Geri Dön

Fragment-based drug design for prostate cancer

Prostate kanserine yönelik parça bazlı ilaç tasarımı

  1. Tez No: 397252
  2. Yazar: HALİSE BÜŞRA ANGIN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. METİN TÜRKAY
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biyoloji, Biyoteknoloji, Biochemistry, Biology, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Koç Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 91

Özet

İlaç tasarlama süreci yüksek bir maliyet gerektirir ve olası bir ilaç molekülünün piyasaya sürülmesi yıllar sürer. İlaç moleküllerinin sentezi ve taranması için gereken maliyet ve zamanın düşürülmesi için ilaç endüstrisinde bilgisayar destekli çalışmalar kullanılmaya başlanmıştır. Parça bazlı ilaç tasarımı da bilgisayar temelli çalışmaların bir yöntemidir. Bu yöntemde, hedef bölgeyi kaplayabilmek ve en kuvvetli bütünleşmeyi sağlayabilmek için hedef bölgeye bağlanan küçük parçalar bilgisayar ortamında birbirine bağlanır. Şu anda hesaplamalı yöntemler AIDS, yüksek tansiyon ve prostat kanserinin de aralarında bulunduğu birçok hastalığa karşı ilaç geliştirilmesinde kullanılmaktadır. Bu tez çalışmasında Türkiye'deki erkek ölümlerinin en yaygın ikinci nedeni olan prostat kanseri çalışışmıştır. Kanda bulunan yüksek androjen seviyesi prostat kanseriyle oldukça bağlantılıdır. Yaygın olan tedavi seçenekleri ciddi yan etkiler taşımaktadır veya ilaca karşı dirençle karşılaşılmaktadır. Buna rağmen, CYP17 enziminin işlevinin durdurulması androjen biyosentezi mekanizmalarının ciddi yan etkiler olmadan kontrol edilmesini sağlayabileceğinden, bu enzime özel bir inhibisyon oldukça dikkat çeken bir araştırma konusudur. Bu tez çalışmasında, parça bazlı ilaç dizaynı metodu kullanılarak prostat kanseri tedavisine yönelik olarak CYP17 proteinine özel yeni inhibitörlerin bulunması amaçlanmıştır. İlaç adayları için önceden belirlenen öncü molekülü doğrultusunda bir yapı iskeleti oluşturulmuştur. Öncü molekülden daha spesifik ve daha uyumlu ilaç adaylarının tasarlanması için bu yapı iskeleti doğrultusunda küçük parçalar belirlenmiş ve birleştirilmiştir. Moleküler modelleme simülasyonları ve ilaç tarama programları kullanılarak ilaç adaylarının enzime bağlanma kuvvetleri ölçülmüştür ve GAMS programı ile her bir parçanın toplamdaki etkisi hesaplanarak yeni CYP17 enzimi inhibitör molekülleri belirlenmiştir.

Özet (Çeviri)

Drug design process requires a high experimental cost and takes several years for a drug candidate to become commercially available. Computer-aided studies in the drug development have been emerged to reduce cost and time spent in both synthesis and screenings of drug candidates. Fragment-based drug design is one of the approaches in computer-aided studies. In this approach, small fragments binding to the target site are linked together, in silico, to cover the target site and optimize the complementarity. Currently computational approaches have been applied in the development of drugs against many diseases including AIDS, hypertension, and prostate cancer. Prostate cancer which is the second leading cause of death among men in Turkey is the focus of this thesis. High levels of serum androgen are highly associated with prostate cancer. Common treatment options either cause serious side effects or end in drug resistivity. Yet specific inhibition of an enzyme, CYP17, is an intriguing research subject since it would exert control over androgen biosynthesis without serious side effects. In this thesis, a fragment-based drug design approach is employed in order to develop novel inhibitors against CYP17 protein in the treatment of prostate cancer. A scaffold for drug candidates is determined based on a lead compound. Fragments suitable for the scaffold are determined and combined in order to increase specificity and the affinity of the lead. Molecular dynamics simulation and docking tools are used to evaluate inhibitory effects of small compounds and GAMS is used to identify novel inhibitors for CYP17 by calculating combinatorial effects of individual fragments.

Benzer Tezler

  1. Exploring allosteric mechanisms of chemokine receptor CXCR4 and implications in drug design

    Kemokin reseptörü CXCR4'ün allosterik mekanizmalarının ve ilaç tasarımındaki uygulamalarının keşfedilmesi

    TUĞÇE İNAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞE ÖZGE KÜRKÇÜOĞLU LEVİTAS

  2. Mixed-integer optimization approach for fragment-based design of drug candidates

    Parça bazlı ilaç tasarımında karışık tamsayılı programlama

    ZEYNEP GÖKSEL ÖZSARP

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Endüstri ve Endüstri MühendisliğiKoç Üniversitesi

    Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. METİN TÜRKAY

  3. Optimization models and algorithms for structure based drug design

    Yapıya dayalı ilaç tasarımı için algoritmalar ve eniyileme modelleri

    PINAR KAHRAMAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    Endüstri ve Endüstri MühendisliğiKoç Üniversitesi

    Endüstri Mühendisliği Bölümü

    DOÇ. DR. METİN TÜRKAY

  4. In silico design of novel and highly selective cyclooxygenase-2 inhibitors

    Bilgisayar destekli ilaç tasarımı kullanarak seçici siklooksijenaz-2 inhibötörü tasarımı

    TUĞBA MEHMETOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    BiyofizikKadir Has Üniversitesi

    Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ

  5. In silico design of hERG non-blocker compounds with retained pharmacological activity using multi-scale molecular modeling applications

    hERG bloker olmayan farmakolojik aktivitesi korunmuş bileşiklerin çok boyutlu moleküler modelleme uygulamaları ile in siliko tasarımı

    GÜLRU KAYIK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURCAN TÜZÜN

    DOÇ. DR. SERDAR DURDAĞI