Identification of the upstream regulators of interferon regulatory factor 4 (IRF4) expression in melanoma cells
Melanoma hücrelerindeki interferon düzenleyici faktör 4 (IRF4) ekspresyonunun düzenleyicilerinin bulunması
- Tez No: 409290
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. NEŞET CEVDET TOLGA EMRE, DOÇ. DR. ARZU ÇELİK FUSS, DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 102
Özet
Melanoma pigment üreten hücrelerden kökenlenir. Geç evrelerde ise metastatik melanoma en agresif hastalıklardan birisi olarak bilirnir ve kötü bir prognoza sahiptir. IRF4 interferon düzenleyici faktör transkripsiyon ailesine aittir. IRF4 ekspresyonu NF-κB gibi mitojenik uyarıcılar tarafından kontrol edilir ve bu ekspresyon T-hücre lösemisi, Multipl Miyelom (MM) ve B-hücre lenfoması ile ilişkilendirilir. İmmün hücrelerden kökenlenen kanserlere ek olarak, IRF4'un yüksek seviyelerde eksprese edilmesi melanoma hücre hatlarında ve hasta örneklerinde gözlemlenmiştir. Buna ilave olarak melanoma hücre hatlarının yaşamlarının IRF4'e bağımlı olduğu yakın zamanda gösterilmiştir. Genom düzeyindeki ilişkilendirme çalışmaları (GWAS) ise IRF4 lokusunda hastaların mel-anomaya yatkınlığını belirleyen bir SNP bulmuştur. Bu projedeki amaç ise hangi sinyal yolaklarının IRF4 ekspresyonunu melanomada düzenlediğinin araştırılmasıdır. Eğer IRF4'un anlatımının düzenlenmesine dair fikir sahibi olabilirsek, bu çalışma melanoma için yeni tedavi stratejilerinin gelişmesine yol açacaktır. IRF4'un bilinen düzenleyicilerine ait bilgilerimiz çoğunlukla immün hücrelerden gelmektedir. IRF4'un bilinen düzen-leyicilerine bağlı olarak, üç aday yolağı, IRF4'un ekspresyonunu melanomada aday düzenleyici olarak seçtik. Küçük moleküler bileşenler kullanarak, bu yolakların aktivitesini modüle ettik. Daha sonra, IRF4 ekspresyonunu mRNA ve protein düzeyinde muamele edilmiş hücrelerde kontrol ettik. Sonuçlarımız bu lenfosit alakalı yolaklardan birisinin IRF4'un melanoma hücrelerindeki ekspresyonunda rol aldığını önermektedir.
Özet (Çeviri)
Melanoma is derived from melanin pigment producing cells which are known as melanocytes. Late stage, metastatic melanoma is considered as one of the most aggressive malignancies with one of the worst prognosis. IRF4 belongs to interferon regulatory family member transcriptional regulators. IRF4 expression, which is regulated by mitogenic stimuli such as NF-κB in lymphocytes, is associated with certain cancers such as T-cell leukemia, multiple myeloma and B cell lymphoma. In addition to immune cell derived malignancies, IRF4 overexpression is found in melanoma cell lines and melanoma patient samples. Additionally, dependency of melanoma cell lines to IRF4 expression was recently found. Moreover, genome wide association studies (GWAS) identified a SNP in IRF4 locus as high risk factor for melanoma. The aim of this project is to find out how IRF4 expression is regulated, and which pathways are playing role in its overexpression in melanoma. Insights into IRF4 regulation holds promise for new therapeutic intervention strategies for melanoma. Most of our knowledge about upstream regulators of IRF4 comes from hematologic cells. Based on known regulators of IRF4 in these cells, we choose three pathways as candidate regulators of IRF4 expression in melanoma cells. Using small molecular compounds, we modulated the activities of these pathways. We used luciferase transactivation assays in order to prove the efficacy of these small molecules. Then we checked IRF4 expression at both mRNA and protein levels in treated cells. Our results suggest that one of these lymphocyte-related signaling pathways plays role in IRF4 expression in melanoma cells.
Benzer Tezler
- Identification of upstream regulators of MAPK stimulated Pea3-mediated neural differentiation in PC12 cells
PC12 hücrelerinde MAPK uyarılı Pea3 aracılı nöral farklılaşmanın üst akış düzenleyicilerinin tanımlanması
BERRAK ÇAĞLAYAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
BiyolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Bölümü
DOÇ. DR. IŞIL AKSAN KURNAZ
- Identification of me31b from an in vivo rnai screen as a potential regulator of notch signaling
Başlık çevirisi yok
MUHAMMED SÖYLEMEZ
- Astragalus chrysochlorus'da fenilpropanoid metabolik yoluna ilişkin genomik analizler
Genomic analysis on phenylpropanoid pathway of Astragalus chrysochlorus
NESLİHAN TURGUT KARA
Doktora
Türkçe
2007
Biyoteknolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞULE ARI
- Investigation of NFİB function and regulation of its putative target genes in human neural stem cell and SH-SY5Y neuroblastoma cell lines
İnsan sinir kök hücre ve SH-SY5Y nöroblastom hücre hatlarında NFIB işlevinin ve potansiyel hedef genlerinin regülasyonunun incelenmesi
BETÜL ULUCA
Doktora
İngilizce
2023
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ASLI KUMBASAR
- Prediction of polyadenylation sites by probe level analysis of microarray data
Mikroçip verisinin prob seviyesinde incelenerek çoklu adenin bölgelerinin bulunduğu yerlerin tahmin edilmesi
YİĞİT İLGÜNER
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TOLGA CAN