Geri Dön

Prevalence of pathogens and other associated microorganisms in turkish honey bee subspecies and differential responses to nosema ceranae infection

Türkiye' deki arı ırklarında patojen ve ilgili mikroorganizmaların yaygınlığı ve nosema ceranae enfeksiyonuna karşı gösterdiklerı farklı tepkiler

PDF İndir

  1. Tez No: 416363
  2. Yazar: CANSU ÖZGE TOZKAR
  3. Danışmanlar: PROF. DR. AYKUT KENCE, DOÇ. DR. MERAL KENCE
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Apis mellifera, polinasyon, koloni çöküş sendromu, RNA sekanslama, bioinformatik, bal arısı virüsleri, tripanazom, Apis mellifera, pollination, Colony Collapse Disorder, RNA Sequencing, bioinformatics, honey bee viruses, trypanosomes
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 185

Özet

Bal arıları virus, mantar, bakteri, protista ve akar gibi pek cok biyolojik tehdit etkisi altındadır. Bu çalışmada Türkiye'nin farklı bölgelerindeki kolonilere ait işçi arı örneklerinin patojen analizleri yapılmıştır. Türkiye dünyanın en önemli arıcılık merkezlerinden biridir. Dünya'daki tüm arı ırklarının 20% sini oluşturan Apis mellifera L'nin 5 farklı alt türü Türkiye'de bulunmaktadır. Arı örneklerinin taşıdığı RNA türlerini saptamak için RNA sekanslama tekniği kullanılmıştır. Bu okumaları düzenleyip arı genomu üzerinde haritalandırdıktan sonra geriye sekansın 10%'u kalmıştır. Kalanlar da 60 megabaz uzunluğundaki arılarla ilişkili mikrop türlerini oluşturan datalar kullanılarak haritalandırılmıştır. Arı patojen düzeyleri kantitatif PCR ile doğrulanmıştır. Sonuç olarak Türkiye'de ilk kez Lake Sinai virüsü, Spiroplasma bakteri türleri, Candidatus Schmidhempelia bombi simbiyontu, Frischella, Snodgrassella alvi, Gilliamella apicola, Lactobacillus spp., neogregarin, ve trypanasom turleri saptanmıştır. Metagenomik analizle Melissococcus plutonius, Paenibacillus larvae gibi bazı bakteriler, Varroa destructor-1 virüsü, Sacbrood virüsü, Apis filamentous virüsü ve bazı mantar türleri de saptanmıştır. Ancak KBV, SBPV, Tobacco ringspot virüsü, VdMLV (Varroa Macula like virus), Acarapis spp., Tropilaeleps spp. and Apocephalus türlerine rastlanmamıştır. Bazı arı bakım-yönetim uygulamaları arı ırklarının içerdiği mikrop türleri üzerindeki etkileri de tartışılmıştır. Calışmada açıklanan iş planı ve mikrobiyal datalar, sağlıklı veya koloni kaybı yaşayan arıların mikrobiyal haritalamasının oluşturulması için faydalı olacaktır. Ayrıca bu calışmaya ek olarak, 5 arı ırkının N. ceranae enfeksiyonu sonrası bağışıklık cevapları, lokomotor aktivitelerindeki farklar ve filogenetik ilişkileri belirlenmiştir. Tüm arı ırklarının N .ceranae enfeksiyonundan sonra bağışıklık sistemlerinin hızlı bir şekilde aktive olduğu ve antimikrobiyal peptitleri kodlayan genlerinin ekspresyonlarında artış gerçekleştiği gözlenmiştir.

Özet (Çeviri)

Honey bees face numerous biotic threats from viruses to bacteria, fungi, protists, and mites. Here we describe a thorough analysis of microbes harbored by worker honey bees collected from field colonies in geographically distinct regions of Turkey. Turkey is one of the World's most important centers of apiculture, harboring 5 subspecies of Apis mellifera L., approximately 20% of the honey bee subspecies in the world. We use deep ILLUMINA-based RNA sequencing to capture RNA species for the honey bee and a sampling of all non-endogenous species carried by bees. After trimming and mapping these reads to the honey bee genome, approximately 10% of the sequences (9-10 million reads per library) remained. These were then mapped to a curated set of public sequences containing ca. 60 megabase-pairs of sequence representing known microbial species associated with honey bees. Levels of key honey bee pathogens were confirmed using quantitative PCR screens. We contrast microbial matches across different sites in Turkey, showing new country recordings of Lake Sinai virus, two Spiroplasma bacterium species, symbionts Candidatus Schmidhempelia bombi, Frischella perrara, Snodgrassella alvi, Gilliamella apicola, Lactobacillus spp.), neogregarines, and a trypanosome species. By using metagenomic analysis, this study also reveals deep molecular evidence for the presence of bacterial pathogens (Melissococcus plutonius, Paenibacillus larvae), Varroa destructor-1 virus, Sacbrood virus, Apis filamentous virus and fungi. Despite this effort we did not detect KBV, SBPV, Tobacco ringspot virus, VdMLV (Varroa Macula like virus), Acarapis spp., Tropilaeleps spp. and Apocephalus (phorid fly). We discuss possible impacts of management practices and honey bee subspecies on microbial retinues. The described workflow and curated microbial database will be generally useful for microbial surveys of healthy and declining honey bees. Additionally we addressed the immune defence reactions, locomotor activity differences of five honey bee subspecies upon N. ceranae infection and confirmed the phylogenetic relationship between these subspecies. It was observed that honey bee immune system quickly activated defence mechanisms for all of five the subspecies after infection with N .ceranae, which includes the increase in the expression of genes encoding antimicrobial peptides.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    474576

    Gülhane Eğitim ve Araştırma Hastanesinde kan kültürlerinden izole edilen bakteriler ve antimikrobiyal direnç durumlarının irdelenmesi

    Investigation of bacterial pathogens isolated from blood cultures and antimicrobial profile in Gulhane Training and Research Hospital

    VALBONA MATAJ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    MikrobiyolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA GÜNEY

  2. Tez No

    171472

    Geriatrik yaş grubunda asemptomatik bakteriüri ve semptomatik üriner sistem infeksiyonu sıklığı

    The prevalence of asymptomatic bacteriuria and symptomatic urinary tract infection in the elderly population

    MURAT VARLI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    GeriatriAnkara Üniversitesi

    Geriatri Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. MURAT TURGAY

  3. Tez No

    819548

    Toplumdaki kişilerden ve hayvan kaynaklarından elde edilen materyallerde yüksek düzey vankomisine dirençli enterokokların araştırılması

    Investigation of high-level vancomycin-resistant enterococci in materials obtained from individuals in the community and animal sources

    DURU MISTANOĞLU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSağlık Bakanlığı

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NAİL ÖZGÜNEŞ

  4. Tez No

    790355

    Kronik obstrüktif akciğer hastalığı atağı ile hastanemize başvuran ve yatışı gereken hastalarda bronşektazinin atak sıklığı, şiddeti ve yatış süresine etkisi

    Başlık çevirisi yok

    GİZEM TÜRKEŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Göğüs HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Göğüs Hastalıkları ve Tüberküloz Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NESRİN KIRAL

  5. Tez No

    619961

    Besin alerjisi olan çocuklarda barsak mikrobiyotası ve toll-like reseptör 2 ve 4 polimorfiziminin değerlendirilmesi

    Evaluation of toll-like receptors 2 and 4 polymorphism and intestinal microbiota in children with food allergy

    ELİF BEYAZİT

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıFırat Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET KILIÇ

Geri Dön