Systematic and integrative analysis of breast cancer and other associated diseases using transcriptome data and interactome networks
Meme kanseri ve ilişkili hastalıkların transkriptom verileri ve interaktom ağları kullanılarak sistematik ve bütüncül analizi
- Tez No: 413448
- Danışmanlar: DOÇ. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 210
Özet
Hastalıklar nadiren tek bir gendeki anormallikler sonucunda oluşurlar, genellikle karmaşik hücresel ağlardaki (protein-protein etkileşim, transkripsyonel düzenleyici ve metabolik ağlar gibi) bozulmalar sonucunda meydana gelirler. İnsan protein interaktomunun kalite ve kapsamının tıbbi biyoloji gibi çeşitli disiplinlerde kullanılabilmesi için geliştirilmesi gerekmektedir. Bu nedenle, yüksek güvenilirlikli protein etkileşim ağı kurmak için yeni bir skorlama yöntemi geliştirilmiştir. Metotun uygulanabilirliği mayada, Saccharomyces cerevisiae, gösterilmiştir ve sonrasinda yüksek güvenilirlikli ve tamamlanmış bir insan interaktomu kurulmuştur. Bu çalışmada meme kanseri, üçlü negatif meme kanseri ve yemek borusu kanserlerinin moleküler mekanizmaları hakkında detaylı bilgi sunan çoklu omik analizleri kullanılmıştır. Bütüncül analizler sonucu ise her hastalığın mekanizmasına ait önemli ve hedef olabilecek yolaklar belirlenmiş, potansiyel ilaç hedefleri ve biyo-işaretçiler tayin edilmiştir. RHOB, ARGHDIB, GSTM3, MLPH, ATF5, CSF2RA, ve CXCL10 genlerinin üçlü negatif meme kanseriyle, ACPP, C2orf54, DYNLT3, KANK1, ENDOU, FMO2, HOMER3, RFC4, COL10A1, FNDC3B ve MARCKSL1 genlerinin de yemek borusu kanserleriyle ilişkili oldukları ilk olarak bu çalışmayla sunulmuştur. Hastalığa özel yeni ilaç hedefleri ve biyo-işaretçilerin belirlenmesini sağlayan önerdiğimiz çoklu-omik yaklaşımı meme kanseri, üçlü negatif meme kanseri ve yemek borusu kanserlerine yönelik yeni tanı ve kişiselleştirilmiş tıp tedavi yöntemlerinin tasarlanmasına olanak sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
The diseases are rarely the outcomes of aberrance in a single gene but they are consequents of the disruptions of the complex cellular networks including protein-protein interaction (PPI), transcriptional regulatory and metabolic networks. The quality and coverage of human protein interactome needs to be improved to be used in various disciplines, especially in biomedicine. Therefore, novel scoring methodology was developed for reconstruction of highly reliable protein-protein interaction network. The applicability of method was shown in yeast, Saccharomyces cerevisiae, and then a consensus – highly reliable, almost complete – interactome of Homo sapiens was reconstructed. A multi-omic discovery approach was developed which could offer detailed information about the molecular mechanisms of breast cancer, triple negative breast cancer (TNBC), and esophageal squamous cell carcinoma (ESCC). As a result of a comprehensive data assessment and processing, we identified disease specific signaling and metabolic pathways together with candidate novel drug targets and biomarkers. The associations of RHOB, ARGHDIB, GSTM3, MLPH, ATF5, CSF2RA, and CXCL10 with TNBC were reported for the first time. Moreover, ACPP, C2orf54, DYNLT3, KANK1, ENDOU, FMO2, HOMER3, RFC4, COL10A1, FNDC3B and MARCKSL1 were reported for the first time in ESCC. The multi-omics molecular target and biomarker discovery approach presented here can offer ways forward on novel diagnostics and potentially help to design personalized therapeutics for breast cancer, triple negative breast cancer and esophageal squamous cell carcinoma in the future.
Benzer Tezler
- Microfluidic chip-based systems for monitoring cancer therapy
Kanser tedavisinin izlenmesi için mikro akışkan çip tabanlı sistemler
EYLÜL GÜLŞEN YILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ FATİH İNCİ
- Metabolism-oriented multiomics data integration
Farklı omı̇k verı̇lerı̇n metabolı̇zma odaklı entegrasyonu
AYCAN ŞAHİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. ALİ ÇAKMAK
- Integration of multi-omics data for enlightening the molecular mechanisms of cancer: a case study on breast cancer subtype identification
Kanserin moleküler mekanizmalarını aydınlatmak için multi-omik verilerin entegrasyonu: meme kanseri alt tip tanımlaması üzerine bir vaka çalışması
MİRAY ÜNLÜ YAZICI
Doktora
İngilizce
2023
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAbdullah Gül ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BURCU GÜNGÖR
- Neoadjuvan kemoterapi alan meme kanseri hastalarında başlangıç sistemik immün inflamasyon indeksinin prognozla ilişkisi
The relationship of initial systemic immune inflammatoryindex with prognosis in breast cancer patients receivingneoadjuvan chemotherapy
OSMAN ŞAHİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
İç HastalıklarıTokat Gaziosmanpaşa Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MUSTAFA BAŞAK
- Hedefe yönelik olarak geliştirilen toksin füzyonunun çeşitli kanser hücrelerinde in vitro tedavi edici etkisinin incelenmesi
Investigation of the in vitro therapeutic effects of targeted toxin fusion on various cancer cells
DAMLA ULUDAĞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Biyolojiİstanbul Medipol ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NİHAL KARAKAŞ