İlişkili genom dizilim kümeleri arasındaki bağıntıların analizi için yapay öğrenme yöntemleri
Machine learning methods for analysing correlations among sets of related genome sequences
- Tez No: 394551
- Danışmanlar: DOÇ. DR. OLCAY KURŞUN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Bilim ve Teknoloji, Computer Engineering and Computer Science and Control, Science and Technology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 126
Özet
Biyoinformatik çalışmalarda, sekans analizi, DNA, RNA veya peptit sekansların özelliklerini, fonksiyonlarını, yapılarını ya da evrimsel gelişimini analiz etmek amacıyla yapılmaktadır. Sekans hizalama, biyolojik veritabanı incelenmesi ve diğer başka yöntemler sekans analizi için kullanılan en yaygın yöntemler arasındadır. Ancak, örnekler ya da genler arasındaki bağlantıları araştırmanın en hızlı yolu ise korelasyon analizi yapmaktır. Bu çalışmada, ilişkili genom dizilim kümelerinde bağıntıların analizi çeşitli makine öğrenmesi yöntemleri ile gerçekleştirilmiştir. Aynı sınıf altında bulunan türlerin ortak miRNA sayılarının farklı sınıf altında bulunan türler arasındaki ortak miRNA sayılarından daha fazla olduğu görülmüştür. Yapılan korelasyon analizinde, CCA ve ECCA yöntemleri kullanılarak elde edilen sonuçlar karşılaştırıldığında, CCA ve ECCA yöntemleri arasında birkaç durumda fark gözlenmekle beraber, pearson korelasyon katsayısı ile elde edilen korelasyondan daha yüksek bir sonuç elde edildiği görülmüştür. Türlerin ortak miRNA sekansları arasındaki genetik mesafeler incelendiğinde ise türlerin birbirlerine olan yakınlık ya da uzaklıkları ile ilgili yorum yapılabildiği görülmüştür. Kullanılan RI ve CRN yöntemlerinde ise genetik mesafe ile RI arasında korelasyonun olduğu görülmüştür.
Özet (Çeviri)
Sequence analysis is used for analysing DNA, RNA and peptide sequence features, functions, structures or evolutionary developments in bioinformatic studies. Sequence alignment and other methods are most popular methods for examination of biological databases for sequence analysis. However, the fastest way for investigation of relationships between samples and genes is to make correlation analysis. In this study, correlation analysis of relations among genomic sequences is carried out by machine learning methods. As a result, it is seen that species that are under the same class in biological tree have more common miRNAs than species that are under different class in biological tree. Correlation analysis shows that when CCA and ECCA results are compared, there is some significant difference between CCA and ECCA methods and CCA and ECCA methods presents high correlation coefficient than pearson correlation. When genetic distances between species that share common miRNA sequences, it is possible to comment about the closeness and remoteness of the species. RI and CRN methods show a correlation between genetic distance and RI.
Benzer Tezler
- Makina öğrenme yöntemleriyle genom dizilim verilerinin analizi
Analysis of genome sequence data using machine learning methods
ERGÜN GÜMÜŞ
Doktora
Türkçe
2013
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET SERTBAŞ
- On the tradeoff between privacy and utility in genomic studies: Differential privacy under dependent tuples
Genomik çalışmalarda gizlilik ve verinin işe yararlılığı üzerine analiz: Bağımlı elemanlar altında diferansiyel gizlilik
NOUR M.N. ALSERR
Doktora
İngilizce
2020
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZGÜR ULUSOY
PROF. DR. ERMAN AYDAY
- An integrative approach to structured SNP prioritization and representative snp selection for genome-wide association studies
Genom boyutunda ilişkilendirme çalışmalarında yapılandırılmış SNP önceliklendirmesi ve temsilci snp seçimi için bütünleşik bir yaklaşım
GÜRKAN ÜSTÜNKAR
Doktora
İngilizce
2011
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilişim Sistemleri Bölümü
PROF. DR. GERHARD WİLHELM WEBER
YRD. DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON
- Hepatit B virüsü genotiplerinin DNA dizi analiz yöntemi ile belirlenmesi
Genotyping hepatitis B virus by DNA sequence analysis
CANAN KÜLAH
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2002
MikrobiyolojiGazi ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. MELTEM ÇIRAK
- Meloidogyne incognita (Kofoid & White, 1919) chitwood, 1949'nın avirülent ve Mi-1 virülent popülasyonları arasındaki DNA dizilim farklılıklarının yeni nesil dizileme yöntemiyle belirlenmesi
Determination of differences of DNA sequencing between avirulent and Mi-1 virulent populations of Meloidogyne incognita (Kofoid & White, 1919) chitwood, 1949 by next generation sequencing methods
İBRAHİM MISTANOĞLU