Şarka hastalığı etmeni olan şarka virüsünün (Plum Pox Virus) bulaşıcı (enfektif) komplementer DNA (cDNA) vektörünün geliştirilmesi
The construction of an infectious complementary DNA (cDNA) vector of sharka virus (Plum Pox Virus) wich is sharka disease agent
- Tez No: 387453
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MİKAİL AKBULUT, YRD. DOÇ. DR. KAHRAMAN GÜRCAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Şarka hastalığı, Plum Pox virüs, bulaşıcı (enfektif) cDNA vektörü, klonlama, elektrotransformasyon, Sharka disease, Plum Pox virus, infective cDNA vector, cloning, electrotransformation
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 85
Özet
Bu çalışmada, kayısı, erik ve diğer sert çekirdekli meyveleri etkileyen en tahrip edici hastalık olarak değerlendirilen şarka hastalığına neden olan Plum pox virüsünün cDNA vektörleri Plum pox virüs M, Plum pox virüs D ve sadece Türkiye' ye özgü ırk olan Plum pox virüs T ırkları için elde edilmiştir. Virüs bulaşık doku örnekleri Kayseri, Aksaray ve İstanbul' dan toplanmıştır. Virüs ırkları gerçek zamanlı PZR ile belirlenmiş ve cDNAlar hem tesadüfi (random) hemde oligo dT primerleri kullanılarak RT PZR aracılığıyla oluşturulmuştur. Oluşturulan cDNAlar Plum pox virüs T, M ve D ırklarının tüm genomik DNAsını çoğaltmak için kalıp olarak kullanılmıştır. Her bir virüs genomunu klonlamak için Topo XL klonlama kiti kullanılmış ve ligasyon karışımı elektrokompetent E. coli hücrelerine aktarılımştır. Rekombinant plazmitleri içeren E. coli hücreleri seçici ortamda büyütülerek insörtü taşıdığı varsayılan koloniler alkali lizis metodu ile belirlenmiş ve plazmitler daha ayrıntılı analizler için izole edilmiştir. Plazmitlerde tüm genomik cDNAnın varlığı PZR ve in vitro transkripsiyon aracılığıyla doğrulanmıştır. Bu vektörler konak-virüs etkileşimlerinin çalışılmasında, dizi yönlendirilmiş mutagenez, RNA sessizleştirme, virüs replikasyonu, virüsün kısa ve uzun mesafeli hareketi, hastalığın gelişme mekanizması ve transgenik olmayan tarzda bitkilerde yabancı genlerin ekpresyonu çalışmalarında kullanılma potansiyeline sahiptir.
Özet (Çeviri)
In this study, a cDNA vector was developed for Plum Pox Virus (PPV), the causal agent of sharka disease which is considered to be the most detrimental virus disease affecting apricots, plums and several other stone fruits. cDNA vectors were developed for the Plum pox virus-M (Marcus), Plum pox virus-D, and Plum pox virus-T strain which is only detected in Turkey so far. The infected tissue samples were collected from Kayseri, Aksaray and Istanbul. Virus strains were determined by Real Time PCR and cDNAs were generated through RT PCR by using either random or oligo dT primers. Those cDNAs were used as templates to amplify full length genomic DNA of Plum PoxVirus T, M and D strains. Topo XL cloning kit was used to clone each virus genome and the ligation mixture were transformed into electrocompetent E. coli cells. Transformant E. coli cells were grown on selective medium. Putative positive clones carrying the recombinant plasmids were determined by alkali lysis method and plasmids were isolated for further analysis. Existence of full length genomic cDNA in plasmids was verified through PCR and in vitro transcription. Those vectors have potential usage in studying the host–virus interactions, site directed mutagenesis, RNA interference, virus replication, short and long distance movement of virus, the mechanism of disease development, and expression of foreign genes in plants in a nontransgenic manner.
Benzer Tezler
- Plum pox virus-türkiye izolatlarının tüm genom analizleri ve filogenetik ilişkilerinin belirlenmesi
Complete genome analysis and phylogenetic relationship of turkish isolates of Plum pox virus
AHMET CEYLAN
Doktora
Türkçe
2017
BiyolojiErciyes ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MİKAİL AKBULUT
YRD. DOÇ. DR. KAHRAMAN GÜRCAN
- İncir mozaik hastalığının Aydın ilindeki incir bahçe ve fidanlıklarındaki yaygınlığının saptanması ile hastalık etmeninin, bitki özsuyu ile taşınması, konukçu çevresi ve serolojik yöntemlerle (elisa) karakterizasyonunun belirlenmesi
Determination of incidence of the fig mosaic disease in fig orchards and nurseries of Aydın province, and characterization of the causal agent with serological methods, host range and transmission by plant sap
FATİH ÖZÇİÇEKÇİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
ZiraatAdnan Menderes ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERAP AÇIKGÖZ
- Transobturator tape(TOT) prosedürü uygulanmış SÜİ hastalarında başarılı ve başarısız grup arasında üretrovezikal açıların karşılaştırılması
Comparison of urethrovesical angle between successful and failed group of sui patients used with the transobturator tape(TOT) procedure
BATUHAN SAKA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Kadın Hastalıkları ve DoğumSağlık Bilimleri ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İBRAHİM UYAR
- Müzik uygulamalarının MS (Multiple skleros) hastaları üzerindeki etkisi
Effects of the musical applications on the MS patients
BESTE MELİS TURFAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
MüzikAfyon Kocatepe ÜniversitesiMüzik Ana Sanat Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEZGİ SEVİ KIRAN
- Kültür mantarı (Agaricus bisporus) yetiştiriciliğinde yeşil küf hastalık etmeninin (Trichoderma spp.) karakterizasyonu ile verime etkilerinin incelenmesi ve transkriptomik analizi
The characterization of green mold disease agent (Trichoderma spp.) in mushroom (Agaricus bisporus) production and their effects on yield and transcriptomic analysis
GÜNEŞ TURGAY
Doktora
Türkçe
2024
BiyoteknolojiEge ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BİRSEN ÇAKIR AYDEMİR
DOÇ. DR. ERKAN EREN