Prevalence of pathogens and other associated microorganisms in turkish honey bee subspecies and differential responses to nosema ceranae infection
Türkiye' deki arı ırklarında patojen ve ilgili mikroorganizmaların yaygınlığı ve nosema ceranae enfeksiyonuna karşı gösterdiklerı farklı tepkiler
- Tez No: 416363
- Danışmanlar: PROF. DR. AYKUT KENCE, DOÇ. DR. MERAL KENCE
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Apis mellifera, polinasyon, koloni çöküş sendromu, RNA sekanslama, bioinformatik, bal arısı virüsleri, tripanazom, Apis mellifera, pollination, Colony Collapse Disorder, RNA Sequencing, bioinformatics, honey bee viruses, trypanosomes
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 185
Özet
Bal arıları virus, mantar, bakteri, protista ve akar gibi pek cok biyolojik tehdit etkisi altındadır. Bu çalışmada Türkiye'nin farklı bölgelerindeki kolonilere ait işçi arı örneklerinin patojen analizleri yapılmıştır. Türkiye dünyanın en önemli arıcılık merkezlerinden biridir. Dünya'daki tüm arı ırklarının 20% sini oluşturan Apis mellifera L'nin 5 farklı alt türü Türkiye'de bulunmaktadır. Arı örneklerinin taşıdığı RNA türlerini saptamak için RNA sekanslama tekniği kullanılmıştır. Bu okumaları düzenleyip arı genomu üzerinde haritalandırdıktan sonra geriye sekansın 10%'u kalmıştır. Kalanlar da 60 megabaz uzunluğundaki arılarla ilişkili mikrop türlerini oluşturan datalar kullanılarak haritalandırılmıştır. Arı patojen düzeyleri kantitatif PCR ile doğrulanmıştır. Sonuç olarak Türkiye'de ilk kez Lake Sinai virüsü, Spiroplasma bakteri türleri, Candidatus Schmidhempelia bombi simbiyontu, Frischella, Snodgrassella alvi, Gilliamella apicola, Lactobacillus spp., neogregarin, ve trypanasom turleri saptanmıştır. Metagenomik analizle Melissococcus plutonius, Paenibacillus larvae gibi bazı bakteriler, Varroa destructor-1 virüsü, Sacbrood virüsü, Apis filamentous virüsü ve bazı mantar türleri de saptanmıştır. Ancak KBV, SBPV, Tobacco ringspot virüsü, VdMLV (Varroa Macula like virus), Acarapis spp., Tropilaeleps spp. and Apocephalus türlerine rastlanmamıştır. Bazı arı bakım-yönetim uygulamaları arı ırklarının içerdiği mikrop türleri üzerindeki etkileri de tartışılmıştır. Calışmada açıklanan iş planı ve mikrobiyal datalar, sağlıklı veya koloni kaybı yaşayan arıların mikrobiyal haritalamasının oluşturulması için faydalı olacaktır. Ayrıca bu calışmaya ek olarak, 5 arı ırkının N. ceranae enfeksiyonu sonrası bağışıklık cevapları, lokomotor aktivitelerindeki farklar ve filogenetik ilişkileri belirlenmiştir. Tüm arı ırklarının N .ceranae enfeksiyonundan sonra bağışıklık sistemlerinin hızlı bir şekilde aktive olduğu ve antimikrobiyal peptitleri kodlayan genlerinin ekspresyonlarında artış gerçekleştiği gözlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Honey bees face numerous biotic threats from viruses to bacteria, fungi, protists, and mites. Here we describe a thorough analysis of microbes harbored by worker honey bees collected from field colonies in geographically distinct regions of Turkey. Turkey is one of the World's most important centers of apiculture, harboring 5 subspecies of Apis mellifera L., approximately 20% of the honey bee subspecies in the world. We use deep ILLUMINA-based RNA sequencing to capture RNA species for the honey bee and a sampling of all non-endogenous species carried by bees. After trimming and mapping these reads to the honey bee genome, approximately 10% of the sequences (9-10 million reads per library) remained. These were then mapped to a curated set of public sequences containing ca. 60 megabase-pairs of sequence representing known microbial species associated with honey bees. Levels of key honey bee pathogens were confirmed using quantitative PCR screens. We contrast microbial matches across different sites in Turkey, showing new country recordings of Lake Sinai virus, two Spiroplasma bacterium species, symbionts Candidatus Schmidhempelia bombi, Frischella perrara, Snodgrassella alvi, Gilliamella apicola, Lactobacillus spp.), neogregarines, and a trypanosome species. By using metagenomic analysis, this study also reveals deep molecular evidence for the presence of bacterial pathogens (Melissococcus plutonius, Paenibacillus larvae), Varroa destructor-1 virus, Sacbrood virus, Apis filamentous virus and fungi. Despite this effort we did not detect KBV, SBPV, Tobacco ringspot virus, VdMLV (Varroa Macula like virus), Acarapis spp., Tropilaeleps spp. and Apocephalus (phorid fly). We discuss possible impacts of management practices and honey bee subspecies on microbial retinues. The described workflow and curated microbial database will be generally useful for microbial surveys of healthy and declining honey bees. Additionally we addressed the immune defence reactions, locomotor activity differences of five honey bee subspecies upon N. ceranae infection and confirmed the phylogenetic relationship between these subspecies. It was observed that honey bee immune system quickly activated defence mechanisms for all of five the subspecies after infection with N .ceranae, which includes the increase in the expression of genes encoding antimicrobial peptides.
Benzer Tezler
- Gülhane Eğitim ve Araştırma Hastanesinde kan kültürlerinden izole edilen bakteriler ve antimikrobiyal direnç durumlarının irdelenmesi
Investigation of bacterial pathogens isolated from blood cultures and antimicrobial profile in Gulhane Training and Research Hospital
VALBONA MATAJ
Doktora
Türkçe
2017
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA GÜNEY
- Geriatrik yaş grubunda asemptomatik bakteriüri ve semptomatik üriner sistem infeksiyonu sıklığı
The prevalence of asymptomatic bacteriuria and symptomatic urinary tract infection in the elderly population
MURAT VARLI
- Toplumdaki kişilerden ve hayvan kaynaklarından elde edilen materyallerde yüksek düzey vankomisine dirençli enterokokların araştırılması
Investigation of high-level vancomycin-resistant enterococci in materials obtained from individuals in the community and animal sources
DURU MISTANOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2005
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSağlık BakanlığıEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NAİL ÖZGÜNEŞ
- Kronik obstrüktif akciğer hastalığı atağı ile hastanemize başvuran ve yatışı gereken hastalarda bronşektazinin atak sıklığı, şiddeti ve yatış süresine etkisi
Başlık çevirisi yok
GİZEM TÜRKEŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Göğüs HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiGöğüs Hastalıkları ve Tüberküloz Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NESRİN KIRAL
- Besin alerjisi olan çocuklarda barsak mikrobiyotası ve toll-like reseptör 2 ve 4 polimorfiziminin değerlendirilmesi
Evaluation of toll-like receptors 2 and 4 polymorphism and intestinal microbiota in children with food allergy
ELİF BEYAZİT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıFırat ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET KILIÇ