A multi-layered graphical model of the relation among SNPs, genes, and pathways based on subgraph search
SNP, gen ve yolaklar arasındaki ilişkinin ortaklıklarına göre çok katmanlı bir grafik ile modellenmesi
- Tez No: 409177
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON, DOÇ. DR. TOLGA CAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoloji, Tıbbi Biyoloji, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biology, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Enformatik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoenformatik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 117
Özet
Genom Boyutunda Bağlantı/İşbirliği Çalışmaları (GWAS) kapmasında yapılan“Tek Nükleotit Polimorfizm (SNP) analizi”, hastalıklara özgü gen bölgelerinin tanımlanması ve hastalıkların altında yatan nedenleri kavrama açısından büyük potansiyel taşımaktadır. Son zamanlarda tanımlanmış olan“birleşik p-değeri (p-value)”yaklaşımı gen ve yolak (pathway) seviyesindeki“bağlantıları”tanımlamaya imkân sağlar. METU-SNP gibi mevcut bilgisayar programları ya“SNP numarası/gen numarası/yolak ismi, p-değeri”ya da“SNP numarası/hastalık numarası/yolak bilgisi”gibi bilgileri yazılı bir liste olarak vermektedir. Bu çalışmamızda, SNP numarasından/belirtecinden yola çıkarak sırasıyla o SNP'in yer aldığı genler ve o genlerin yer aldığı yolaklar mevcut webservisler aracılığıyla bulunmaktadır. Daha sonra bu yolaklar arası ortaklıklar bir“grafik kesişim”algoritmasıyla bulunmakta ve bir interaktif grafik kütüphanesi kullanılarak görselleştirilmektedir. Yazılı çıktının grafiksel bir bilgi ağına dönüştürülmesi; tanımlanmış muhtemel SNP biobelirteçleri (biomarker) için toplanan bilginin daha etkin kullanımına imkân sağlamakta ve SNPler ile ilişkili biyolojik ağ keşiflerine güç katmaktadır.
Özet (Çeviri)
The analysis of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) through Genome Wide Association Studies (GWAS) presents great potential for describing disease loci and gaining insight into the underlying etiology of diseases. Recently described combined p-value approach allows identification of associations at gene and pathway level. The integrated programs like METU-SNP produce simple lists of either SNP id/gene id/pathway title and their p-values and significance status or SNP id/disease id/pathway information. In this study, starting with the SNP id, we have annotated related gene ids and pathway ids consecutively. Then we have computed the intersection of these pathways, and visualized the common sub-graphs by an interactive graphical library. The tool developed in this thesis provides a visualization of the text output as graphical knowledge networks; hence, facilitates the efficient use of the information offered by the candidate SNP Biomarkers and helping discovery of SNP associated biological networks.
Benzer Tezler
- Abdülbaki Nasır Dede'nin tedkik ü tahkik adlı eserindeki makam ve terkiblerin ahenk ilişkilerinin belirlenmesi
Determination of the harmony relationship of makams and terkibs in Abdulbaki Nasir Dede's theory book called tedkik ü tahkik
YUSUF CAN ŞEFTALİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Müzikİstanbul Teknik ÜniversitesiMüzikoloji ve Müzik Teorisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OZAN BAYSAL
- Yer içinin modellenmesi amacıyla sismik kırılma verilerinin tersçözümü
Inversion of seismic refraction data for subsurface modelling
AHMET YOĞURTÇUOĞLU
- Kentsel mekan üretiminde katılımcı yaklaşımlar
Participative approaches for urban space production
ÖZGE ÇAĞLAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. PELİN DURSUN ÇEBİ
- Şev stabilitesi problemlerinin incelenmesinde bütünleşik ve bilgi tabanlı bir sistem geliştirilmesi
The development of an integrated and intelligent design environment for the investigation of slope stability problems
BÜLENT HATİPOĞLU
Doktora
Türkçe
2003
İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. METE İNCECİK
- Propagation modeling in layered structures for industrial applications of microwaves
Endüstriyel mikrodalga uygulamaları için katmanlı yapılarda yayılma modellemesi
ŞEREF DÖVER
Yüksek Lisans
İngilizce
2004
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiÇukurova ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. TURGUT İKİZ