Semi-automatic/user-guided segmentation of mitochondria on transmission electron microscopy images
Transmisyon elektron mikroskobu görüntülerinde mitokondrilerin yarı otomatik/kullanıcı güdümlü bölütlenmesi
- Tez No: 409176
- Danışmanlar: PROF. DR. ÜNAL ERKAN MUMCUOĞLU, YRD. DOÇ. DR. REZA ZARE HASSANPOUR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilim ve Teknoloji, Biyoteknoloji, Tıbbi Biyoloji, Science and Technology, Biotechnology, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Enformatik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Sağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 127
Özet
Çalışmanın amacı, transmisyon elektron mikroskobu görüntülerinde mitokondrileri bölütlemek için kullanıcı güdümlü yarı otomatik yöntemler geliştirmek ve uygulamaktır. Daha önce yapılan, algılanmaya ve bölütlenmeye dayalı otomatik aktif kontur algoritması mitokondri veri kümeleri üzerinde hatalı çalışabiliyor. Bundan dolayı, yarı otomatik yöntemler yanlış algılanmış ve bölütlenmiş mitokondrileri düzeltmekte kullanılacaktır. Bölme, birleştirme, silme, otomatik bölütleme algoritmasının kullanıcının istediği pozisyonda başlatılması, düşük puan almış mitokondrilerin seçimi ve elle çizim teknikleri, kullanıcıya sunulan altı tane yarı otomatik tekniği oluşturur. Özetlemek gerekirse, .bölme işlemi, yanlış bölütlenmiş bir mitokondrinin, kullanıcı tarafından tanımlanan genel bir yüzey yardımı ile ikiye bölünmesidir. Birleştirme işlemi, iki mitokondri sonucunun birleştirilerek, bir tane geçerli mitokondri elde edilmesidir. Silme tekniği, mitokondri olmayan alanlardaki yanlış tespitlerin silinmesini sağlar. Bir diğer teknik, otomatik bölütleme algoritmasının, kullanıcının istediği bir pozisyonda, geçerlilik kriterlerinin yumuşatılatak başlatılmasıdır. Son olarak, elle çizim tekniği, kullanıcı tarafından tanımlanan noktalar ile bir mitokondrinin üç boyutlu görüntüsünün oluşturulmasıdır. Bu yarı otomatik teknikler gerçekleştirlmeden önce, kullanıcının değerlendirme yapabilmesi amacı ile, mitokondri resimleri ve otomatik algoritmanın çıktıları görselleştirilmiştir.
Özet (Çeviri)
The purpose of the study is to develop and implement some user-guided semi-automatic methods to segment mitochondria on transmission electron microscopy images. Earlier automatic active contour based detection and segmentation algorithm applied on slices of mitochondria dataset are subject to some errors. Therefore, semi-automatic methods are necessary to adjust structure of wrongly detected and segmented mitochondria. There are six semi-automatic methods introduced in this thesis, namely, splitting, merging, deletion, initiation of automatic segmentation algorithm at intended position, selection of low scored mitochondria and manual drawing. In summary, firstly, splitting is separation of wrongly detected mitochondrion into two pieces with the help of generic surface defined by the user. Merging is the combination of two mitochondria which results in formation of one valid mitochondrion. Deletion allows removing false detections in non-mitochondrial region. Initiation of automatic algorithm at userspecified position is done by softening validation phase parameters of automatic segmentation algorithm. Lastly, manual drawing is to form 3D shape of a mitochondrion from user-defined points. Prior to the implementation of these semi-automatic methods, mitochondrial images and the output of the automatic algorithm were visualized to ensure user evaluation on mitochondrial images.
Benzer Tezler
- A semi-automatic façade generation methodology of architectural heritage from laser point clouds: A case study on Architect Sinan
Lazer nokta bulutlarından mimari mirasın cephe elemanlarının yarı otomatik modellenmesi: Mimar Sinan üzerine örnek bir çalışma
CEMAL ÖZGÜR KIVILCIM
Doktora
İngilizce
2021
Jeodezi ve Fotogrametriİstanbul Teknik ÜniversitesiGeomatik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZAİDE DURAN
- A semi-automatic knowledge acquisition system for semantic web application
Anlamsal ağ uygulamarı için yarı-otomatik bilgi edinme sistemi
FUAT ÖNDER ULUÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAtılım ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NERGİS E. ÇAĞILTAY
YRD. DOÇ. DR. ÇİĞDEM TURHAN
- Content based medical image retrieval
İçerik tabanlı tıbbi görüntü bulgetir
NEDA BARZEGARMARVASTI
Doktora
İngilizce
2017
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BURAK ACAR
- Sayısal ortamda kartografik genelleştirme
Cartographic generalization in digital environment
TÜRKAY GÖKGÖZ
- Konteyner terminal operasyonlarında otomasyon teknolojileri kullanımı: Otomatik yönlendirilmiş araç örneği
Automation technologies in container terminals: A simulation study of an automated guided vehicle
ÜSTÜN ATAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Denizcilikİstanbul Teknik ÜniversitesiDeniz Ulaştırma Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ KADİR ÇİÇEK
PROF. DR. HAKAN TEMELTAŞ