir IRES bölgesinin KIM-1 mRNA'sının translasyonel ba ̧slangıç kodonunun 300 baz yukarısında olduğunu destekler niteliktedir.
Özet (Çeviri)
Kidney Injury Molecule-1 (KIM-1) is a type I transmembrane glycoprotein that is highly upregulated on regenerating dedifferentiated renal proximal tubular epithelial cells as a consequence of toxic or ischemic injury. KIM-1 is a recognized biomarker of nephrotoxicity by United States Food and Drug Administration (FDA) and Europe Medicines Agency; therefore, understanding its transcriptional and translational reg- ulation under chemotoxic stress is of the utmost importance. As chemotoxic stress inducers we used three xenobiotics, Ochratoxin A (OTA), Gentamicin (GM) and Cis- platin (CP) which are known to cause damage to kidney cells. The effects of these three xenobiotics on viability, proliferation, necrosis and apoptosis are examined us- ing the immortilized human proximal tubule epithelial HK-2 cell line. The transcrip- tional start region of Kim-1 gene is determined by Rapid Amplification of cDNA Ends (RACE). The changes in KIM-1 mRNA and protein levels are measured by Quan- titative Real Time PCR and Western Blotting, respectively. Although there was a significant decrease in global protein synthesis upon xenobiotic treatment, KIM-1 pro- tein levels increased. Furthermore, no significant change in KIM-1 mRNA levels can be detected which led us to suspect the existence of a possible post-transcriptional regulatory mechanism by which KIM-1 mRNA is translated via an Internal Ribosome Entry Site (IRES). This hypothesis is tested in vitro using bicistronic reporter vector pRF containing the 5'UTR of Kim-1 gene. Our results confirm our hypothesis of a possible IRES localized around 300 bp upstream of the translation initiation codon.
Benzer Tezler
- The role of tissue transglutaminase (dTG) in renal cell carcinoma cell adhesion and cell migration
Doku transglutaminaz (dTG)'ın böbrek hücre karsinomlu hücre yapışması ve metastazındaki rolü
YEŞİM BAĞATUR
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyoteknolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DİLEK TELCİ
- Regulation of acquired drug resistance by mirnas in high grade serous ovarian cancer
Yüksek dereceli seröz over kanserinde ılaç direncinin oluşumunda minaların etkileri
ELİF MERVE AYDIN
Doktora
İngilizce
2024
Moleküler TıpKoç ÜniversitesiHücresel ve Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ İREM DURMAZ ŞAHİN
- An investigation of hnrnpa1 functions in breast cancer
Meme kanserinde hnrnpa1 fonksiyonlarının incelenmesi
İBRAHİM ÖZGÜL
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
- Testiste, EPABP [embriyonik poli(a) bağlanma proteini] ve pabpc1 [poli(A) bağlanma proteini, sitoplazmik 1] genlerinin ekspresyon düzeyleri ve hücresel dağılımlarının belirlenmesi
Characterization of EPABP [embryonic poly(a) binding protein] and pabpc1 [poly(A) binding protein, cytoplasmic 1] expression in testis
SAFFET ÖZTÜRK
Doktora
İngilizce
2013
Histoloji ve EmbriyolojiAkdeniz ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NECDET DEMİR
- MikroRNA (miRNA) oluşum yolağında yer alan gen polimorfizmlerinin dikkat eksikliği ve hiperaktivite bozukluğu riski üzerine olası etkilerinin araştırılması
Investigation of the gene polymorphism's possible effect on the risk of attention deficit and hyperactivity disorder located in the microRNA (miRNA) formation pathway
ÜMİT KARAKAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
Tıbbi BiyolojiMersin ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÖZLEM İZCİ AY