Hepatit B virüsü genotiplerinin DNA dizi analiz yöntemi ile belirlenmesi
Genotyping hepatitis B virus by DNA sequence analysis
- Tez No: 118485
- Danışmanlar: Y.DOÇ.DR. MELTEM ÇIRAK
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2002
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gazi Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 86
Özet
74 ÖZET Hepatit B virüsü (HBV) suşlarının,. viral genomlarındaki nükleik asit dizilim farklılıklarına göre yedi genotipi belirlenmiştir (A-G). HBV genotiplerinin dağılımı coğrafi bölgelere göre farklılık göstermektedir. HBV ile infekte hastalarda viral genotipin hastalığın klinik seyrini değiştirebileceği düşünülmektedir. Önceki çalışmalar farklı HBV genotiplerinin karakteristik bir coğrafi dağılım gösterdiğini ortaya koymasına rağmen, sonuçlar henüz tamamlanmış değildir. Bu çalışmanın amacı; HBV infeksiyonunun endemik olduğu Türkiye'de, HBV infeksiyonlu bir grup hastada HBV genotiplerinin dağılımını belirlemektir. HBV infeksiyonlu 84 hasta örneği çalışmaya dahil edildi. HBV DNA, Fenol- Kloroform yöntemi ile ekstrakte edildi. HBV DNA S gen bölgesi polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile amplifıye edildi. PZR ürünlerinin döngüsel dizi analizi reaksiyonu; dideoksi zincir sonlanması yöntemine dayalı olan ticari bir kit {Cy5/5.5 Dye Primer Cycle Sequencing Kit) kullanılarak gerçekleştirildi. Elde edilen DNA dizileri floresans temelli otomatik bir DNA sekanslama sisteminde okutuldu ve analiz edildi. Gen bankasından alman yayınlanmış tüm genotiplerin S gen bölgesine ait DNA dizileriyle, hasta örneklerinden elde edilen DNA dizilerinin karşılaştırılarak değerlendirilmesi sonucunda, 84 HBV örneğinin tümünün (%100) D genotipi ve ayw subtipi ile ilişkili olduğu görüldü. PHYLIP fılogenetik analiz paket programı kullanılarak fılogenetik analiz ve ağaç çizimleri gerçekleştirildi. Oluşturulan fılogenetik ağaçlarda çalışılan örneklerin D genotipine ait grupta kümelendiği görüldü. Sonuç olarak, HBV'nin bu coğrafi bölgedeki moleküler epidemiyolojisi ile uyumlu olarak, Türk hasta grubunda başlıca genotip D olarak belirlendi.
Özet (Çeviri)
75 SUMMARY Hepatitis B vims (HBV) strains have been classified into seven genotypes (A-G ) based on the divergence of the nucleotide sequence of the viral genom. The pattern of HBV genotypes vary depending on the geographical region and it has been speculated that viral genotype can influence the clinical course of the disease in HBV infected patients. Although previous studies have shown a characteristic geographical distribution of different HBV genotypes, the results are still incomplete. The aim of this study was to determine HBV genotypes in a group of patients with hepatitis B infection in Turkey where this infection is endemic. Serum samples of eighty-four patients with HBV infection were included into the study. HBV DNA was extracted from serum by the phenol-chloroform method. A PCR was performed to amplify the S gene region of HBV DNA. Cycle sequencing of PCR products was performed by a commercial“Cy 5 /Cy 5.5 Dye Primer Cycle Sequencing Kit”based on di-deoxy chain termination method. The sequences were read and analyzed in an automated fluorescence-based DNA-sequencing system The nucleotide sequences of the patient samples were compared with the previously reported sequences in gene bank for each genotype. According to the comparative analysis of S-sequences of all patient samples with the published sequences of the genotypes in gene bank, all of the eighty-four hepatitis B strains were shown to be related to D genotypic group, subtype ayw. A phylogenetic analysis was performed and phylogenetic trees were constructed using programs in the PHYLIP phylogeni inference package. The patient samples clustered with the genotypic group D. According to the results, the main genotype of HBV in Turkish patients was genotype D in accordance with the molecular epidemiology information on HBV in this geographic area.
Benzer Tezler
- Hepatit B virus genotiplerinin S geninin nükleotid dizi analizi ve RFLP yöntemleri ile belirlenmesi
Analysis of S. gene nucleotide sequence of hepatitis B. virus cenotypes and determining them with RFLP methods
NEVCİVAN ŞENTÜRKER GÜLDAŞ
Doktora
Türkçe
2002
MikrobiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. Y. HAKAN ABACIOĞLU
- Hatay bölgesinde hepatit B virus genotip dağılımı
Determination of hepatitis B virus genotypes in hatay
ŞULE PAKSOY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıMustafa Kemal ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SABAHATTİN OCAK
- Non A-E hepatit olgularında TT virus DNA'sının PCR yöntemi ile saptanması
Başlık çevirisi yok
KORAY ERGÜNAY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2002
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ŞEMSETTİN USTAÇELEBİ
- Hepatit B virusu (HBV) ile kronik enfekte hastalarda HBV bazal kor promoter/prekor gen mutasyonları ve genotip değerlendirilmesi
Basal core promoter/precore gene mutations in chronically infected patients with hepatitis B virus and genotype evaluation
SEDA TEZCAN
Doktora
Türkçe
2009
MikrobiyolojiMersin ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜROL EMEKDAŞ
- İnterferon ve lamivudin tedavisi alan kronik hepatit B hastalarında hepatit B virüs (HBV) genotip dağılımı ve tedaviye direnç gelişimi ile ilişkisi
The relationship between the distribution of hepatitis B virüs (HBV) genotypes among the hepatitis B patients under interferon and/or lamivudine treatments and the development of resistance to the treatment
SEVGİ ÇİFTÇİ
Doktora
Türkçe
2003
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELİM BADUR